[R-sig-Geo] correct use of autoKrige and gstat with Digital Elevation Models

[Stefano Sofia]

Hi Zivan.
You are right. Yes, I did it:

Inverse_Distance_rainfall <- gstat(formula=Cumulata~ExtractedElevationValues, data=df_prec, locations=newgrid)

My problem is when I try to put the output in a raster. How can I do it?
Inverse_Distance_rainfall is a list, but within it I am not able to find the name to use within raster().
Any suggestion?

Thank you
Stefano




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Stefano Sofia PhD
Area Meteorologica e  Area nivologica - Centro Funzionale
Servizio Protezione Civile - Regione Marche
Via del Colle Ameno 5
60126 Torrette di Ancona, Ancona
Uff: 071 806 7743
E-mail: stefano.sofia using regione.marche.it
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Da: Zivan Karaman [zivan.karaman using gmail.com]
Inviato: venerdì 17 agosto 2018 14.50
A: Stefano Sofia
Oggetto: Re: [R-sig-Geo] correct use of autoKrige and gstat with Digital Elevation Models

Have you tried:
Inverse_Distance_rainfall <- gstat(formula=Cumulata~ExtractedElevationValues, data=df_prec, locations=newgrid)
formula, data and locations are NOT the default first 3 arguments to gstat function - see help(gstat).
HTH
Zivan

> Le 16 août 2018 à 09:21, Stefano Sofia <stefano.sofia using regione.marche.it> a écrit :
>
> Dear R-sig-geo list users,
> I am dealing with rainfall isohyet maps, I am using a DEM in order to get more accurate values.
> In particular I am trying to compare Kriging method (through autoKrige) with the Inverse Distance method (through gstat).
> Kriging code works fine, I think that I am not able to make a correct use of gstat.
>
> In both cases,
> - I load my rainfall cumulates in a data frame called df_prec:
>
> Codice_sensore Cumulata Long_Cent Lat_Cent Quota
> 3134 177 13.22888 42.99361  1352
> 3135 98 13.19046 42.85843  1496
> 3136 40 12.81444 43.23840  1005
> 3137 201 13.30681 42.84369  1036
> 3138 145 13.32638 42.90215   980
> 3139 45 13.11180 42.79578  1575
> 3140 69 13.18538 42.91439  1800
> 3234 129 13.44506 42.74417   960
>
> - I load the shape file and the DEM:
>
> ## LOAD SHAPEFILE
> Shape_area5 <- readOGR(dsn="area5.shp", layer="area5")
> Shape_area5_projection <- "+init=epsg:32633 +proj=utm +zone=33 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0"
> Shape_area5 <- spTransform(Shape_area5, CRS(Shape_area5_projection))
> ## LOADING DEM
> ita_DEM <- getData('alt', country='ITA', mask=FALSE)
> ita_DEM <- projectRaster(ita_DEM, crs = CRS("+init=epsg:32633"))
>
> - I put the coordinates in the correct way, I evaluate the extracted elevation values and I create a new grid with these new values:
>
> ##
> coordinates(df_prec) <- ~Long_Cent+Lat_Cent
> proj4string(df_prec) <- CRS("+init=epsg:4326")
> df_prec <- spTransform(df_prec, CRS("+init=epsg:32633"))
> ## EXTRACT THE ELEVATION VALUES TO MY POINTS; extract EXPECTS A RASTER INPUT
> df_prec$ExtractedElevationValues <- extract(x=ita_DEM, y=df_prec)
> ## CREATE A NEW GRID
> newgrid <- as(ita_DEM, "SpatialGridDataFrame")
> names(newgrid) <- "ExtractedElevationValues"
>
> - when I apply Kriging, everything works fine
> ## KRIGING
> RegressionKriging_rainfall <- autoKrige(Cumulata~ExtractedElevationValues, df_prec, newgrid)
> prec_rast <- raster(RegressionKriging_rainfall$krige_output)
>
> - if I use gstat in the standard way
>
> Inverse_Distance_rainfall <- gstat(formula=Cumulata~1, data=df_prec, locations=newgrid)
>
> everything goes fine, but this code obviously does not take into consideration the elevation points. When I try to use the inverse distance method like Kriging:
> Inverse_Distance_rainfall <- gstat(formula=Cumulata~ExtractedElevationValues, df_prec, newgrid)
>
> I get the following error:
>
> Error in (function (classes, fdef, mtable)  :
>  unable to find an inherited method for function ‘proj4string’ for signature ‘"NULL"’
>  Calls: my_inversedistanceweighted_DEM -> gstat -> proj4string -> <Anonymous>
>
>
> Where is my mistake?
> Could please somebody help me and give me a hint for a correst use of gstat?
> Thank you for your attention and your help
> Stefano
>
>
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