[R-sig-eco] ecodist (MRM) error message

Tue Mar 15 17:33:11 CET 2011

Hi Sarah,

Thanks for your reply. I've solved the problem (or at least gotten around
it). Dy is a Bray-Curtis dissimilarity matrix and Dx a euclidean matrix
representing an environmental gradient. I was running MRM as:
MRM(Dy~exp(Dx)). If I run MRM(log(Dy)~Dx) I don't get the error message.
Should have thought about it before. I have provided the information you
asked for below in case this is something you might want to check (I'd be
interested in hearing back if you do). Thanks for your good disposition to
help!

R v.2.11.1
ecodist v.1.2.2
OS MacOSX v.10.6.6

summary(as.vector(Dx)):
Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
   0.00    3.00   21.00   34.61   69.00  100.00 
summary(as.vector(Dy)):
Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
0.04222 0.11010 0.13800 0.14760 0.17480 0.33970 

>X<-rep(c(100,31,3,10,1,0),c(4,4,4,4,4,4))
>Dx<-vegdist(X,"euclidean")

>as.numeric(Dy)
  [1] 0.06700782 0.08376230 0.09909706 0.12461558 0.14438454 0.06081251
  [7] 0.07148765 0.12363789 0.11589077 0.17594412 0.23683629 0.20668179
 [13] 0.13095731 0.16297324 0.13696261 0.14601568 0.20881977 0.14832791
 [19] 0.17773578 0.17901283 0.25579823 0.33966925 0.19422022 0.08303545
 [25] 0.07909383 0.14990078 0.15595243 0.09204931 0.08683072 0.11779759
 [31] 0.12444775 0.16406134 0.25084616 0.22665500 0.15704370 0.16780219
 [37] 0.14767869 0.14192482 0.22739584 0.15541371 0.13306881 0.17721980
 [43] 0.26714896 0.28449197 0.20127940 0.08083726 0.10962154 0.11345836
 [49] 0.07954765 0.06127723 0.14011358 0.12030707 0.14353869 0.20578010
 [55] 0.18541670 0.13782273 0.11022268 0.11764977 0.14781207 0.18777078
 [61] 0.11485322 0.14577802 0.15492318 0.22155020 0.31315450 0.15588707
 [67] 0.14414003 0.14247672 0.10155890 0.08317417 0.14763451 0.14792530
 [73] 0.14875964 0.20888002 0.17465407 0.13602950 0.13308165 0.12874080
 [79] 0.15034760 0.18140344 0.10823317 0.11705517 0.16173102 0.21262619
 [85] 0.27832472 0.15928755 0.06876770 0.13076783 0.09455192 0.17209052
 [91] 0.14840100 0.12422850 0.19023886 0.16950682 0.18101891 0.15449655
 [97] 0.15209334 0.16504904 0.19194634 0.13262124 0.16472254 0.17541841
[103] 0.23131761 0.31423360 0.14329032 0.11754625 0.09363360 0.18596449
[109] 0.14963883 0.14267731 0.19752469 0.18053717 0.16634437 0.14120062
[115] 0.14349948 0.17639152 0.19656690 0.14510724 0.16015122 0.17586870
[121] 0.22992404 0.26821391 0.14866853 0.06778119 0.10217397 0.08147583
[127] 0.13426895 0.17988601 0.17827445 0.08544477 0.12235510 0.10401747
[133] 0.10498380 0.18320970 0.11387430 0.14546688 0.14947183 0.19424262
[139] 0.30280431 0.14408871 0.12761382 0.11501332 0.11369858 0.18716134
[145] 0.16889755 0.12830243 0.12314921 0.10082947 0.12568844 0.16733396
[151] 0.09694770 0.11431960 0.14356895 0.21846974 0.30084684 0.13508708
[157] 0.04222194 0.09948040 0.21147397 0.17194458 0.12665215 0.13520422
[163] 0.13895700 0.08458339 0.19295051 0.14138126 0.13299794 0.14416027
[169] 0.23637788 0.29302635 0.17505158 0.07860891 0.19118050 0.15639354
[175] 0.11852640 0.11506420 0.12073787 0.07966940 0.18364503 0.13145598
[181] 0.14392055 0.15298438 0.21619575 0.29808153 0.15443375 0.11906375
[187] 0.12847290 0.12501444 0.10072444 0.10618654 0.06222056 0.14916935
[193] 0.08697711 0.10846572 0.14039835 0.16833996 0.28827410 0.09394061
[199] 0.12784852 0.13242015 0.11873356 0.12215396 0.14279656 0.11375601
[205] 0.12055113 0.13534332 0.12662213 0.07651950 0.26956270 0.07759475
[211] 0.14816469 0.09668246 0.12734489 0.12874116 0.07493926 0.11475184
[217] 0.13662820 0.09040167 0.11918906 0.25222106 0.09877668 0.11503860
[223] 0.09299715 0.09932252 0.15445820 0.09835570 0.13162197 0.12087659
[229] 0.15259950 0.30820412 0.12573894 0.05650551 0.09907881 0.12120693
[235] 0.08287615 0.10787729 0.07209802 0.14482351 0.26734141 0.08675368
[241] 0.10114104 0.12447440 0.07961229 0.08423764 0.08955118 0.16254741
[247] 0.28158102 0.08205883 0.13811524 0.07944738 0.12494488 0.12517100
[253] 0.16335532 0.28385888 0.11370302 0.10488326 0.11913666 0.10728133
[259] 0.10919732 0.22440659 0.11069469 0.07939423 0.09213015 0.12276458
[265] 0.27271430 0.06930216 0.07808054 0.15932098 0.22047097 0.10176994
[271] 0.12213696 0.23325491 0.09323771 0.22493665 0.08676381 0.25084021

>MRM(Dy~exp(Dx))
Error in solve.default(XX) : 
  system is computationally singular: reciprocal condition number =
1.88323e-86

--
View this message in context: http://r-sig-ecology.471788.n2.nabble.com/ecodist-MRM-error-message-tp6170910p6173425.html
Sent from the r-sig-ecology mailing list archive at Nabble.com.