[R-sig-ME] starter values

Tue Nov 19 14:15:50 CET 2013

Hi there,

The model is biexponential decay. So the assumption here is that in your data, you have 2 sub-populations that decay with different rate. A1 is the initial number of your first sub-population and it will decay with a rate of lrc1. On the other hand, A2 is your second initial number of your second sub-population with decay rate of lrc2.

As for the starting value, I believe that SSbiexp will determine the starting value automatically. Just use this code : 

fit1 <- nlmer(kosten ~ SSbiexp(hm, np, A1, lrc1,A2,lrc2) ~ 0 + A1 + lrc1 + A2 + lrc2 +
          (0+A1+lrc1+A2+lrc2|j) + (0+A1+lrc1+A2+lrc2|o), d))
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From: r-sig-mixed-models-bounces at r-project.org [r-sig-mixed-models-bounces at r-project.org] on behalf of Arndt Kunick [AKunick at gmx.de]
Sent: Tuesday, November 19, 2013 10:56 PM
To: r-sig-mixed-models at r-project.org
Subject: [R-sig-ME] starter values

Dear R-user,
I want to fit a nonlinear mixed model with the following formula (see below)

fit1 <- nlmer(kosten ~ SSbiexp(hm, np, A1, lrc1,A2,lrc2) ~ 0 + A1 + lrc1 + A2 + lrc2 +
          (0+A1+lrc1+A2+lrc2|j) + (0+A1+lrc1+A2+lrc2|o), start = c(A1 = , lrc1 = , A2 = , lrc2 = ), d))

Thereby I have a problem with determine appropriate starter values for the parameters of the function SSbiexp.
Regarding SSbiexp my questions are:

What is the meaning of the parameters A1, lrc1, A2 and lrc2?
How can I deduce appropriate starter values?
Exists there documentation for self-starter functions in lme4?

I am looking forward to hear from you!

