<div dir="ltr"><div>Dear Roger, <br></div><div><br></div><div>Thanks for the answer.</div><div><br></div><div>R is installed from Fedora repos and no, I do not have any issues with sf. It installs and loads just fine. <br></div><div><br></div><div>I downloaded the new rgdal tar.gz from R-forge, but I get the same error that was reported yesterday; config.log file attached. The first error I see there is in line 98-99 about a -V not recognized and then another one for -qversion. Are those relevant?<br></div><div><br></div><div>Vero<br></div><div>---</div><div>install.packages("~/Downloads/rgdal_1.5-13.tar.gz", repos = NULL, type = "source")<br>Installing package into ‘/home/veroandreo/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6’<br>(as ‘lib’ is unspecified)<br>* installing *source* package ‘rgdal’ ...<br>** using staged installation<br>configure: R_HOME: /usr/lib64/R<br>configure: CC: gcc -m64<br>configure: CXX: g++ -m64 -std=gnu++11<br>configure: CFLAGS: -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wp,-D_GLIBCXX_ASSERTIONS -fexceptions -fstack-protector-strong -grecord-gcc-switches -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1 -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-annobin-cc1 -m64 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -fcf-protection<br>configure: CPPFLAGS: -I/usr/local/include<br>configure: LDFLAGS: -Wl,-z,relro -Wl,--as-needed -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld<br>loadflags: yes<br>configure: LDFLAGS: -Wl,-z,relro -Wl,--as-needed -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld<br>configure: CXX11 is: g++ -m64, CXX11STD is: -std=gnu++11<br>configure: CXX is: g++ -m64 -std=gnu++11<br>configure: C++11 support available<br>configure: rgdal: 1.5-13<br>checking for /usr/bin/svnversion... yes<br>cat: inst/SVN_VERSION: No such file or directory<br>configure: svn revision: <br>checking for gdal-config... /usr/bin/gdal-config<br>checking gdal-config usability... yes<br>configure: GDAL: 3.0.4<br>checking GDAL version >= 1.11.4... yes<br>checking GDAL version <= 2.5 or >= 3.0... yes<br>checking GDAL: linking with --libs only... yes<br>checking GDAL: gdal-config data directory readable... yes<br>checking GDAL: /usr/share/gdal/stateplane.csv readable... yes<br>configure: pkg-config proj exists, will use it<br>configure: PROJ version: 6.3.2<br>configure: PROJ CPP flags: -DPROJ_H_API  <br>configure: PROJ LIBS: -lproj  <br>checking PROJ header API:... yes<br>checking whether the C++ compiler works... yes<br>checking for C++ compiler default output file name... a.out<br>checking for suffix of executables... <br>checking whether we are cross compiling... configure: error: in `/home/veroandreo/tmp/Rtmp9DsGuk/R.INSTALL16352f5a74a/rgdal':<br>configure: error: cannot run C++ compiled programs.<br>If you meant to cross compile, use `--host'.<br>See `config.log' for more details<br>ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’<br>* removing ‘/home/veroandreo/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/rgdal’<br>Warning in install.packages :<br>  installation of package ‘/home/veroandreo/Downloads/rgdal_1.5-13.tar.gz’ had non-zero exit status</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El dom., 28 jun. 2020 a las 14:44, Roger Bivand (<<a href="mailto:Roger.Bivand@nhh.no">Roger.Bivand@nhh.no</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On Sun, 28 Jun 2020, Roger Bivand wrote:<br>
<br>
> Vero,<br>
><br>
> On Sat, 27 Jun 2020, Veronica Andreo wrote:<br>
><br>
>>  See the attached config.log file<br>
>> <br>
><br>
> How did you install R itself? If an rpm, then<br>
><br>
> <a href="https://github.com/r-spatial/sf/issues/1369" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/r-spatial/sf/issues/1369</a><br>
><br>
> may be relevant, also if you see errors installing sf. You would need to <br>
> unset LDFLAGS before installing:<br>
><br>
> <a href="https://github.com/r-spatial/sf/issues/1369#issuecomment-614096865" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/r-spatial/sf/issues/1369#issuecomment-614096865</a><br>
><br>
> Please report back on this.<br>
<br>
LDFLAGS needs unsetting. Revision 1020 on R-Forge<br>
<br>
<a href="https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=884" rel="noreferrer" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=884</a><br>
<br>
includes a new configure argument --disable-loadflags to assist in <br>
unsetting the very specific R rpm LDFLAGS. Please report if this fixes the <br>
problem.<br>
<br>
Roger<br>
<br>
<br>
><br>
> Roger<br>
><br>
>>  El sáb., 27 jun. 2020 a las 21:29, Veronica Andreo<br>
>>  (<<a href="mailto:veroandreo@gmail.com" target="_blank">veroandreo@gmail.com</a>>)<br>
>>  escribió:<br>
>><br>
>>>  Hello everyone<br>
