<div dir="ltr">Hi Wolfgang,<div><br></div><div>Thank you for clarifying!  I apologize for the misunderstanding.</div><div><br></div><div>I'm trying to use the newmods argument just now but am still confused.  I tried entering the moderator name which did not work.  I also checked the <a href="https://wviechtb.github.io/metafor/reference/predict.rma.html">website</a>, but I don't see a way to get the PIs for the output of the moderator models (see attached).  What exactly do I specify in the 'newmods' argument?  </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Tori</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jun 23, 2023 at 7:53 AM Viechtbauer, Wolfgang (NP) <<a href="mailto:wolfgang.viechtbauer@maastrichtuniversity.nl">wolfgang.viechtbauer@maastrichtuniversity.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Tori,<br>
<br>
The profile() function is not for getting PIs. You are misunderstanding what Michael was suggesting -- he was suggesting to use profile() to check if the variance components are identifiable by examining the profile likelihood plots. And predict() works just fine for getting PIs. Like I wrote, you have to use the 'newmods' argument in predict() to specify for which combination of moderator values you want to obtain a predicted effects (and the corresponding CI and PI).<br>
<br>
Best,<br>
Wolfgang<br>
<br>
>-----Original Message-----<br>
>From: R-sig-meta-analysis [mailto:<a href="mailto:r-sig-meta-analysis-bounces@r-project.org" target="_blank">r-sig-meta-analysis-bounces@r-project.org</a>] On<br>
>Behalf Of Tori Peña via R-sig-meta-analysis<br>
>Sent: Thursday, 22 June, 2023 19:37<br>
>To: R Special Interest Group for Meta-Analysis<br>
>Cc: Tori Peña<br>
>Subject: Re: [R-meta] How to Get PIs for Moderator Analyses<br>
><br>
>Thanks, all!<br>
><br>
>Unfortunately, the profile() function did not yield PIs for our moderator<br>
>analyses.  Are there other ways to get the PIs for <a href="http://rma.mv" rel="noreferrer" target="_blank">rma.mv</a> models since<br>
>predict() and profile() are not working?<br>
><br>
>On Thu, Jun 15, 2023 at 12:18 PM Michael Dewey via R-sig-meta-analysis <<br>
><a href="mailto:r-sig-meta-analysis@r-project.org" target="_blank">r-sig-meta-analysis@r-project.org</a>> wrote:<br>
><br>
>> Dear Tori<br>
>><br>
>> Just to clarify the reasoning behind my comments I was concerned that<br>
>> your data may not be adequate to fit the model since you seemed to have<br>
>> very small random variances and little effect from the moderators.<br>
>><br>
>> Michael<br>
>><br>
>> On 14/06/2023 10:22, Viechtbauer, Wolfgang (NP) via R-sig-meta-analysis<br>
>> wrote:<br>
>> > Michael means using the profile() function.<br>
>> ><br>
>> > This aside, if you use predict(<model>), then it will compute<br>
>> predicted/fitted values based on the model matrix (and corresponding<br>
>> CIs/PIs). If you want predicted values for particular combinations of<br>
>> moderator values, then you have to specify the 'newmods' argument.<br>
>> ><br>
>> > Best,<br>
>> > Wolfgang<br>
>> ><br>
>> >> -----Original Message-----<br>
>> >> From: R-sig-meta-analysis [mailto:<br>
>> <a href="mailto:r-sig-meta-analysis-bounces@r-project.org" target="_blank">r-sig-meta-analysis-bounces@r-project.org</a>] On<br>
>> >> Behalf Of Tori Peña via R-sig-meta-analysis<br>
>> >> Sent: Tuesday, 13 June, 2023 19:51<br>
>> >> To: Michael Dewey<br>
>> >> Cc: Tori Peña; R Special Interest Group for Meta-Analysis<br>
>> >> Subject: Re: [R-meta] How to Get PIs for Moderator Analyses<br>
>> >><br>
>> >> Hi Michael,<br>
>> >><br>
>> >> Thanks for your response!  What do you mean by profiling the variance?<br>
>> >> Yes, some of my moderators had virtually no effect in our models.  I<br>
>> have<br>
>> >> the issue with the PI being displayed for each data point in the model<br>
>> >> instead of the PI for the model across all the moderators,<br>
>> unfortunately.<br>
>> >><br>
>> >> On Tue, Jun 6, 2023 at 12:20 PM Michael Dewey <<a href="mailto:lists@dewey.myzen.co.uk" target="_blank">lists@dewey.myzen.co.uk</a>><br>
>> >> wrote:<br>
>> >><br>
>> >>> Dear Tori<br>
>> >>><br>
>> >>> It might help to know exactly why you think the ouput is incorrect but<br>
>> I<br>
>> >>> notice that (a) your random effects seem to have very small variances<br>
>> >>> (have you tried profiling them?) (b) your moderator does not seem to<br>
>> >>> have much effect either.<br>
>> >>><br>
>> >>> Michael<br>
>> >>><br>
>> >>> On 06/06/2023 16:59, Tori Peña via R-sig-meta-analysis wrote:<br>
>> >>>> Hello Listserv -<br>
>> >>>><br>
>> >>>> I wanted to know if folks know of a way to get prediction intervals<br>
>> for<br>
>> >>>> moderator analyses!  I tried the predict() function but the output<br>
>> looks<br>
>> >>>> incorrect.  I attached a screenshot below of the code plus a part of<br>
>> the<br>
>> >>>> output.<br>
>> >>>><br>
>> >>>> Thanks in advance!<br>
>> >>>><br>
>> >>>> --<br>
>> >>>> *Tori Peña, Ph.D. *(she/her/ella)<br>
>> >>>> Cognitive Psychology<br>
>> >>>> Dept. of Psychology<br>
>> >>>> Stony Brook University<br>
>> >>>> Stony Brook, NY 11790-2500<br>
>> >>>> Stony Brook University logo<br>
</blockquote></div>