[Bioc-devel] CuvierLab -Request to add maintainers for HicAggR

Thu Mar 28 12:28:35 CET 2024

Dear Lori Sheperd - Kern 

Awesome, thank you very much. 

Have a great day :) 
Oliver 

De: "Kern, Lori" <Lori.Shepherd using RoswellPark.org> 
À: "Olivier Cuvier" <olivier.cuvier using univ-tlse3.fr>, "bioc-devel" <bioc-devel using r-project.org> 
Envoyé: Jeudi 28 Mars 2024 12:19:38 
Objet: Re: CuvierLab -Request to add maintainers for HicAggR 

I can assist with this and will be in touch with Dr. Tesfaye to set up a BiocCredentials account. 

Lori Shepherd - Kern 

Bioconductor Core Team 

Roswell Park Comprehensive Cancer Center 

Department of Biostatistics & Bioinformatics 

Elm & Carlton Streets 

Buffalo, New York 14263 

From: Bioc-devel <bioc-devel-bounces using r-project.org> on behalf of Olivier Cuvier <olivier.cuvier using univ-tlse3.fr> 
Sent: Wednesday, March 27, 2024 6:29 PM 
To: bioc-devel using r-project.org <bioc-devel using r-project.org> 
Subject: [Bioc-devel] CuvierLab -Request to add maintainers for HicAggR 
Dear Colleagues 

I'd like to add Dr. Tesfaye - rob.tesf using gmail.com - as a maintainer of CuvierLab HicAggR GitHub-Bioconductor package. 

Thank you for your help 
Best regards 
Oliver 
************************************ 
Olivier Oliver Cuvier - 
Group Leader (Director of Med Research (DR) / Inserm) 
Laboratory of Chromatin Dynamics - Functional Genomics 
Unit of Molecular Cellular and Dev. Biology (MCD) 
Center of Biology Integrative (CBI) / CNRS-Toulouse 
+33-659 75 42 70 
olivier.cuvier using inserm.fr 
olivier.cuvier using univ-tlse3.fr 
olivier.cuvier using gmail.com 
************************************************************************ 

----- Mail original ----- 
De: "Robel Tesfaye" <robel.tesfaye using univ-tlse3.fr> 
À: "Olivier Cuvier" <olivier.cuvier using univ-tlse3.fr> 
Envoyé: Mercredi 27 Mars 2024 19:10:08 
Objet: Re: HicAggR: demo on PlotAPA_byDistance and compare_to_background functions 

Salut Olivier, 

Peux-tu t'occuper de ça rapidement s'il te plaît? Le reviewing est en 
attente tant que je ne leur push pas la nouvelle version sur le git bioc 

