The script....<br><br><div class="gmail_quote">2012/3/15 Jaime Burbano Girón <span dir="ltr"><<a href="mailto:jaimebg27@gmail.com">jaimebg27@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Louise, I have calculated minimum convex polygons with "calc_mcp" function from package "aspace", but I think this function is not longer available, so I attach my script using it, where the function is written.<br>

<br>An other tool that I have used is the Hawth's Analysis Tools extension for ArcGIS: <a href="http://www.spatialecology.com/htools/tooldesc.php" target="_blank">http://www.spatialecology.com/htools/tooldesc.php</a><br>
<br>Cheers...<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 15, 2012 at 8:56 AM, Louise Mair <span dir="ltr"><<a href="mailto:lm609@york.ac.uk" target="_blank">lm609@york.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hello,<br>
<br>
I have a distribution dataset for species consisting of xy coordinates at<br>
the 1km resolution, with only presence data. So a simplified example of a<br>
species distribution might be:<br>
<br>
y <- rbind(as.integer(rnorm(100,50,20)), as.integer(rnorm(200,100,30)),<br>
as.integer(rnorm(100,180,15)))<br>
x <- rbind(as.integer(rnorm(200,50,20)), as.integer(rnorm(200,100,20)),<br>
as.integer(rnorm(100,200,15)))<br>
plot(y~x)<br>
<br>
I would like to create polygons for each species distribution, where if an<br>
island is present (as I have tried to show in the example), it would be a<br>
seperate polygon, and the jagged edges where species distributions meet<br>
coastlines etc are maintained. I have tried functions such as mcp in the<br>
package adehabitat, but this produces a very coarse polygon, which doesn't<br>
provide the detailed distribution edges that I need. Other functions I've<br>
tried require the data already to be in the format where the only xy<br>
coordinates present are the outline of the polygon.<br>
<br>
Can anyone please recommend a function I can use here, or suggest a way of<br>
extracting the outline points? I have tried this manually but cannot seem<br>
to write a code that will effectively take account of jagged edges and<br>
islands.<br>
<br>
Thanks very much for your help,<br>
<br>
Louise.<br>
<br>
        [[alternative HTML version deleted]]<br>
<br>
_______________________________________________<br>
R-sig-Geo mailing list<br>
<a href="mailto:R-sig-Geo@r-project.org" target="_blank">R-sig-Geo@r-project.org</a><br>
<a href="https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo" target="_blank">https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-geo</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br>Jaime Burbano Girón<br>Maestría en Ciencias Biológicas - Ecología<br>Universidad Nacional de Colombia<br>Bogotá - Colombia<br>
<a href="tel:%2857%29%203168573713" value="+573168573713" target="_blank">(57) 3168573713</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Jaime Burbano Girón<br>Maestría en Ciencias Biológicas - Ecología<br>Universidad Nacional de Colombia<br>Bogotá - Colombia<br>(57) 3168573713<br>