Hello,



I need to specify a nested random effect, that effect being nested in an interaction term. I use the following argument : +(1|bl%in%A:B) where bl, A and B are 3 factors



Is the syntax correct ?



I attach a simulated example and ranef() results; why do I have FALSE for the nested effect ?



Thanks for your help

Florent





V          B          FF        A          bl         y

e          b3        F1        a2        1          4.619094

b          b3        F2        a2        1          5.543519

f           b3        F3        a2        1          5.866923

d          b3        F4        a2        1          4.255615

b          b3        F1        a2        2          5.438597

d          b3        F2        a2        2          4.322173

c          b3        F3        a2        2          5.68097

e          b3        F4        a2        2          5.964874

a          b3        F1        a2        3          2.431885

f           b3        F2        a2        3          4.827243

e          b3        F3        a2        3          5.142644

b          b3        F4        a2        3          4.85753

c          b3        F1        a2        4          5.926495

e          b3        F2        a2        4          6.135929

a          b3        F3        a2        4          4.125761

f           b3        F4        a2        4          5.605279

d          b3        F1        a2        5          5.365972

a          b3        F2        a2        5          4.064758

b          b3        F3        a2        5          3.328972

c          b3        F4        a2        5          3.685684

f           b3        F1        a2        6          5.016868

c          b3        F2        a2        6          3.744034

d          b3        F3        a2        6          3.47528

a          b3        F4        a2        6          5.846681

a          b3        F1        a1        7          5.148697

c          b3        F2        a1        7          5.204705

f           b3        F3        a1        7          4.639789

b          b3        F4        a1        7          5.260896

e          b3        F1        a1        8          4.997558

b          b3        F2        a1        8          5.944462

a          b3        F3        a1        8          6.63232

d          b3        F4        a1        8          5.663019

c          b3        F1        a1        9          4.268674

d          b3        F2        a1        9          5.293569

b          b3        F3        a1        9          4.949362

a          b3        F4        a1        9          4.704653

d          b3        F1        a1        10        6.526717

a          b3        F2        a1        10        2.690112

e          b3        F3        a1        10        5.152214

f           b3        F4        a1        10        4.046127

f           b3        F1        a1        11        3.797818

e          b3        F2        a1        11        3.698024

d          b3        F3        a1        11        5.064054

c          b3        F4        a1        11        3.721874

b          b3        F1        a1        12        5.214444

f           b3        F2        a1        12        5.937047

c          b3        F3        a1        12        5.001257

e          b3        F4        a1        12        4.768271

a          b2        F1        a2        13        3.421669

f           b2        F4        a2        13        6.04187

e          b2        F3        a2        13        4.182511

b          b2        F2        a2        13        5.918633

d          b2        F1        a2        14        5.527724

c          b2        F4        a2        14        4.865079

b          b2        F3        a2        14        4.344306

a          b2        F2        a2        14        2.988262

c          b2        F1        a2        15        4.286505

b          b2        F4        a2        15        4.602808

d          b2        F3        a2        15        5.004742

f           b2        F2        a2        15        5.256396

b          b2        F1        a2        16        5.489147

e          b2        F4        a2        16        5.426902

f           b2        F3        a2        16        4.881393

c          b2        F2        a2        16        4.166265

e          b2        F1        a2        17        3.491219

a          b2        F4        a2        17        6.207772

c          b2        F3        a2        17        4.307927

d          b2        F2        a2        17        4.871642

f           b2        F1        a2        18        5.531272

d          b2        F4        a2        18        5.200731

a          b2        F3        a2        18        5.809882

e          b2        F2        a2        18        6.602072

a          b2        F1        a1        19        5.275959

b          b2        F4        a1        19        4.515539

f           b2        F3        a1        19        4.446286

d          b2        F2        a1        19        4.089037

c          b2        F1        a1        20        6.429217

e          b2        F4        a1        20        5.247665

a          b2        F3        a1        20        3.752149

