Hi everybody,
I have a data base on a plant species with records attached to the centers of grid cells.
Because I don't have softwares as arcgis, I'd like to learn spatial analyses with R (and qgis?).
I have wgs84 coordinates and 3 status for the species population (casual=50 plants; unknown=500; established=1500).I just tried to see data with a simple plot but I must represent the density of population. 
I found kde2d but I don't know if kernel suits and what it
 means. I think that I can use it with the three populations status but I don't know how.
The grid resolution can vary ('1' means 3km of resolution and '2' means 6 km so I must assign them to the first ones).
I just heard about krigeage (autokrige?) and nearest neighbors but I don't know how to use them to calculate the number of plants by grid cell.
The objective is to have 'net cbf' format because I must transfer the distribution map to a pollen emission map for a transport model.
Thanks for your help!
Alice
------------------------------------------------
Alice SCHAFFHAUSER 

------------------------------------------------

tab <- read.table("base_at_part.txt", header=T, sep="\t") 
tab 
dim(tab) 
names(tab) 
summary(tab) 
plot(tab$WGS84_E,tab$WGS84_N, col="blue", xlab="WGS84 E", ylab="WGS84 N") 
 
#density histogram years
hist(tab$year_record,  
     probability=TRUE, breaks=20, col="light blue") 
points(density(tab$year_record, bw=1),  type='l', lwd=3, col='black') 
 
#density (kernel density estimation) 
library(MASS)  
kde2d(tab$WGS84_E,tab$WGS84_N) -> tmp  
filled.contour(tmp, color.palette = topo.colors) 
tmp

------------------------------------------------
grid_cell    status    resolution    year_record    Y-LEFT    X-LEFT    y1    y2    x1    x2    WGS84_N    WGS84_E    x    y 
7764/2    unknown    1    1999    4815    1625    48    15.5    16    25.5    48.2583333333333    16.425    16.4583333333    48.275 
7658/1    unknown    1    2005    4821    1520    48    21.5    15    20.5    48.3583333333333    15.3416666666667    15.375    48.375 
7646/3    unknown    1    2001    4818    1320    48    18.5    13    20.5    48.3083333333333    13.3416666666667    13.375    48.325 
7850/2    casual    1    2000    4809    1405    48    9.5    14    5.5    48.1583333333333    14.0916666666667    14.125    48.175 
7745/1    casual    1    1999    4815    1310    48    15.5    13    10.5    48.2583333333333    13.175    13.2083333333    48.275 
7646/1    unknown    1    2001    4821    1320    48    21.5    13    20.5    48.3583333333333    13.3416666666667    13.375    48.375 
7842/4    unknown    1    2002    4806    1245    48    6.5    12    45.5    48.1083333333333    12.7583333333333    12.7916666667    48.125 
7446/2    casual    2    2002    4833    1325    48    33.5    13    25.5    48.5583333333333    13.425    13.4583333333    48.575 
7846/1    casual    1    2002    4809    1320    48    9.5    13    20.5    48.1583333333333    13.3416666666667    13.375    48.175 
7849/2    unknown    1    2001    4809    1355    48    9.5    13    55.5    48.1583333333333    13.925    13.9583333333    48.175 
7943/1    unknown    1    2002    4803    1250    48    3.5    12    50.5    48.0583333333333    12.8416666666667    12.875    48.075 
7646/4    casual    1    2002    4818    1325    48    18.5    13    25.5    48.3083333333333    13.425    13.4583333333    48.325 
8764/1    unknown    2   1974    4715    1620    47    15.5    16    20.5    47.2583333333333    16.3416666666667    16.375    47.275 
7746/4    established    1    2000    4812    1325    48    12.5    13    25.5    48.2083333333333    13.425    13.4583333333    48.225 
7646/3    unknown    1    2002    4818    1320    48    18.5    13    20.5    48.3083333333333    13.3416666666667    13.375    48.325 
7745/4    established    1    2002    4812    1315    48    12.5    13    15.5    48.2083333333333    13.2583333333333    13.2916666667    48.225 
7747/2    casual    1    2003    4815    1335    48    15.5    13    35.5    48.2583333333333    13.5916666666667    13.625    48.275 
8146/2    unknown    1    2003    4751    1325    47    51.5    13    25.5    47.8583333333333    13.425    13.4583333333    47.875 
7646/1    unknown    1    2003    4821    1320    48    21.5    13    20.5    48.3583333333333    13.3416666666667    13.375    48.375 
7842/2    unknown    1    2003    4809    1245    48    9.5    12    45.5    48.1583333333333    12.7583333333333    12.7916666667    48.175 
7546/3    unknown    1    2003    4824    1320    48    24.5    13    20.5    48.4083333333333    13.3416666666667    13.375    48.425 
7752/4    established    1    2003    4812    1425    48    12.5    14    25.5    48.2083333333333    14.425    14.4583333333    48.225 
7863/4    unknown    1    2004    4806    1615    48    6.5    16    15.5    48.1083333333333    16.2583333333333    16.2916666667    48.125 
7963/1    established    2    2003    4803    1610    48    3.5    16    10.5    48.0583333333333    16.175    16.2083333333    48.075 
7849/2    unknown    1    2003    4809    1355    48    9.5    13    55.5    48.1583333333333    13.925    13.9583333333    48.175 
7752/4    established    1    2003    4812    1425    48    12.5    14    25.5    48.2083333333333    14.425    14.4583333333    48.225 
7850/4    unknown    1    2003    4806    1405    48    6.5    14    5.5    48.1083333333333    14.0916666666667    14.125    48.125 
7848/1    unknown    2    2003    4809    1340    48    9.5    13    40.5    48.1583333333333    13.675    13.7083333333    48.175 
7849/2    unknown    1    2003    4809    1355    48    9.5    13    55.5    48.1583333333333    13.925    13.9583333333    48.175 
	[[alternative HTML version deleted]]

