<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Simon and all,</div><div><br></div>After reinstalling the official binary and reinstalling all packages, almost everything is working fine. The only exception is rgdal, which is not available as a binary and, when I try to compile it, I get the error below. I did extract gFortran from the link you provided and moved it to the folder <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:medium">/opt/R/arm64</span><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif"> as indicated on CRAN (print screen below).</font></span></div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif">Anything I'm clearly doing wrong? I appreciate the help.</font></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif">Cheers and thanks again,</font></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif">Renato</font></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#0000ff">> install.packages('rgdal')</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">Package which is only available in source form, and may need compilation of C/C++/Fortran: ‘rgdal’</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">Do you want to attempt to install these from sources? (Yes/no/cancel) yes</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">installing the source package ‘rgdal’</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">trying URL '<a href="https://cran.csiro.au/src/contrib/rgdal_1.5-23.tar.gz">https://cran.csiro.au/src/contrib/rgdal_1.5-23.tar.gz</a>'</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">Content type 'application/x-gzip' length 4393536 bytes (4.2 MB)</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">==================================================</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">downloaded 4.2 MB</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: R_HOME: /Library/Frameworks/R.framework/Resources</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: CC: clang -arch arm64</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: CXX: clang++ -arch arm64 -std=gnu++14</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: CFLAGS: -falign-functions=64 -Wall -g -O2</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: CPPFLAGS: -I/opt/R/arm64/include</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: CXXFLAGS: -falign-functions=64 -Wall -g -O2</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: LDFLAGS: -L/opt/R/arm64/lib</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: LDFLAGS: -L/opt/R/arm64/lib</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: CXX11 is: clang++ -arch arm64, CXX11STD is: -std=gnu++11</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: CXX is: clang++ -arch arm64 -std=gnu++11</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: C++11 support available</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: rgdal: 1.5-23</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">checking for /usr/bin/svnversion... no</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">configure: svn revision: 1121</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">checking for gdal-config... no</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#999999">no</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000"><br></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">The downloaded source packages are in</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000"><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>‘/private/var/folders/g0/k2tmg4q931s1x3cy_vm_m4cr0000gn/T/RtmpydK1sm/downloaded_packages’</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">Warning message:</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">In install.packages("rgdal") :</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000">  installation of package ‘rgdal’ had non-zero exit status</font></div></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="monospace" color="#ff0000"><br></font></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><img src="cid:ii_koz0l7id1" alt="image.png" width="558" height="171"><br><div><br></div><div></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, 20 May 2021 at 11:46, Simon Urbanek <<a href="mailto:simon.urbanek@r-project.org">simon.urbanek@r-project.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I was able to replicate the problem - it is a bug in select.list() in the R.app GUI and it is present in both the Intel and the arm64 version of R 4.1.0 so it is not M1-specific.<br>
<br>
The work-around is as Jeroen said to set<br>
options(menu.graphics=FALSE)<br>
<br>
Cheers,<br>
Simon<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
> On 20/05/2021, at 12:28 PM, Renato Morais <<a href="mailto:renatomoraisaraujo@gmail.com" target="_blank">renatomoraisaraujo@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Simon,<br>
