<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Thanks for your response. I have used traceback() and found out that the bug is in the mask_10m.asc.</div><div><br></div><div>The following is the message:</div><div><br></div><div><div>12: stop("missing values in object")</div><div>11: na.fail.default(list(annaul_2001 = c(945.134, 648.716, 559.562, </div><div>    655.574, 771.144, 805.434, 1276.604, 519.938, 1036.574, 763.016, </div><div>    757.428, 1062.482, 851.662, 720.852, 672.084, 855.218, 599.948, </div><div>    745.744, 685.292, 699.77, 775.97, 752.602, 573.786, 755.65, 628.904, </div><div>    849.63, 741.426, 676.402, 909.066, 695.452, 577.85, 707.644, </div><div>    762, 824.738, 919.48, 653.034, 781.304, 886.968, 828.802, 842.518, </div><div>    459.994, 624.84), mask_10m.asc = c(88.5786418914795, 45.8059759140015, </div><div>    15.0768859386444, 12.3127512931824, 71.3703689575195, 152.519027709961, </div><div>    1005.87916564941, 11.7274975776672, NA, 228.937419891357, 181.906177520752, </div><div>    318.3203125, 502.518295288086, NA, 42.9922714233398, NA, NA, </div><div>    104.217571258545, 177.359172821045, 232.616687774658, 457.08145904541, </div><div>    398.026458740234, NA, 232.151866912842, 64.8636112213135, 320.606918334961, </div><div>    154.726047515869, 240.452461242676, NA, 293.9072265625, NA, 181.774570465088, </div><div>    222.223022460938, 192.939517974854, 583.289840698242, 782.529495239258, </div><div>    497.32640838623, 1249.03039550781, 347.13688659668, NA, NA, NA</div><div>    )))</div></div><div><br></div><div>I have tried to use na.omit to remove the NAs from mask_10m.asc, but it seems not work in this case.<br></div><div><br></div><div>Do you have any idea about how to get rid of NAs from ascii data? I have attache the ascii file and precipitation file I used.</div><div><br></div><div>Many thanks in advance.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Helen​<br><div class="gmail_chip gmail_drive_chip" style="width:396px;height:18px;max-height:18px;background-color:#f5f5f5;padding:5px;color:#222;font-family:arial;font-style:normal;font-weight:bold;font-size:13px;border:1px solid #ddd;line-height:1"><a href="https://docs.google.com/file/d/0BxOsJNA0fHDrZjBSZURXNTBNWWM/edit?usp=drive_web" target="_blank" style="display:inline-block;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;text-decoration:none;padding:1px 0px;border:none;width:100%"><img style="vertical-align: bottom; border: none;" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> <span dir="ltr" style="color:#15c;text-decoration:none;vertical-align:bottom">mask_10m.asc</span></a></div>​<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-09-25 2:04 GMT-07:00 Edzer Pebesma <span dir="ltr"><<a href="mailto:edzer.pebesma@uni-muenster.de" target="_blank">edzer.pebesma@uni-muenster.de</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">We can only speculate, but mask_10m.asc may contain missing values, and<br>
not refer to rainfall (directly).<br>
<div><div><br>
On 09/25/2014 09:57 AM, Tomislav Hengl wrote:<br>
><br>
> Helen,<br>
><br>
> Most likely you need to subset the missing values by using e.g.<br>
> "precip[!<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(precip$annaul_2001),]", but it is difficult to see if you<br>
> maybe have a typo with variable names.<br>
><br>
> Try using "traceback()" and check the amount of missing values by using<br>
> e.g. "summary(<a href="http://is.na" target="_blank">is.na</a>(precip$annaul_2001))" and/or<br>
> "summary(complete.cases(precip))".<br>
><br>
> HTH,<br>
><br>
> T. (Tom) Hengl<br>
> Researcher @ ISRIC - World Soil Information<br>
> Url: <a href="http://www.wageningenur.nl/en/Persons/dr.-T-Tom-Hengl.htm" target="_blank">http://www.wageningenur.nl/en/Persons/dr.-T-Tom-Hengl.htm</a><br>
> Network: <a href="http://profiles.google.com/tom.hengl" target="_blank">http://profiles.google.com/tom.hengl</a><br>
> Publications: <a href="http://scholar.google.com/citations?user=2oYU7S8AAAAJ" target="_blank">http://scholar.google.com/citations?user=2oYU7S8AAAAJ</a><br>
><br>
><br>
> On 25-9-2014 7:57, Helen Chen wrote:<br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> I am following the code provide from this link:<br>
>> <a href="http://spatial-analyst.net/wiki/index.php?title=Regression-kriging_guide" target="_blank">http://spatial-analyst.net/wiki/index.php?title=Regression-kriging_guide</a>)<br>
>> with my own data.<br>
>><br>
>> but I got stuck in fitting variogram, the error message is as follow:<br>
>><br>
>>> vgm_precip_r <- fit.variogram(variogram(annaul_2001~mask_10m.asc,<br>
>> precip), model=null.vgm)<br>
>> Error in na.fail.default(list(annaul_2001 = c(945.134, 648.716,<br>
>> 559.562,  :<br>
>>    missing values in object<br>
>><br>
>> But I have checked that there is no missing value in my rainfall data.<br>
>> Any<br>
>> help would be very much appreciated.<br>
>><br>
>> Helen<br>
>><br>
>>     [[alternative HTML version deleted]]<br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> R-sig-Geo mailing list<br>
>> <a href="mailto:R-sig-Geo@r-project.org" target="_blank">R-sig-Geo@r-project.org</a><br>
>> <a href="https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo" target="_blank">https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo</a><br>
>><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> R-sig-Geo mailing list<br>
> <a href="mailto:R-sig-Geo@r-project.org" target="_blank">R-sig-Geo@r-project.org</a><br>
> <a href="https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo" target="_blank">https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo</a><br>
<br>
</div></div><span><font color="#888888">--<br>
Edzer Pebesma<br>
Institute for Geoinformatics (ifgi), University of Münster<br>
Heisenbergstraße 2, 48149 Münster, Germany. Phone: +49 251<br>
83 33081 <a href="http://ifgi.uni-muenster.de" target="_blank">http://ifgi.uni-muenster.de</a> GPG key ID 0xAC227795<br>
<br>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
R-sig-Geo mailing list<br>
<a href="mailto:R-sig-Geo@r-project.org" target="_blank">R-sig-Geo@r-project.org</a><br>
<a href="https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo" target="_blank">https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>