b          b2        F2        a1        20        5.238064

d          b2        F1        a1        21        3.552635

f           b2        F4        a1        21        4.700409

c          b2        F3        a1        21        3.781553

e          b2        F2        a1        21        5.433867

f           b2        F1        a1        22        5.562977

a          b2        F4        a1        22        6.086266

b          b2        F3        a1        22        5.624162

c          b2        F2        a1        22        5.375199

b          b2        F1        a1        23        4.503811

d          b2        F4        a1        23        5.628624

e          b2        F3        a1        23        3.844235

f           b2        F2        a1        23        6.041496

e          b2        F1        a1        24        5.512576

c          b2        F4        a1        24        5.166577

d          b2        F3        a1        24        5.652119

a          b2        F2        a1        24        6.440434

e          b1        F2        a1        25        4.199694

f           b1        F4        a1        25        3.605057

b          b1        F1        a1        25        2.14179

d          b1        F3        a1        25        5.542986

b          b1        F2        a1        26        5.578852

c          b1        F4        a1        26        3.646828

d          b1        F1        a1        26        5.577146

e          b1        F3        a1        26        4.178771

a          b1        F2        a1        27        5.493056

e          b1        F4        a1        27        5.463162

f           b1        F1        a1        27        3.479439

b          b1        F3        a1        27        4.37724

c          b1        F2        a1        28        3.859923

a          b1        F4        a1        28        4.952874

e          b1        F1        a1        28        5.275779

f           b1        F3        a1        28        4.445718

d          b1        F2        a1        29        5.496902

b          b1        F4        a1        29        4.834234

a          b1        F1        a1        29        6.933152

c          b1        F3        a1        29        4.475447

f           b1        F2        a1        30        6.110726

d          b1        F4        a1        30        3.557408

c          b1        F1        a1        30        4.841462

a          b1        F3        a1        30        5.077394

f           b1        F2        a2        31        4.601338

c          b1        F4        a2        31        3.661023

d          b1        F1        a2        31        5.009582

b          b1        F3        a2        31        6.184161

e          b1        F2        a2        32        4.98804

b          b1        F4        a2        32        4.341476

a          b1        F1        a2        32        4.766543

c          b1        F3        a2        32        4.852693

a          b1        F2        a2        33        5.432179

f           b1        F4        a2        33        7.342749

b          b1        F1        a2        33        4.4611

e          b1        F3        a2        33        5.259501

b          b1        F2        a2        34        3.619102

e          b1        F4        a2        34        5.644869

c          b1        F1        a2        34        4.813355

d          b1        F3        a2        34        5.76228

d          b1        F2        a2        35        3.843907

a          b1        F4        a2        35        4.399789

e          b1        F1        a2        35        3.79152

f           b1        F3        a2        35        5.751684

c          b1        F2        a2        36        6.456553

d          b1        F4        a2        36        4.443265

f           b1        F1        a2        36        4.202114

a          b1        F3        a2        36        6.18734



read.table(....)->tablo

tablo$bl<-as.factor(tablo$bl)

library(lmer)



resu<-lmer(y~FF*A*V+B +(1|FF:B)+(1|A:B)+(1|FF:A:B)+(1|bl%in%A:B), data=tablo)

ranef(resu)



> ranef(resu)

$`FF:A:B`

         (Intercept)

F1:a1:b1           0

F1:a1:b2           0

F1:a1:b3           0

F1:a2:b1           0

F1:a2:b2           0

F1:a2:b3           0

F2:a1:b1           0

F2:a1:b2           0

F2:a1:b3           0

F2:a2:b1           0

F2:a2:b2           0

F2:a2:b3           0

F3:a1:b1           0

F3:a1:b2           0

F3:a1:b3           0

F3:a2:b1           0

F3:a2:b2           0

F3:a2:b3           0

F4:a1:b1           0

F4:a1:b2           0

F4:a1:b3           0

F4:a2:b1           0

F4:a2:b2           0

F4:a2:b3           0



$`FF:B`

       (Intercept)

F1:b1 -0.011505474

F1:b2 -0.000969377

F1:b3  0.012474851

F2:b1  0.003716375

F2:b2  0.010251783

F2:b3 -0.013968158

F3:b1  0.027852755

F3:b2 -0.032492055

F3:b3  0.004639301

F4:b1 -0.020063656

F4:b2  0.023209650

F4:b3 -0.003145994



$`A:B`

      (Intercept)

a1:b1           0

a1:b2           0

a1:b3           0

a2:b1           0

a2:b2           0

a2:b3           0



$`bl %in% A:B`

       (Intercept)

FALSE 3.126065e-14






	[[alternative HTML version deleted]]