> <br>
> I'll attach the crash reports available, I hope that helps and sorry there's probably repeated crash reports, as I repeatedly tried the same things.<br>
> <br>
> So, relative to the source packages there's actually nothing I can do for now?<br>
> <br>
> Thanks for the attention,<br>
> Renato<br>
> <br>
> On Thu, 20 May 2021 at 08:52, Simon Urbanek <<a href="mailto:simon.urbanek@r-project.org" target="_blank">simon.urbanek@r-project.org</a>> wrote:<br>
> Renato,<br>
> <br>
> just open the Console application (under Utilities) - it has all logs from your machine - there will be either an R crash log or some entries in the system log.<br>
> <br>
> As for packages, it will be solved once the R 4.1.0 binaries for arm64 are released (as soon as all builds finish), but you will have to make sure you re-install all packages to remove the pre-releases.<br>
> <br>
> Thanks,<br>
> Simon<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> > On 20/05/2021, at 10:27 AM, Renato Morais <<a href="mailto:renatomoraisaraujo@gmail.com" target="_blank">renatomoraisaraujo@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > <br>
> > Hi Simon,<br>
> > <br>
> > I'm happy to, I'm just not sure how to check previous logs...<br>
> > <br>
> > On another note, and I'm sure this is a problem with the compiler, now that my packages are installed, the ones I had to compile from the source cannot be loaded.<br>
> > <br>
> > Error: package or namespace load failed for ‘nlme’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):<br>
> >  unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/nlme/libs/nlme.so':<br>
> >   dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/nlme/libs/nlme.so, 6): Library not loaded: /opt/R/arm64/gfortran/lib/libgfortran.5.dylib<br>
> >   Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/nlme/libs/nlme.so<br>
> >   Reason: image not found<br>
> > <br>
> > Any insights on how that could be solved?<br>
> > <br>
> > Thanks again for your help,<br>
> > Renato<br>
> > <br>
> > On Thu, 20 May 2021 at 07:00, Simon Urbanek <<a href="mailto:simon.urbanek@r-project.org" target="_blank">simon.urbanek@r-project.org</a>> wrote:<br>
> > Renato,<br>
> > <br>
> > I'm glad you have work-around, but I'd still like to get to the core of the issue, we don't want R to crash ;).<br>
> > Can you, please, check your Console log to see if there is a trace of the crash and if so, send it to me?<br>
> > Also are you using R in the Terminal or the R.app GUI?<br>
> > <br>
> > Thanks,<br>
> > Simon<br>
> > <br>
> > <br>
> > > On 20/05/2021, at 12:07 AM, Renato Morais <<a href="mailto:renatomoraisaraujo@gmail.com" target="_blank">renatomoraisaraujo@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > > <br>
> > > Thanks Jeroen, fixing the repo connected me with CRAN (it was defaulted to<br>
> > > '@CRAN@' I think)!<br>
> > > <br>
> > > Cheers,<br>
> > > Renato<br>
> > > <br>
> > > On Wed, 19 May 2021 at 21:00, Jeroen Ooms <<a href="mailto:jeroen@berkeley.edu" target="_blank">jeroen@berkeley.edu</a>> wrote:<br>
> > > <br>
> > >> On Wed, May 19, 2021 at 11:34 AM Renato Morais<br>
> > >> <<a href="mailto:renatomoraisaraujo@gmail.com" target="_blank">renatomoraisaraujo@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > >>> <br>
> > >>> Hi all,<br>
> > >>> <br>
> > >>> I'm new here, so please forgive my clumsy error reporting.<br>
> > >>> <br>
> > >>> I have just downloaded *R-4.1-branch.pkg* for my Mac M1, as I wanted to<br>
> > >>> finally enjoy a native normal-speed R (for some reason running v 4.0.5 on<br>
> > >>> Rosetta was extremely slow on my machine). I also installed the latest<br>
> > >>> XQuartz, as indicated (v 2.8.1).<br>
> > >>> <br>
> > >>> Sad story is, when I try a simple install.packages command, it first<br>
> > >>> appears to ignore me, after returning 'Please select a CRAN mirror for<br>
> > >> use<br>
> > >>> in this session'. if I insist, it crashes. No useful error messages.<br>
> > >> Trying<br>
> > >>> via the Package Installer tab didn't work either. It doesn't find any<br>
> > >>> packages, indeed it crashes if I ask it to load the list.<br>
> > >> <br>
> > >> This indeed sounds like an xQuartz issue, failing to popup the mirror<br>
> > >> selection menu. Does everything work if you manually set your CRAN<br>
> > >> mirror first, e.g:<br>
> > >> <br>
> > >>  options(repos=c(CRAN="<a href="https://cloud.r-project.org" rel="noreferrer" target="_blank">https://cloud.r-project.org</a>"))<br>
> > >> <br>
> > >> Alternatively you can disable the popup menus all-together using:<br>
> > >> <br>
> > >>  options(menu.graphics=FALSE)<br>
> > >> <br>
> > >> Which should probably be the default.<br>
> > >> <br>
> > > <br>
> > > <br>
> > > -- <br>