On 26/03/2024 19:27, Robel Tesfaye wrote: 
> 
> Salut Olivier, 
> 
> Il n'y a que ton (olivier.cuvier using univ-tlse3.fr) compte qui peut mettre 
> à jour la version du package présent sur le git de bioconductor. 
> 
> Donc afin d'ajouter une liste de gens qui sont maintainers, tu dois 
> confirmer qu'on a droit de push des changements au git bioconductor. 
> 
> Si tu veux plus de détails sur mes échanges avec bioc 
> 
> [ https://secure-web.cisco.com/1Zegt_Gn2IBgqTP0oVVXaW-DevkpyjF3ysopH2xJUwv37_qzuLYswgriq8Nc59u268Y5WTBWX97BGNreUt_-gGpevznmdMWLcBsjwYaI7Sif52zsGAsTaYv2fQFhwmgff13Cl17cl-oRT5O0f_VKLdrrWbHHQxMYoE9o1zic2BMwGaXsjo5DVUVgF4H7A8rVmuoiEKOFL1FQrM26fHeMOfTcstCW1Z5a1uRVCUhLXDmgGTudC5BmKfYANy6T6uFBEaOQKdf6BUxONpCwijkr09QtQBuWHDYAC_qX3EO__aMwEbWEgDbUAqSkWh7OFpPby/https%3A%2F%2Fgithub.com%2FBioconductor%2FContributions%2Fissues%2F2869 | 
https://secure-web.cisco.com/1Zegt_Gn2IBgqTP0oVVXaW-DevkpyjF3ysopH2xJUwv37_qzuLYswgriq8Nc59u268Y5WTBWX97BGNreUt_-gGpevznmdMWLcBsjwYaI7Sif52zsGAsTaYv2fQFhwmgff13Cl17cl-oRT5O0f_VKLdrrWbHHQxMYoE9o1zic2BMwGaXsjo5DVUVgF4H7A8rVmuoiEKOFL1FQrM26fHeMOfTcstCW1Z5a1uRVCUhLXDmgGTudC5BmKfYANy6T6uFBEaOQKdf6BUxONpCwijkr09QtQBuWHDYAC_qX3EO__aMwEbWEgDbUAqSkWh7OFpPby/https%3A%2F%2Fgithub.com%2FBioconductor%2FContributions%2Fissues%2F2869 ] 
> 
> Comme tu n'as pas de compte personnel github (car CuvierLab est 
> désormais un compte organization), tu devrais soit créer un compte 
> github avec ce mail 
> 
> ou envoyer un mail à bioc-devel using r-project.org en mettant mon adresse
> mail (rob.tesf using gmail.com) et ceux que tu veux ajouter en cc dans le mail.
> 
> Avec en en-tête par exemple: Request to add maintainers for HicAggR
> 
> merci, 
> 
> On 19/03/2024 10:50, Robel Tesfaye wrote: 
>> c'est cool merci. 
>> 
>> J'ai pensé aux variants justement pour dire que nos associations sont 
>> "bonnes". 
>> 
>> Il y a ce site [ https://secure-web.cisco.com/1G6fXBGvL5jOh1VtO00ca_nTjMDoDVfp5HtpJWYdNmFYE_HPqG4xrG_NWB_8piaaHxEUxL2oI9lQ8vveqwSscOE3LpGwqeaS-t_yW8YIsu7pzJLa8SQ68gZMSJnplL_yJdn0jZf3m78AbxpkOxHtb9NRG23dzaiC784Qy3ahO2egIuigfSyqza0blDVNSp2kfK_v6EHYuxEQp0UdlQHWsfSDDLBdqgNXrlhR4JFJ7NiCKpWb9ZKaCsbNh2T4q6YJHCZB-42uqC5CyPkBMcnWk31l7n1EO12XTXHSsa-KaATgElJJePw1Y-NwWuIhXNQuB/https%3A%2F%2Fwww.gtexportal.org%2Fhome%2Fgene%2FZBTB16 | 
https://secure-web.cisco.com/1G6fXBGvL5jOh1VtO00ca_nTjMDoDVfp5HtpJWYdNmFYE_HPqG4xrG_NWB_8piaaHxEUxL2oI9lQ8vveqwSscOE3LpGwqeaS-t_yW8YIsu7pzJLa8SQ68gZMSJnplL_yJdn0jZf3m78AbxpkOxHtb9NRG23dzaiC784Qy3ahO2egIuigfSyqza0blDVNSp2kfK_v6EHYuxEQp0UdlQHWsfSDDLBdqgNXrlhR4JFJ7NiCKpWb9ZKaCsbNh2T4q6YJHCZB-42uqC5CyPkBMcnWk31l7n1EO12XTXHSsa-KaATgElJJePw1Y-NwWuIhXNQuB/https%3A%2F%2Fwww.gtexportal.org%2Fhome%2Fgene%2FZBTB16 ] dans le 
>> quel sont répertoriés les eQTL de gènes d'intérêt. 
>> 
>> On aura peut-être pas les variants pour chacun de nos enhancers mais 
>> on peut confirmer certaines des associations je pense. 
>> 
>> On 19/03/2024 07:44, Olivier Cuvier wrote: 
>>> Un article à considérer peut-etre... 
>>> 
>>> 
>>> ----- Mail original ----- 
>>> De: "Olivier Cuvier" <olivier.cuvier using univ-tlse3.fr> 
>>> À: "Robel Tesfaye" <robel.tesfaye using univ-tlse3.fr> 
>>> Cc: "stephane schaak" <stephane.schaak using inserm.fr>, "Naomi SCHICKELE" 
>>> <naomi.schickele using univ-tlse3.fr> 
>>> Envoyé: Lundi 18 Mars 2024 19:11:16 
>>> Objet: Re: HicAggR: demo on PlotAPA_byDistance and 
>>> compare_to_background functions 
>>> 
>>> Salut Robel, Stéphane, Naomi 
>>> 
>>> 
>>> Merci pour les Figures. Je regarde tout ca. Je ne sais pas sir j'ai 
>>> déjà dit que j'étais en meeting à Lyon aujourd'hui et demain. Peu 
>>> importe, c'est cool que tu aies pu regarder les figures de ton coté. 
>>> On peut en discuter mercredi aprèm si tu veux bien, ou vendredi. 
>>> Disons que dans les perspectives du papier, il est important pour 
>>> mon équipe de garder la trame scientifique que nous avions fixé, 
>>> avec un max de jolis résultats qui sont appuyés par un bon 
>>> positionnement de l'équipe dans la thématique. Bref, on en discutera. 
>>> 
>>> Bonne fin de journée à vous 3 
>>> olivier 
>>> 
>>> ----- Mail original ----- 
>>> De: "Robel Tesfaye" <robel.tesfaye using univ-tlse3.fr> 
>>> À: "Olivier Cuvier" <olivier.cuvier using univ-tlse3.fr>, "stephane 
>>> schaak" <stephane.schaak using inserm.fr>, "Naomi SCHICKELE" 
>>> <naomi.schickele using univ-tlse3.fr> 
>>> Envoyé: Lundi 18 Mars 2024 19:03:17 
>>> Objet: HicAggR: demo on PlotAPA_byDistance and compare_to_background 
>>> functions 
>>> 
>>> les figures que je vous parlais vendredi. 
>>> 
> -- 
> Robel Tesfaye 
> Postdoc 
> Team Chromatin Dynamics and Cell Proliferation 
> UMR5077 CNRS-UPS, CBI 
> 169 rue Marianne Grunberg-Manago 
> 31400 Toulouse 

