[R-sig-ME] "contrasts apply only to factors" in post-hoc analysis afer lmer fitting

[Helios de Rosario]

Hello, sorry to catch up this message so long after the original post.

> 
> Hi everyone,
> 
> I am applying  generalized linear mixed model to RNA-seq data under
> quasi-poisson distribution. Here is the an example:
>
> > ts.da
>    value tp tpf  treat cellline obs_effect
> 1     73  6  T6   ETOH        A          1
> 2     54  6  T6   ETOH        B          2
> 3     62 12 T12   ETOH        A          3
> 4     54 12 T12   ETOH        B          4
> 5     54 24 T24   ETOH        A          5
> 6     56 24 T24   ETOH        B          6
> 7     31 48 T48   ETOH        A          7
> 8     82 48 T48   ETOH        B          8
> 9     72  6  T6 shMYCN        C          9
> 10    95  6  T6 shMYCN        D         10
> 11    64 12 T12 shMYCN        C         11
> 12    90 12 T12 shMYCN        D         12
> 13    51 24 T24 shMYCN        C         13
> 14    64 24 T24 shMYCN        D         14
> 15    46 48 T48 shMYCN        C         15
> 16    63 48 T48 shMYCN        D         16
>

[snip]

> The specified model worked fine:
> possionmix.full <- lmer(value ~ tpf * treat + (1|cellline)
+(1|obs_effect)
> ,data=ts.da, family=poisson)
>

 [snip]
 
> Then I tried to to post-hoc analysis with "phia":
> > testInteractions(possionmix.full)
> Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = "contr.treatment") : contrasts
> apply only to factors
> 
> I am pretty sure that tpf and treat are factors:
> 
> > ts.da$tpf
>  [1] T6  T6  T12 T12 T24 T24 T48 T48 T6  T6  T12 T12 T24 T24 T48 T48
> Levels: T6 T12 T24 T48
> 
> > ts.da$treat
>  [1] ETOH   ETOH   ETOH   ETOH   ETOH   ETOH   ETOH   ETOH   shMYCN
shMYCN
> [11] shMYCN shMYCN shMYCN shMYCN shMYCN shMYCN
> Levels: ETOH shMYCN
> 

Yes, that's an unfortunate bug in testFactors(), that caused that
problem under some
circumstances for mixed models. I have solved it, and will be fixed in
the next release of phia soon.

Best regards
Helios De Rosario

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