[R-sig-ME] Matrix not symmetric

Iker Vaquero Alba karraspito at yahoo.es
Wed Jan 12 23:29:47 CET 2011


   Sorry, the sheet is quite messy even if it was fine when I wrote the post. I attach this time.

   Thanks again!

   Iker

   

   
--- El mié, 12/1/11, Iker Vaquero Alba <karraspito at yahoo.es> escribió:

De: Iker Vaquero Alba <karraspito at yahoo.es>
Asunto: [R-sig-ME] Matrix not symmetric
Para: r-sig-mixed-models at r-project.org
Fecha: miércoles, 12 de enero, 2011 23:20



   Hello all:



   My name is Iker. I have been looking at several R-help files online because of a 
problem I am experiencing when I try to fit one of the statistical 
models I need to analyse my data, but actually I have not found any 
satisfying solution, so I am writing just in case you can 
possibly give me a better solution. The model I try to fit is:



   
fledgecoltailmodel1<-lmer(nfledge~sex*briventral*inslarge*weatherpc1*tlength-sex:briventral:inslarge:weatherpc1:tlength-sex:briventral:inslarge:weatherpc1-sex:briventral:inslarge:tlength-sex:briventral:weatherpc1:tlength-sex:inslarge:weatherpc1:tlength-briventral:inslarge:weatherpc1:tlength-sex:briventral:inslarge-sex:briventral:weatherpc1-sex:briventral:tlength-sex:inslarge:weatherpc1-sex:inslarge:tlength-sex:weatherpc1:tlength-briventral:inslarge:weatherpc1-briventral:inslarge:tlength-briventral:weatherpc1:tlength-inslarge:weatherpc1:tlength+(site|pair),family=poisson)



   Obviously, the exaggerated length is due to the fact that, after 
writing the model, I remove all the interactions that are biologically 
impossible to interpret for me. "nfledge" is the number of chicks 
fledged in several barn swallow nests all over my field sites, so I 
interpret it as count data, that's why I use the "poisson" family for 
error distribution. when I type "summary(fledgecoltailmodel1)", I get 
this error message:



   Error in asMethod(object) : matrix is not symmetric [1,2]



   I cannot really understand what that means. As an interesting fact (I
 think), when I fit exactly the same model but without specifying the 
error family (i.e. assuming Gaussian error distribution) everything is 
OK and I get no error message. I wonder if I should go on with that, but
 my dependant variable is definitely count data. 

   

   According to the reply to a post of a girl called Luisa, which was experiencing a similar 
problem, I tried updating my "lme4" package, and I didn't load the 
"nlme" one together with "lme4", but I am still getting the same error 
message.



   I would very much appreciate if you could have a look at my problem 
and try to help me. Thank you very much in advance for your help.

   PS. My data sheet is as follows: 





 
  
  ring
  
  
  site
  
  
  pair
  
  
  sex
  
  
  instotal
  
  
  weatherpc1
  
  
  tlength
  
  
  briventral
  
  
  nfledge
  
 
 
  
  X810200
  
  
  1
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  58.15622098
  
  
  -0.85532384
  
  
  99.5
  
  
  59.28555556
  
  
  6
  
 
 
  
  X260659
  
  
  1
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  58.15622098
  
  
  -0.85532384
  
  
  91.25
  
  
  97.524
  
  
  6
  
 
 
  
  X810112
  
  
  1
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  58.15622098
  
  
  -0.85532384
  
  
  101
  
  
  87.32977778
  
  
  3
  
 
 
  
  X294401
  
  
  1
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  58.15622098
  
  
  -0.85532384
  
  
  88.5
  
  
  102.1536667
  
  
  3
  
 
 
  
  X260663
  
  
  2
  
  
  4
  
  
  M
  
  
  60.79535975
  
  
  0.11895195
  
  
  126.5
  
  
  86.16255556
  
  
  4
  
 
 
  
  X260662
  
  
  2
  
  
  4
  
  
  F
  
  
  60.79535975
  
  
  0.11895195
  
  
  77
  
  
  77.03777778
  
  
  4
  
 
 
  
  X810144
  
  
  2
  
  
  5
  
  
  M
  
  
  60.79535975
  
  
  0.11895195
  
  
  123.5
  
  
  90.37422222
  
  
  4
  
 
 
