[R-sig-ME] gls() funcion after R upgrade

Mon Feb 11 09:40:28 CET 2019

Dear all,

I have been using the package nlme for about a year through the software R

Recently, following an update of R (and the corresponding nlme package), in some situations the gls() function does not work.

The following lines of code

require(nlme)
db<-read.csv2("G:\\Dati.csv",as.is=TRUE)
f<-"DELTA_INVNORM_STD ~ 0+ ITOD + EU_CH"
gls(as.formula(f),correlation=corARMA(p=2,q=3,fixed=FALSE),data=db,weights=varExp(),method="ML")

with the old version of R returns the following output:

Generalized least squares fit by maximum likelihood
  Model: as.formula(f)
  Data: db
  Log-likelihood: -36.13853

Coefficients:
      ITOD      EU_CH
-0.3138869 -0.5010393

Correlation Structure: ARMA(2,3)
Formula: ~1
 Parameter estimate(s):
       Phi1        Phi2      Theta1      Theta2      Theta3
 0.50054107 -0.07357577  0.91847373  0.66706344  0.51689285
Variance function:
Structure: Power of variance covariate
Formula: ~fitted(.)
 Parameter estimates:
      power
-0.01893321
Degrees of freedom: 71 total; 69 residual
Residual standard error: 0.4077908

while with the new one version of R ends with the following error message

Error in `coef<-.corARMA`(`*tmp*`, value = value[parMap[, i]]) :
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)

here are the parameters of the old version of R

> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

locale:
[1] LC_COLLATE=Italian_Italy.1252  LC_CTYPE=Italian_Italy.1252    LC_MONETARY=Italian_Italy.1252
[4] LC_NUMERIC=C                   LC_TIME=Italian_Italy.1252

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] nlme_3.1-128

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.2     grid_3.3.2      lattice_0.20-34

and the correspondents of the new one

> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Italian_Italy.1252  LC_CTYPE=Italian_Italy.1252    LC_MONETARY=Italian_Italy.1252
[4] LC_NUMERIC=C                   LC_TIME=Italian_Italy.1252

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] nlme_3.1-137

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.2  tools_3.5.2     grid_3.5.2      lattice_0.20-38

The data used are shown below

I wonder if someone could help me to solve this problem.

Best regards,

Fabio Fanoni

DELTA_INVNORM_STD;ITOD;EU_CH
-1,01888891391635;1,11744160507933;0,164921569515933
-1,7287582158078;1,33122211515022;0,192399322297369
-1,92084919508607;1,42620153798496;0,119394703266418
-1,07481132504896;1,40851069525448;-0,21451386962765
0,368325144516397;1,143582080184;-0,541418306765893
1,60232300735139;0,877753890833926;-0,540071359447086
1,79762928248747;0,585114281768911;-0,457099318942592
0,91995670533225;0,300270733467356;-0,292232806294851
-0,0262660321428139;0,20146037523289;-0,236469135573377
-1,02121152912805;0,0419782544708825;-0,345437279939175
-1,10672650470506;0,0574913198102401;-0,366584376685452
-1,39178681241528;0,33582796272111;-0,222730255141816
-1,1454072922613;0,119188584353956;-0,00950828000562807
-0,958672816825354;-0,0667970836192611;0,4570747351185
-1,32272038017045;-0,307712992787705;0,958678420940093
-0,907400017348963;-0,781894397724971;1,3426934842003
-1,24178782808971;-0,502123817789113;1,78543551198139
-0,727279530248652;-0,198729005124588;1,65424271463061
-0,663683090224516;-0,00292614483254617;1,29016249027665
-0,870662613154294;0,284152373447782;0,852269477692287
-0,740956260890321;0,212558271927232;0,359286261984589
-0,875175106507846;0,16921613723138;0,301636857743261
-0,159691021207123;0,344902273564796;0,406160071512065
0,485359221230746;0,405193753056144;0,545299871378597
0,91806657022351;0,51772409209882;0,664639525858513
0,94182403298868;0,624398008842597;0,721750147939642
0,772810225693767;0,669380547864261;0,746938090683181
0,454079892235428;0,829860577818214;0,875841077996076
0,216198540864624;0,85936757871922;1,06778126286636
-0,390013295840405;0,820301653758161;1,32356681853436
-1,08957286663887;0,735286971796754;1,51483352772482
-1,7181964072478;0,54188741408352;1,59807495122772
-2,14142427321141;0,3080114833751;1,30188093962788
-1,73631132303729;0,242276386254216;0,821154955431617
-1,14832298161027;-0,168559611137128;0,390400772122712
-0,199657255063557;-0,673990227176314;-0,425580724204736
0,637711021315926;-1,26311924357155;-0,777807797606142
1,13372564859946;-2,22697608948676;-1,02793616079627
1,3387228312938;-2,67326030450369;-1,25476231880355
1,13410628583832;-2,41425486942835;-0,769187327492251
1,20371911407773;-1,73317141026889;-0,4868668898436
1,04245681382429;-0,627677467262121;-0,517038541303494
1,19122635858486;0,318264079861633;-0,902669938921763
1,10644115835792;0,53399823108225;-1,58826681113873
0,657027862693417;0,566924775110004;-2,16826290930735
0,391546504792817;0,382793958142103;-2,37380727704873
-0,121513593301095;0,113508212335312;-2,28814134594747
0,090587410027589;-0,10456301293743;-1,92150191643467
0,293363258062962;-0,599038773090656;-1,5279235122598
0,490646403474033;-1,16804784867814;-1,10646327070376
0,663013157660536;-1,68022387383074;-0,281457211581005
0,48006697458688;-2,17535440458421;0,0140633243390067
0,33992207153128;-2,15751594621565;0,415319331867849
0,485131796838891;-1,91164287702336;0,74289724468591
0,645057199360022;-1,64072137764755;0,715150100824384
0,830719890823037;-1,20839230550334;0,886616664628225
1,00060688160202;-0,799350150825283;0,78775063121476
0,799516770753564;-0,474799224784852;0,620190215847712
0,884527141039385;-0,111321336688718;0,400772282236831
0,77592825475446;0,41873781137028;0,214623979323192
0,897761905934407;0,618216183184323;-0,371702774880583
1,23087946317063;0,86282014652723;-1,04275259746654
1,1730433788867;1,03592979384644;-1,50933562067236
1,18413315011977;0,843466359597336;-1,89254251877396
0,522306442129412;0,786432900675309;-1,199941514842
-0,423472231576842;0,534354713733984;-0,258289703958632
-1,02160314495135;0,445296924001273;0,367637345059225
-1,2194743130469;0,791437804698057;0,831122380946011
-0,682787491324478;0,735393577499657;0,636488297397258
-0,277058822726022;0,988210808618591;0,362382895620209
-0,0283252883031908;1,18581655608866;0,466771415869385

Fabio Fanoni
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