[R-sig-eco] variance partitioning: vegan

[Jari Oksanen]

It uses the number of columns in the *model* matrix. Factors get expanded into contrasts in the model matrix: a p-level factor will be expanded into p-1 columns in the model matrix.

Cheers, Jari Oksanen
________________________________________
From: r-sig-ecology-bounces at r-project.org <r-sig-ecology-bounces at r-project.org> on behalf of Martin Weiser <weiser2 at natur.cuni.cz>
Sent: 23 October 2014 15:28
To: R-sig-ecology at r-project.org
Subject: [R-sig-eco] variance partitioning: vegan

Dear friends,

I have just looked at vegan:::varpart2, and it seems to me that in
estimation of degrees of freedom for adjusted R2 calculation, it just
uses number of columns in the constraining matrix/dataframe.
Am I right?
Is this appropriate if the constraining dataframe involves factors with
several levels?

Best,
Martin W.


--

------------------------------
Pokud je tento e-mail součástí obchodního jednání, Přírodovědecká fakulta
Univerzity Karlovy v Praze:
a) si vyhrazuje právo jednání kdykoliv ukončit a to i bez uvedení důvodu,
b) stanovuje, že smlouva musí mít písemnou formu,
c) vylučuje přijetí nabídky s dodatkem či odchylkou,
d) stanovuje, že smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na
všech náležitostech smlouvy.

_______________________________________________
R-sig-ecology mailing list
R-sig-ecology at r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-ecology