[R-sig-ME] Modelling zero inflation with the poisson family. in glmmTMB
Julian Gaviria Lopez
Ju||@n@G@v|r|@Lopez @end|ng |rom un|ge@ch
Sat Jan 11 12:59:32 CET 2020
Dear list members,
I modeled a count data set as follows:
zipoisson1 <- glmmTMB(Observations ~ A* B + (1|ID), data=mDATA, family=poisson)
zipoisson2 <- glmmTMB(Observations ~ A* B + (1|ID), data=mDATA, ziformula=~ 1, family=poisson)
zipoisson3 <- glmmTMB(Observations ~ A* B + (1|ID), data=mDATA, ziformula=~ Observations, family=poisson)
The results of cross-validated zero inflation and over dispersion tests...
Test1: Easy stats functions:
https://easystats.github.io/performance/index.html
Test2: "DHARMa" package:
https://rdrr.io/cran/DHARMa/man/testDispersion.html
https://rdrr.io/cran/DHARMa/man/testZeroInflation.html
reported over-fitting due to zero-inflation. Strikingly, the results of the zeroinflation are the same, regardless of the model.
> check_zeroinflation(zipoisson1)
# Check for zero-inflation
Observed zeros: 189
Predicted zeros: 209
Ratio: 1.11
Model is overfitting zeros
> check_zeroinflation(zipoisson2)
# Check for zero-inflation
Observed zeros: 189
Predicted zeros: 209
Ratio: 1.11
Model is overfitting zeros.
I wonder whether I am properly modelling the "zi" part. I also downloaded the latest version (0.2.4) of the "glmmTMB" package from github.
You may find the data set below:
ID Observations CAP Time
6 0 Visual m1
7 0 Visual m1
8 0 Visual m1
10 1 Visual m1
11 1 Visual m1
13 1 Visual m1
15 0 Visual m1
16 0 Visual m1
20 1 Visual m1
22 0 Visual m1
23 0 Visual m1
27 0 Visual m1
30 0 Visual m1
31 0 Visual m1
32 0 Visual m1
33 0 Visual m1
34 0 Visual m1
35 1 Visual m1
37 0 Visual m1
6 0 DMN m1
7 0 DMN m1
8 0 DMN m1
10 1 DMN m1
11 0 DMN m1
13 0 DMN m1
15 0 DMN m1
16 1 DMN m1
20 0 DMN m1
22 0 DMN m1
23 1 DMN m1
27 0 DMN m1
30 0 DMN m1
31 0 DMN m1
32 0 DMN m1
33 0 DMN m1
34 0 DMN m1
35 1 DMN m1
37 0 DMN m1
6 1 DAN m1
7 2 DAN m1
8 1 DAN m1
10 0 DAN m1
11 1 DAN m1
13 0 DAN m1
15 1 DAN m1
16 0 DAN m1
20 1 DAN m1
22 0 DAN m1
23 0 DAN m1
27 1 DAN m1
30 0 DAN m1
31 1 DAN m1
32 1 DAN m1
33 0 DAN m1
34 1 DAN m1
35 0 DAN m1
37 0 DAN m1
6 0 FPCN m1
7 2 FPCN m1
8 0 FPCN m1
10 0 FPCN m1
11 0 FPCN m1
