<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">To whom this may concern,<div><br></div><div>I've been learning how to perform meta-analysis of diagnostic test accuracy (DTA).</div><div>I used mada package maintained by Prof. Doebler.</div><div>I'm aware that publication bias of DTA is better analyzed with the method proposed by Deek et al in 2005.</div><div>The Deek's funnel plot plots the lnDOR against the inverse of the square root of effective sample size (ESS).</div><div>Test of asymmetry is then conducted by regression of lnDOR with 1/root(ESS).</div><div>Please see the attachment "deeks2005" for more details.</div><div><br></div><div>Since Deek's funnel plot is not included in the mada package, and after discussion with Prof. Doebler, I adopted his suggestion that I use funnel() function within the metafor package to customize what I need to plot Deek's funnel plot.</div><div>I've got so close except for the final step: adding the regression line to the funnel plot.</div><div>I used the Child Behavior Checklist (CBCL) scale in the Chang et al study to practice. <br>Please see the attachment for the dataset ("chang_cbcl.csv"), my code ("Deek funnel plot.R") and the results after running in the console ("console.txt").<br>The regression to test the asymmetry yielded same P-value as in the Chang et al. study.<br>Please see the attachments of their funnel plot and mine ("chang_cbcl_deeksfunnel.png" and "myplot.png", respectively).<br><br>As I mentioned earlier, I couldn't find a way to correctly add the regression line onto the funnel plot.<br>Is there any solution you suggest?<br>Please let me know.  <br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr">Thank you very much. Best wishes.</div></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">張君毓</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Chang, Chun-Yu (Paul)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">慈濟大學醫學系100級</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Class 2018, School of Medicine, Tzu Chi University</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">台北慈濟醫院PGY</font></div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Post-graduate-year doctor, <span lang="EN-US" style="font-size:10pt">Taipei Tzu Chi Hospital, Buddhist Tzu Chi Medical Foundation, New Taipei, Taiwan</span></font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:13.3333px">E-mail: <a href="mailto:paulchan1231@gmail.com" target="_blank">paulchang1231@gmail.com</a></span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:13.3333px">Cell: 0978000933</span></font></div></div></div></div></div></div></div>
</div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">張君毓</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Chang, Chun-Yu (Paul)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">慈濟大學醫學系100級</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Class 2018, School of Medicine, Tzu Chi University</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">台北慈濟醫院PGY</font></div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Post-graduate-year doctor, <span lang="EN-US" style="font-size:10pt">Taipei Tzu Chi Hospital, Buddhist Tzu Chi Medical Foundation, New Taipei, Taiwan</span></font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:13.3333px">E-mail: <a href="mailto:paulchan1231@gmail.com" target="_blank">paulchang1231@gmail.com</a></span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:13.3333px">Cell: 0978000933</span></font></div></div></div></div></div></div>