  
  X810161
  
  
  2
  
  
  5
  
  
  F
  
  
  60.79535975
  
  
  0.11895195
  
  
  94.5
  
  
  105.935
  
  
  4
  
 
 
  
  X260655
  
  
  3
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  89.87658651
  
  
  -0.2868328
  
  
  116
  
  
  95.17288889
  
  
  3
  
 
 
  
  X260656
  
  
  3
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  89.87658651
  
  
  -0.2868328
  
  
  93.75
  
  
  104.6617778
  
  
  3
  
 
 
  
  X294424
  
  
  3
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  89.87658651
  
  
  -0.2868328
  
  
  99.5
  
  
  96.63188889
  
  
  4
  
 
 
  
  X294425
  
  
  3
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  89.87658651
  
  
  -0.2868328
  
  
  85
  
  
  108.8036667
  
  
  4
  
 
 
  
  X260677
  
  
  4
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  43.88126873
  
  
  0.02386017
  
  
  96.5
  
  
  67.05327778
  
  
  5
  
 
 
  
  X260676
  
  
  4
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  43.88126873
  
  
  0.02386017
  
  
  96.5
  
  
  60.72911111
  
  
  5
  
 
 
  
  X294476
  
  
  4
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  43.88126873
  
  
  0.02386017
  
  
  105.5
  
  
  52.557
  
  
  5
  
 
 
  
  X260678
  
  
  4
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  43.88126873
  
  
  0.02386017
  
  
  97
  
  
  71.75055556
  
  
  5
  
 
 
  
  X294415
  
  
  5
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  38.30297125
  
  
  -2.18379636
  
  
  108.5
  
  
  92.25877778
  
  
  3
  
 
 
  
  X294460
  
  
  5
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  38.30297125
  
  
  -2.18379636
  
  
  99
  
  
  82.07811111
  
  
  3
  
 
 
  
  X810163
  
  
  5
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  38.30297125
  
  
  -2.18379636
  
  
  96
  
  
  108.1566667
  
  
  5
  
 
 
  
  X294475
  
  
  5
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  38.30297125
  
  
  -2.18379636
  
  
  92.5
  
  
  106.5483333
  
  
  5
  
 
 
  
  V759861
  
  
  7
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  53.74017146
  
  
  1.04051463
  
  
  102.5
  
  
  117.1058889
  
  
  4
  
 
 
  
  X260650
  
  
  7
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  53.74017146
  
  
  1.04051463
  
  
  99.25
  
  
  116.427
  
  
  4
  
 
 
  
  X260649
  
  
  7
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  53.74017146
  
  
  1.04051463
  
  
  102
  
  
  144.2272222
  
  
  5
  
 
 
  
  X260648
  
  
  7
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  53.74017146
  
  
  1.04051463
  
  
  82.5
  
  
  130.3356667
  
  
  5
  
 
 
  
  X294427
  
  
  9
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  34.43989492
  
  
  2.15766133
  
  
  85.25
  
  
  99.30922222
  
  
  2
  
 
 
  
  V759729
  
  
  9
  
  
  4
  
  
  M
  
  
  34.43989492
  
  
  2.15766133
  
  
  96
  
  
  74.12177778
  
  
  3
  
 
 
  
  X294426
  
  
  9
  
  
  4
  
  
  F
  
  
  34.43989492
  
  
  2.15766133
  
  
  90.75
  
  
  100.0711111
  
  
  3
  
 
 
  
  X294452
  
  
  9
  
  
  5
  
  
  M
  
  
  34.43989492
  
  
  2.15766133
  
  
  106
  
  
  87.08855556
  
  
  4
  
 
 
  
  X294453
  
  
  9
  
  
  5
  
  
  F
  
  
  34.43989492
  
  
  2.15766133
  
  
  82
  
  
  118.4021111
  
  
  4
  
 
 
  
  X810130
  
  
  9
  
  
  6
  
  
  M
  
  
  34.43989492
  
  
  2.15766133
  
  
  98
  
  
  71.33188889
  
  
  4
  
 
 