>>><br>
>>>  I have just updated my system to fedora 32 (which fetched GDAL 3 and PROJ<br>
>>>  6) and when updating my R packages, I get the following error for rgdal.<br>
>>>  Can someone help me out here? What does it mean that it cannot run C++<br>
>>>  compiled programs?  And do I want to crosscompile?<br>
>>><br>
>>>  Thanks much in advance<br>
>>><br>
>>>  Vero<br>
>>><br>
>>>  ---<br>
>>><br>
>>>  install.packages("rgdal")<br>
>>>  Installing package into<br>
>>>  ‘/home/veroandreo/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6’<br>
>>>  (as ‘lib’ is unspecified)<br>
>>>  trying URL '<a href="http://cran.rstudio.com/src/contrib/rgdal_1.5-12.tar.gz" rel="noreferrer" target="_blank">http://cran.rstudio.com/src/contrib/rgdal_1.5-12.tar.gz</a>'<br>
>>>  Content type 'application/x-gzip' length 2302403 bytes (2.2 MB)<br>
>>>  ==================================================<br>
>>>  downloaded 2.2 MB<br>
>>><br>
>>>  * installing *source* package ‘rgdal’ ...<br>
>>>  ** package ‘rgdal’ successfully unpacked and MD5 sums checked<br>
>>>  ** using staged installation<br>
>>> configure:  R_HOME: /usr/lib64/R<br>
>>> configure:  CC: gcc -m64<br>
>>> configure:  CXX: g++ -m64 -std=gnu++11<br>
>>> configure:  CXX11 is: g++ -m64, CXX11STD is: -std=gnu++11<br>
>>> configure:  CXX is: g++ -m64 -std=gnu++11<br>
>>> configure:  C++11 support available<br>
>>> configure:  rgdal: 1.5-12<br>
>>>  checking for /usr/bin/svnversion... yes<br>
>>> configure:  svn revision: 1018<br>
>>>  checking for gdal-config... /usr/bin/gdal-config<br>
>>>  checking gdal-config usability... yes<br>
>>> configure:  GDAL: 3.0.4<br>
>>>  checking GDAL version >= 1.11.4... yes<br>
>>>  checking GDAL version <= 2.5 or >= 3.0... yes<br>
>>>  checking GDAL: linking with --libs only... yes<br>
>>>  checking GDAL: gdal-config data directory readable... yes<br>
>>>  checking GDAL: /usr/share/gdal/stateplane.csv readable... yes<br>
>>> configure:  pkg-config proj exists, will use it<br>
>>> configure:  PROJ version: 6.3.2<br>
>>> configure:  PROJ CPP flags: -DPROJ_H_API<br>
>>> configure:  PROJ LIBS: -lproj<br>
>>>  checking PROJ header API:... yes<br>
>>>  checking whether the C++ compiler works... yes<br>
>>>  checking for C++ compiler default output file name... a.out<br>
>>>  checking for suffix of executables...<br>
>>>  checking whether we are cross compiling... configure: error: in<br>
>>>  `/home/veroandreo/tmp/Rtmpo7AtPr/R.INSTALL12cc66f8f895/rgdal':<br>
>>> configure:  error: cannot run C++ compiled programs. <<<<--- here<br>
>>>  If you meant to cross compile, use `--host'.<br>
>>>  See `config.log' for more details<br>
>>>  ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’<br>
>>>  * removing ‘/home/veroandreo/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/rgdal’<br>
>>>  * restoring previous<br>
>>>  ‘/home/veroandreo/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/rgdal’<br>
>>>  Warning in install.packages :<br>
>>>    installation of package ‘rgdal’ had non-zero exit status<br>
>>><br>
>>>  ---<br>
>>><br>
>>>  sessionInfo()<br>
>>>  R version 3.6.3 (2020-02-29)<br>
>>>  Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)<br>
>>>  Running under: Fedora 32 (Thirty Two)<br>
>>><br>
>>>  Matrix products: default<br>
>>>  BLAS/LAPACK: /usr/lib64/<a href="http://libopenblas-r0.3.9.so" rel="noreferrer" target="_blank">libopenblas-r0.3.9.so</a><br>
>>><br>
>>>  Random number generation:<br>
>>>   RNG:     Mersenne-Twister<br>
>>>   Normal:  Inversion<br>
>>>   Sample:  Rounding<br>
>>><br>
>>>  locale:<br>
>>>   [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C<br>
>>>   [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8<br>
>>>   [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8<br>
>>>   [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C<br>
>>>   [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C<br>
>>>  [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C<br>
>>><br>
>>>  attached base packages:<br>
>>>  [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base<br>
>>><br>
>>>  loaded via a namespace (and not attached):<br>
>>>  [1] compiler_3.6.3 tools_3.6.3<br>
>>> <br>
>> <br>
><br>
><br>
<br>
-- <br>
Roger Bivand<br>
Department of Economics, Norwegian School of Economics,<br>
Helleveien 30, N-5045 Bergen, Norway.<br>
voice: +47 55 95 93 55; e-mail: <a href="mailto:Roger.Bivand@nhh.no" target="_blank">Roger.Bivand@nhh.no</a><br>
<a href="https://orcid.org/0000-0003-2392-6140" rel="noreferrer" target="_blank">https://orcid.org/0000-0003-2392-6140</a><br>
<a href="https://scholar.google.no/citations?user=AWeghB0AAAAJ&hl=en" rel="noreferrer" target="_blank">https://scholar.google.no/citations?user=AWeghB0AAAAJ&hl=en</a></blockquote></div>