13 0 FPCN m1
15 1 FPCN m1
16 0 FPCN m1
20 1 FPCN m1
22 0 FPCN m1
23 0 FPCN m1
27 1 FPCN m1
30 0 FPCN m1
31 0 FPCN m1
32 1 FPCN m1
33 0 FPCN m1
34 0 FPCN m1
35 0 FPCN m1
37 1 FPCN m1
6 1 Visual m2
7 0 Visual m2
8 0 Visual m2
10 1 Visual m2
11 1 Visual m2
13 2 Visual m2
15 0 Visual m2
16 1 Visual m2
20 1 Visual m2
22 1 Visual m2
23 2 Visual m2
27 1 Visual m2
30 0 Visual m2
31 1 Visual m2
32 3 Visual m2
33 0 Visual m2
34 2 Visual m2
35 1 Visual m2
37 0 Visual m2
6 0 DMN m2
7 0 DMN m2
8 2 DMN m2
10 0 DMN m2
11 2 DMN m2
13 0 DMN m2
15 2 DMN m2
16 0 DMN m2
20 1 DMN m2
22 0 DMN m2
23 0 DMN m2
27 1 DMN m2
30 2 DMN m2
31 2 DMN m2
32 0 DMN m2
33 0 DMN m2
34 1 DMN m2
35 1 DMN m2
37 0 DMN m2
6 2 DAN m2
7 1 DAN m2
8 1 DAN m2
10 1 DAN m2
11 1 DAN m2
13 3 DAN m2
15 1 DAN m2
16 1 DAN m2
20 1 DAN m2
22 1 DAN m2
23 1 DAN m2
27 1 DAN m2
30 0 DAN m2
31 0 DAN m2
32 1 DAN m2
33 0 DAN m2
34 0 DAN m2
35 1 DAN m2
37 1 DAN m2
6 2 FPCN m2
7 0 FPCN m2
8 0 FPCN m2
10 0 FPCN m2
11 1 FPCN m2
13 1 FPCN m2
15 1 FPCN m2
16 1 FPCN m2
20 2 FPCN m2
22 0 FPCN m2
23 0 FPCN m2
27 0 FPCN m2
30 1 FPCN m2
31 0 FPCN m2
32 1 FPCN m2
33 0 FPCN m2
34 0 FPCN m2
35 0 FPCN m2
37 1 FPCN m2
6 0 Visual m3
7 1 Visual m3
8 0 Visual m3
10 1 Visual m3
11 2 Visual m3
13 0 Visual m3
15 0 Visual m3
16 1 Visual m3
20 1 Visual m3
22 0 Visual m3
23 0 Visual m3
27 2 Visual m3
30 1 Visual m3
31 1 Visual m3
32 1 Visual m3
33 1 Visual m3
34 1 Visual m3
35 0 Visual m3
37 0 Visual m3
6 0 DMN m3
7 0 DMN m3
8 0 DMN m3
10 0 DMN m3
11 1 DMN m3
13 0 DMN m3
15 0 DMN m3
16 3 DMN m3
20 0 DMN m3
22 0 DMN m3
23 1 DMN m3
27 2 DMN m3
30 1 DMN m3
31 1 DMN m3
32 0 DMN m3
33 0 DMN m3
34 0 DMN m3
35 0 DMN m3
37 0 DMN m3
6 2 DAN m3
7 0 DAN m3
8 1 DAN m3
10 0 DAN m3
11 1 DAN m3
13 0 DAN m3
15 1 DAN m3
16 1 DAN m3
20 1 DAN m3
22 3 DAN m3
23 1 DAN m3
27 0 DAN m3
30 0 DAN m3
31 0 DAN m3
32 3 DAN m3
33 3 DAN m3
34 1 DAN m3
35 1 DAN m3
37 0 DAN m3
6 0 FPCN m3
7 0 FPCN m3
8 0 FPCN m3
10 0 FPCN m3
11 1 FPCN m3
13 0 FPCN m3
15 1 FPCN m3
16 1 FPCN m3
20 1 FPCN m3
22 1 FPCN m3
23 0 FPCN m3
27 0 FPCN m3
30 1 FPCN m3
31 0 FPCN m3
32 0 FPCN m3
33 2 FPCN m3
34 0 FPCN m3
35 1 FPCN m3
37 0 FPCN m3
6 1 Visual m4
7 1 Visual m4
8 2 Visual m4
10 1 Visual m4
