<div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>you need to have one column per locus. You can use something along the lines of paste(a,b, sep = "/") to concatenate two columns. </div><div><br></div><div>I think this has been documented on the adegenet forum. It may be useful to search the archives.</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thibaut</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><br>--<br>Dr Thibaut Jombart<br>Lecturer, Department of Infectious Disease Epidemiology, <span style="font-size:12.8px">Imperial College London</span></div></div><div><span style="font-size:12.8px">Head of RECON: </span><span style="font-size:12.8px"><a href="http://repidemicsconsortium.org" target="_blank">repidemicsconsortium.org</a></span><br></div></div><div><a href="http://sites.google.com/site/thibautjombart/" style="font-size:12.8px" target="_blank">sites.google.com/site/thibautjombart/</a><br></div><div><a href="http://github.com/thibautjombart" target="_blank">github.com/thibautjombart</a></div>Twitter: <a href="http://twitter.com/TeebzR" target="_blank">@TeebzR</a><br></div><div dir="ltr">+44(0)20 7594 3658</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 9 December 2016 at 11:33, Bhuller, Ravneet <span dir="ltr"><<a href="mailto:ravneet.bhuller13@imperial.ac.uk" target="_blank">ravneet.bhuller13@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hello R-sig-genetics community members,
<div><br>
</div>
<div>I am using microsatellite data for the first time. It is in csv format. Individual ids (1314 in total) are in the first column of the file (a snapshot attached below) and the allelic information of each loci (17 loci)  is in duplicate columns. </div>
<div><img height="240" width="290" id="m_414172591783146222291E1A8A-4F1B-4A09-941C-4DA7DF917E9C" src="cid:F92F6AA3-0C16-4642-843F-476A5B1D6839@nhm.ac.uk"></div>
<div><br>
</div>
<div>When I convert this data.frame into genind object using adegent, it is considering first column as a locus and calculates number of loci as 35 (see below):</div>
<div><img height="159" width="320" id="m_41417259178314622241DC7935-BA16-442A-B4F1-22D5B07CD66C" src="cid:423CE768-65F3-4B01-9E38-63CA0FD5ABF1@nhm.ac.uk"></div>
<div><br>
</div>
<div>Please if anyone can guide me what is going wrong here. The actual number of loci is 17 and first column is not a locus.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Many thanks for your time.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div><br>
</div>
<div>Rav</div>
<div>PhD student</div>
<div><br>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
R-sig-genetics mailing list<br>
<a href="mailto:R-sig-genetics@r-project.org">R-sig-genetics@r-project.org</a><br>
<a href="https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-genetics" rel="noreferrer" target="_blank">https://stat.ethz.ch/mailman/<wbr>listinfo/r-sig-genetics</a><br></blockquote></div><br></div>