With kind regards,

Anton

 j o hm np kosten
2011 1 1210,9 26 6,5
2011 1 1206,4 7,8 17,3
2011 1 1194,8 3,7 13,7
2011 1 1222 36,5 20,8
2012 1 1210,9 26 9,2
2012 1 1206,4 7,8 22,2
2012 1 1194,8 3,7 18,2
2012 1 1222 36,5 21,3
2011 2 833,6 4 18,8
2011 2 1452,2 8,3 24,9
2011 2 1472,3 42,8 24,5
2011 2 973,4 7,1 25,4
2011 2 852,9 18,4 25,9
2011 2 891,9 20 32,3
2011 2 837 5,4 28,6
2011 2 1084,9 12,6 20,6
2011 2 1149,2 58,2 23,3
2011 2 1140,9 63,1 26,8
2011 2 1589 60,6 29,5
2011 2 1199,7 14,9 19
2012 2 833,6 4 36,3
2012 2 1452,2 8,3 25,2
2012 2 1472,3 42,8 21,9
2012 2 984,1 12,9 24,6
2012 2 852,9 18,4 30,4
2012 2 877,1 16,5 25,1
2012 2 837 5,4 36,4
2012 2 1084,3 13 12,1
2012 2 1149,2 58,2 49,1
2012 2 1136,5 64,3 6
2012 2 1597,7 60,5 49,8
2012 2 1199,7 14,9 18,9
2011 3 1231,3 39,8 24,9
2011 3 1254,7 27,9 37,8
2011 3 1261,3 19 44,8
2011 3 1257,5 14,5 25,1
2011 3 1263,3 29,1 33,3
2012 3 1231,3 39,8 30,3
2012 3 1254,1 28 47,1
2012 3 1261,3 19 41,6
2012 3 1257,5 14,5 29,2
2012 3 1263,3 29,1 34,4
2011 4 1392,8 19,6 8,6
2011 4 1732,4 40,7 39,6
2011 4 1783,9 47,2 54,7
2011 4 1403,1 14,3 19,6
2011 4 1399,5 19,8 16,4
2011 4 1430,1 16,7 16,3
2011 4 1441,4 59,9 55,5
2011 4 1699,6 18,1 56,2
2012 4 1732,4 40,7 95,4
2012 4 1783,9 47,2 91,4
2012 4 1699,6 18,1 65
2011 5 1506,9 33,3 31
2011 5 1539,2 44,6 48,9
2011 5 1529,2 43 29,6
2011 5 1466,3 56,1 44,6
2012 5 1506,9 33,3 31,5
2012 5 1539,2 44,6 61,3
2012 5 1529,9 42,8 40,6
2012 5 1466,3 56,1 48,6
2011 6 1215,6 8,5 14,3
2011 6 1512,5 48,6 34,3
2011 6 1491,5 18,6 12,6
2011 6 1235,7 9 14,8
2011 6 1275,3 40,8 20
2011 6 1344 38,7 25,5
2011 6 1270,6 48,3 31,9
2011 6 1269,9 29,8 21,7
2011 6 1294,4 49,6 36,7
2011 6 1418,4 26,2 27,1
2011 6 1389 39,2 35,8
2012 6 1215,6 8,5 16,8
2012 6 1512,5 48,6 33,3
2012 6 1491,5 18,6 33,3
2012 6 1235,7 9 17,4
2012 6 1275,3 40,8 16,9
2012 6 1344 38,7 19,1
2012 6 1270,6 48,3 23,7
2012 6 1269,9 29,8 19,6
2012 6 1294,4 49,6 24,9
2012 6 1418,4 26,2 22,6
2012 6 1389 39,2 31,2
2011 7 1437,4 65,2 84,2
2011 7 1497,1 76,4 87,2
2012 7 1437,4 65,2 85,3
2012 7 1496,5 75,7 48,7
2012 7 1420,1 62,4 71,8
2012 7 1420,4 75,9 49,9
2011 8 1537,5 3,4 30,9
2011 8 1677,5 29,6 42,1
2011 8 1672,3 28 25,2
2011 8 2071,2 42,3 116,6
2011 8 2079,7 33,1 62
2012 8 1537,5 3,4 28,8
2012 8 1677,5 29,6 50,6
2012 8 1672,3 28 24,5
2012 8 2071,2 42,3 168,1
2012 8 2079,7 33,1 57,9
2011 9 1192 14,3 13,2
2011 9 1195,7 13,6 14,6
2012 10 1385,4 21,4 36,2
2012 10 1608,2 33,3 44
2012 10 1607,8 37 52,4
2012 10 1611,3 41,3 57,9
2012 10 1607,6 46,8 43,3
2012 10 1601,6 33,1 52
2012 10 1741,5 26,2 65
2012 10 1355 24,4 29,7
2012 10 1578,3 31,3 27,9
2012 10 1539,9 37 27,4
2012 10 1567,8 20,3 22,2
2012 10 1585,7 25,8 27,7
2012 10 1560,8 20,1 22,5
2012 10 1617,3 40,3 25,9
2012 10 1578,9 26,8 24,9
2011 11 1443,2 23,9 45
2011 11 1476,4 49,4 47,5
2011 11 2057,4 29,1 135,5
2011 11 2083,8 87,5 338,8
2012 11 1445,7 26 40,7
2012 11 2056,1 26,6 108,7
2012 11 2077,4 73,7 136,4
2011 12 1212,1 51,3 67,4
2011 12 1151,1 63,3 93,3
2011 12 1268,2 44,4 59,9
2011 12 1024,9 60,7 83
2012 12 1212,1 51,3 83,4
2012 12 1151,1 63,3 78,6
2012 12 1268,2 44,4 78,4
2012 12 1024,9 60,7 60
2011 13 1306,2 61,5 34,5
2011 13 1339,2 69,1 52,3
2011 13 1341,4 71,9 66
2011 13 1373,4 71,4 27,6
2011 13 1381,2 65,5 51,2
2011 13 1323,7 65,6 82,9
2012 13 1306,2 61,5 55,6
2012 13 1339,2 69,1 36,4
2012 13 1341,4 71,9 60,4
2012 13 1373,4 71,4 52,3
2012 13 1381,2 65,5 73
2012 13 1323,7 65,6 57,1
2011 14 895,2 11,6 32,1
2011 14 914,9 17,7 27,4
2011 14 946,2 23,5 24,2
2011 14 959,1 28,5 25
2011 14 885,4 7,7 24,8
2011 14 911,2 6,5 18,8
2012 14 895,2 11,6 16,9
2012 14 914,1 17,4 20,7
2012 14 946,2 23,5 22,7
2012 14 959,1 28,5 34,8
2012 14 885,4 7,7 16,7
2012 14 911,2 6,5 15,7
2011 15 812,9 9,5 10,8
2011 16 836,7 30,1 32,5
2011 16 807,3 11,5 24,5
2011 16 823,4 23,6 28,8
2011 16 851,2 23,8 19,3
2011 16 860,6 31,7 28,1
2012 16 836,7 30,1 48,7
2012 16 807,3 11,5 23,8
2012 16 823,4 23,6 34,1
2012 16 851,2 23,8 19,2
2012 16 860,6 31,7 38,3
2011 17 967,6 54,2 36
2011 17 949,2 44,6 31,5
2011 17 942,1 30,3 19,8
2011 17 932,8 10,2 31,6
2011 17 942,4 31,8 36,2
2011 17 1558,8 60,9 99
2012 17 967,6 54,2 33,9
2012 17 949,2 44,6 26
2012 17 942,1 30,3 30,8
2012 17 931,6 11,9 31,4
2012 17 942,4 31,8 39,1
2012 17 1558,8 60,9 128,6
2011 18 1129,1 52,1 102,8
2011 18 1189,9 49,2 103,9
2011 18 1173,4 50,2 127,2
2012 18 1129,1 52,1 68,7
2012 18 1189,9 49,2 54,9
2012 18 1173,4 50,2 119,7
2011 19 1130,6 59,7 65,1
2011 19 1123,9 45,3 40,8
2011 19 1124,6 44,5 49
2011 19 1115,1 46,4 71,7
2011 19 1690,7 60,3 104
2012 19 1130,6 59,7 79
2012 19 1123,3 44,7 53,3
2012 19 1124,6 44,5 58,1
2012 19 1114,3 46,5 48,8
2012 19 1690,7 60,3 60
2011 20 1336,9 29,4 7,8
2011 20 1325,3 39,2 19,2
2011 20 1316,1 53,6 13,5
2011 20 1298 26,6 11
2011 20 1247,5 14,5 18,4
2011 20 1412,1 12,9 14,2
2011 20 1489,4 10,4 31,1
2012 20 1336,9 29,4 15,4
2012 20 1325,3 39,2 26,9
2012 20 1316,1 53,6 21,7
2012 20 1298 26,6 14,7
2012 20 1247,5 14,5 25,5
2012 20 1412,1 12,9 14,4
2012 20 1489,4 10,4 29

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