> > > <br>
> > > *Renato Morais | **ARC Postdoctoral Research Associate*<br>
> > > <br>
> > > Research Hub for Coral Reef Ecosystem Functions<br>
> > > <br>
> > > College of Science and Engineering<br>
> > > <br>
> > > ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies<br>
> > > <br>
> > > James Cook University<br>
> > > <br>
> > > Townsville, Queensland, Australia<br>
> > > <br>
> > > <a href="https://www.reeffunctionhub.org" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.reeffunctionhub.org</a><br>
> > > <br>
> > > <a href="http://thebellwoodreeffishlab.com" rel="noreferrer" target="_blank">http://thebellwoodreeffishlab.com</a><br>
> > > <br>
> > > <br>
> > > <br>
> > > --<br>
> > > <br>
> > >       [[alternative HTML version deleted]]<br>
> > > <br>
> > > _______________________________________________<br>
> > > R-SIG-Mac mailing list<br>
> > > <a href="mailto:R-SIG-Mac@r-project.org" target="_blank">R-SIG-Mac@r-project.org</a><br>
> > > <a href="https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mac" rel="noreferrer" target="_blank">https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mac</a><br>
> > > <br>
> > <br>
> > <br>
> > <br>
> > -- <br>
> > Renato Morais | ARC Postdoctoral Research Associate<br>
> > <br>
> > Research Hub for Coral Reef Ecosystem Functions<br>
> > College of Science and Engineering<br>
> > ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies<br>
> > James Cook University<br>
> > Townsville, Queensland, Australia<br>
> > <a href="https://www.reeffunctionhub.org" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.reeffunctionhub.org</a><br>
> > <a href="http://thebellwoodreeffishlab.com" rel="noreferrer" target="_blank">http://thebellwoodreeffishlab.com</a><br>
> >  <br>
> > -- <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> -- <br>
> Renato Morais | ARC Postdoctoral Research Associate<br>
> <br>
> Research Hub for Coral Reef Ecosystem Functions<br>
> College of Science and Engineering<br>
> ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies<br>
> James Cook University<br>
> Townsville, Queensland, Australia<br>
> <a href="https://www.reeffunctionhub.org" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.reeffunctionhub.org</a><br>
> <a href="http://thebellwoodreeffishlab.com" rel="noreferrer" target="_blank">http://thebellwoodreeffishlab.com</a><br>
>  <br>
> -- <br>
> <R_2021-05-17-082003_Renatos-MacBook-Pro.crash><X11.bin_2021-05-19-184846_Renatos-MacBook-Pro.crash><rsession_2021-05-19-182539_Renatos-MacBook-Pro.crash><rsession_2021-05-19-193014_Renatos-MacBook-Pro.crash><rsession_2021-05-19-182051_Renatos-MacBook-Pro.crash><R_2021-05-19-181442_Renatos-MacBook-Pro.crash><rsession_2021-05-19-182006_Renatos-MacBook-Pro.crash>_______________________________________________<br>
> R-SIG-Mac mailing list<br>
> <a href="mailto:R-SIG-Mac@r-project.org" target="_blank">R-SIG-Mac@r-project.org</a><br>
> <a href="https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mac" rel="noreferrer" target="_blank">https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mac</a><br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 6pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif">Renato Morais | </span></b><b><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif;color:rgb(38,38,38)">ARC Postdoctoral Research Associate</span></b><span style="font-size:12pt"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif;color:rgb(38,38,38)">Research Hub for Coral Reef Ecosystem Functions</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif;color:rgb(38,38,38)">College of Science and Engineering</span><span style="font-size:12pt;color:rgb(38,38,38)"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif;color:rgb(38,38,38)">ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies</span><span style="font-size:12pt;color:rgb(38,38,38)"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif;color:rgb(38,38,38)">James Cook University</span><span style="font-size:12pt;color:rgb(38,38,38)"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif;color:rgb(38,38,38)">Townsville, Queensland, Australia</span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif"><a href="https://www.reeffunctionhub.org/" style="color:rgb(149,79,114)" target="_blank">https://www.reeffunctionhub.org</a></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0);line-height:18pt"><span lang="EN-US" style="font-size:9pt;font-family:"Helvetica Light",sans-serif"><a href="http://thebellwoodreeffishlab.com/" style="color:rgb(149,79,114)" target="_blank">http://thebellwoodreeffishlab.com</a></span><span style="font-size:12pt"></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(0,0,0)">-- </p><div style="font-family:arial;font-size:small"></div></div></div></div></div></div></div></div></div>