<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hello R-sig-genetics community members,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I am using microsatellite data for the first time. It is in csv format. Individual ids (1314 in total) are in the first column of the file (a snapshot attached below) and the allelic information of each loci (17 loci)  is in duplicate columns. </div>

<div class=""><img height="240" width="290" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="291E1A8A-4F1B-4A09-941C-4DA7DF917E9C" src="cid:F92F6AA3-0C16-4642-843F-476A5B1D6839@nhm.ac.uk" class=""></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">When I convert this data.frame into genind object using adegent, it is considering first column as a locus and calculates number of loci as 35 (see below):</div>

<div class=""><img height="159" width="320" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="41DC7935-BA16-442A-B4F1-22D5B07CD66C" src="cid:423CE768-65F3-4B01-9E38-63CA0FD5ABF1@nhm.ac.uk" class=""></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Please if anyone can guide me what is going wrong here. The actual number of loci is 17 and first column is not a locus.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Many thanks for your time.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Kind regards,</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Rav</div>

<div class="">PhD student</div>

<div class=""><br class="">

</div>

</body>

</html>