[Bioc-devel] Build warnings for missing documentation on defunct functions

[Obenchain, Valerie]

Hi Roel,

A deprecated function is still exported and documented. Inside the function you'll call .Deprecated() and the man page should state it's deprecated and suggest an alternative if appropriate.

The process of deprecate, defunct, remove is documented here:
https://bioconductor.org/developers/how-to/deprecation/

If this doesn't answer your question please show the warning so it's clear which function(s) you are concerned about.

Valerie


On 10/24/2017 01:41 PM, Janssen-10, R.R.E. wrote:

Dear Bioconductor maintainers,

The build report for our package 'MutationalPatterns' signals a warning for functions that are deprecated.  I explicitly added "@noRd" to the function header to prevent it from ending up in the documentation.  How should I go about fixing this warning?

The other warnings and error have been resolved and should work out fine in the next build round.

Thanks for your time.

Kind regards,
Roel Janssen

------------------------------------------------------------------------------

De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.

------------------------------------------------------------------------------

This message may contain confidential information and is...{{dropped:20}}