11 1 Visual m4
13 1 Visual m4
15 1 Visual m4
16 1 Visual m4
20 0 Visual m4
22 1 Visual m4
23 0 Visual m4
27 0 Visual m4
30 0 Visual m4
31 0 Visual m4
32 1 Visual m4
33 0 Visual m4
34 1 Visual m4
35 2 Visual m4
37 2 Visual m4
6 0 DMN m4
7 0 DMN m4
8 0 DMN m4
10 0 DMN m4
11 1 DMN m4
13 0 DMN m4
15 0 DMN m4
16 1 DMN m4
20 0 DMN m4
22 1 DMN m4
23 0 DMN m4
27 0 DMN m4
30 1 DMN m4
31 0 DMN m4
32 0 DMN m4
33 1 DMN m4
34 2 DMN m4
35 1 DMN m4
37 0 DMN m4
6 2 DAN m4
7 1 DAN m4
8 0 DAN m4
10 0 DAN m4
11 0 DAN m4
13 1 DAN m4
15 1 DAN m4
16 1 DAN m4
20 1 DAN m4
22 1 DAN m4
23 1 DAN m4
27 1 DAN m4
30 0 DAN m4
31 1 DAN m4
32 1 DAN m4
33 1 DAN m4
34 0 DAN m4
35 1 DAN m4
37 1 DAN m4
6 1 FPCN m4
7 1 FPCN m4
8 0 FPCN m4
10 0 FPCN m4
11 0 FPCN m4
13 1 FPCN m4
15 1 FPCN m4
16 1 FPCN m4
20 1 FPCN m4
22 1 FPCN m4
23 0 FPCN m4
27 1 FPCN m4
30 0 FPCN m4
31 1 FPCN m4
32 0 FPCN m4
33 0 FPCN m4
34 0 FPCN m4
35 1 FPCN m4
37 0 FPCN m4
6 0 Visual m5
7 0 Visual m5
8 0 Visual m5
10 0 Visual m5
11 0 Visual m5
13 1 Visual m5
15 0 Visual m5
16 2 Visual m5
20 2 Visual m5
22 0 Visual m5
23 1 Visual m5
27 0 Visual m5
30 0 Visual m5
31 0 Visual m5
32 0 Visual m5
33 1 Visual m5
34 0 Visual m5
35 0 Visual m5
37 2 Visual m5
6 1 DMN m5
7 1 DMN m5
8 1 DMN m5
10 1 DMN m5
11 1 DMN m5
13 0 DMN m5
15 0 DMN m5
16 0 DMN m5
20 0 DMN m5
22 1 DMN m5
23 1 DMN m5
27 1 DMN m5
30 0 DMN m5
31 1 DMN m5
32 1 DMN m5
33 2 DMN m5
34 0 DMN m5
35 1 DMN m5
37 0 DMN m5
6 1 DAN m5
7 1 DAN m5
8 1 DAN m5
10 0 DAN m5
11 1 DAN m5
13 0 DAN m5
15 1 DAN m5
16 0 DAN m5
20 1 DAN m5
22 2 DAN m5
23 0 DAN m5
27 0 DAN m5
30 2 DAN m5
31 0 DAN m5
32 1 DAN m5
33 2 DAN m5
34 0 DAN m5
35 2 DAN m5
37 1 DAN m5
6 1 FPCN m5
7 1 FPCN m5
8 0 FPCN m5
10 1 FPCN m5
11 0 FPCN m5
13 1 FPCN m5
15 0 FPCN m5
16 1 FPCN m5
20 2 FPCN m5
22 0 FPCN m5
23 0 FPCN m5
27 0 FPCN m5
30 0 FPCN m5
31 0 FPCN m5
32 2 FPCN m5
33 0 FPCN m5
34 1 FPCN m5
35 1 FPCN m5
37 0 FPCN m5
Thanks in advance for any comment on this regard,
Julian Gaviria
Neurology and Imaging of cognition lab (Labnic)
University of Geneva. Campus Biotech.
9 Chemin des Mines, 1202 Geneva, CH
Tel: +41 22 379 0380
Email: Julian.GaviriaLopez using unige.ch
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