[BioC] Error using GEOquery

[Markus Schmidberger]

Hi,

I am using the package GEOquery.
But there is an error getting the GEO Series information:

 > gds <- getGEO("GSE2")
Found 1 file(s)
GSE2_series_matrix.txt.gz
versuche URL 
'ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE2/GSE2_series_matrix.txt.gz'
ftp data connection made, file length 14773 bytes
URL geöffnet
downloaded 14 Kb

Fehler in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, 
na.strings,  :
  Zeile 1 hatte keine 5 Elemente
Zusätzlich: Warning messages:
1: In if (nchar(val) == nchar(x)) return(NA) :
  Bedingung hat Länge > 1 und nur das erste Element wird benutzt
2: In if (nchar(val) == nchar(x)) return(NA) :
  Bedingung hat Länge > 1 und nur das erste Element wird benutzt
3: In if (nchar(val) == nchar(x)) return(NA) :
  Bedingung hat Länge > 1 und nur das erste Element wird benutzt
4: In read.table(con, sep = "\t", header = FALSE, nrows = i) :
  unvollständige letzte Zeile von readTableHeader gefunden in 
'C:\TEMP\Rtmp4xCqxE\file6df11649'


 > sessionInfo()
R version 2.7.0 (2008-04-22)
i386-pc-mingw32

locale:
LC_COLLATE=German_Germany.1252;LC_CTYPE=German_Germany.1252;LC_MONETARY=German_Germany.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=German_Germany.1252

attached base packages:
[1] tools     stats     graphics  grDevices utils     datasets  
methods   base    

other attached packages:
[1] GEOquery_2.4.0 RCurl_0.9-3    Biobase_2.0.0


What is wrong?

Thanks
Markus

-- 
Dipl.-Tech. Math. Markus Schmidberger

Ludwig-Maximilians-Universität München
IBE - Institut für medizinische Informationsverarbeitung,
Biometrie und Epidemiologie
Marchioninistr. 15, D-81377 Muenchen
URL: http://ibe.web.med.uni-muenchen.de 
Mail: Markus.Schmidberger [at] ibe.med.uni-muenchen.de
Tel: +49 (089) 7095 - 4599