-- 
Robel Tesfaye 
Postdoc 
Team Chromatin Dynamics and Cell Proliferation 
UMR5077 CNRS-UPS, CBI 
169 rue Marianne Grunberg-Manago 
31400 Toulouse 

_______________________________________________ 
Bioc-devel using r-project.org mailing list 
[ https://secure-web.cisco.com/1AYinIwvuGwGBfW700utMMC5_arfKdtGZ_yEDLH7--9_aB8uTY8ewzKXP9k4vDMgX1yuS6NWuHmivV0s6_O5f46GP5HHDHV41K9H96byvBE-lgNkG8BSJH0a4b33Zt2nEKM7sn0E48RxS2Kth_UANZdE3H2yA76pCbqYbn9Epeee07uaUebfYDaO9p9l_TdFsRwkibj7v4y0OOxcIl6tcNWQx24PMCRKqbTXDDyCmCs3ZBPQcBFDLml_wQnpaV9drwM2qbtIc2UmKItdSpAs9MAPCL9ZihzcNZEDdaK2QHYq9zX7SQT_zKkOvS8fLzB5Y/https%3A%2F%2Fstat.ethz.ch%2Fmailman%2Flistinfo%2Fbioc-devel | https://secure-web.cisco.com/1AYinIwvuGwGBfW700utMMC5_arfKdtGZ_yEDLH7--9_aB8uTY8ewzKXP9k4vDMgX1yuS6NWuHmivV0s6_O5f46GP5HHDHV41K9H96byvBE-lgNkG8BSJH0a4b33Zt2nEKM7sn0E48RxS2Kth_UANZdE3H2yA76pCbqYbn9Epeee07uaUebfYDaO9p9l_TdFsRwkibj7v4y0OOxcIl6tcNWQx24PMCRKqbTXDDyCmCs3ZBPQcBFDLml_wQnpaV9drwM2qbtIc2UmKItdSpAs9MAPCL9ZihzcNZEDdaK2QHYq9zX7SQT_zKkOvS8fLzB5Y/https%3A%2F%2Fstat.ethz.ch%2Fmailman%2Flistinfo%2Fbioc-devel ] 

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