  
  X810131
  
  
  9
  
  
  6
  
  
  F
  
  
  34.43989492
  
  
  2.15766133
  
  
  84.25
  
  
  125.8916667
  
  
  4
  
 
 
  
  X260672
  
  
  10
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  66.27811771
  
  
  -1.40136386
  
  
  114.5
  
  
  64.233
  
  
  5
  
 
 
  
  X260673
  
  
  10
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  66.27811771
  
  
  -1.40136386
  
  
  89.75
  
  
  60.90788889
  
  
  5
  
 
 
  
  X260645
  
  
  10
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  66.27811771
  
  
  -1.40136386
  
  
  108
  
  
  144.0727778
  
  
  5
  
 
 
  
  X260644
  
  
  10
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  66.27811771
  
  
  -1.40136386
  
  
  85.5
  
  
  140.534
  
  
  5
  
 
 
  
  X810127
  
  
  10
  
  
  3
  
  
  M
  
  
  66.27811771
  
  
  -1.40136386
  
  
  107.5
  
  
  107.075
  
  
  5
  
 
 
  
  X810128
  
  
  10
  
  
  3
  
  
  F
  
  
  66.27811771
  
  
  -1.40136386
  
  
  89
  
  
  97.23222222
  
  
  5
  
 
 
  
  V759797
  
  
  11
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  62.15866788
  
  
  -1.19592182
  
  
  102
  
  
  79.36677778
  
  
  5
  
 
 
  
  V759720
  
  
  11
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  62.15866788
  
  
  -1.19592182
  
  
  NA
  
  
  93.96922222
  
  
  5
  
 
 
  
  X810101
  
  
  11
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  62.15866788
  
  
  -1.19592182
  
  
  94.5
  
  
  95.95311111
  
  
  6
  
 
 
  
  V759727
  
  
  11
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  62.15866788
  
  
  -1.19592182
  
  
  95.75
  
  
  80.95455556
  
  
  6
  
 
 
  
  X810155
  
  
  11
  
  
  3
  
  
  M
  
  
  62.15866788
  
  
  -1.19592182
  
  
  94.5
  
  
  88.40144444
  
  
  4
  
 
 
  
  X810162
  
  
  11
  
  
  3
  
  
  F
  
  
  62.15866788
  
  
  -1.19592182
  
  
  87
  
  
  112.3604444
  
  
  4
  
 
 
  
  V759744
  
  
  12
  
  
  1
  
  
  M
  
  
  56.05228155
  
  
  -0.4733969
  
  
  100.25
  
  
  114.9761111
  
  
  3
  
 
 
  
  X260643
  
  
  12
  
  
  1
  
  
  F
  
  
  56.05228155
  
  
  -0.4733969
  
  
  79.5
  
  
  148.9321111
  
  
  3
  
 
 
  
  X810201
  
  
  12
  
  
  2
  
  
  M
  
  
  56.05228155
  
  
  -0.4733969
  
  
  99
  
  
  51.80822222
  
  
  3
  
 
 
  
  X294465
  
  
  12
  
  
  2
  
  
  F
  
  
  56.05228155
  
  
  -0.4733969
  
  
  81.5
  
  
  89.81911111
  
  
  3
  
 
 
  
  V759750
  
  
  12
  
  
  3
  
  
  M
  
  
  56.05228155
  
  
  -0.4733969
  
  
  124.5
  
  
  96.48477778
  
  
  4
  
 
 
  
  X260666
  
  
  12
  
  
  3
  
  
  F
  
  
  56.05228155
  
  
  -0.4733969
  
  
  92.5
  
  
  61.49222222
  
  
  4
  
 




   


   Iker Vaquero-Alba

   Centre for Ecology
and Conservation

   Daphne du Maurier
Building

   University of Exeter,
Cornwall Campus

   Treliever Road

   TR10 9EZ Penryn

   U.K.























 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 
 
  
  
  
  
  

  

  

  

  

 


   




      
    [[alternative HTML version deleted]]


-----Adjunto en línea a continuación-----

_______________________________________________
R-sig-mixed-models at r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mixed-models



      
-------------- next part --------------
An embedded and charset-unspecified text was scrubbed...
Name: Book1.txt
URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/attachments/20110112/78fff2be/attachment-0001.txt>


More information about the R-sig-mixed-models mailing list