[R-sig-Debian] Ubuntu und R

[Dirk Eddelbuettel]

Gunnar,

On 13 July 2009 at 21:58, Gunnar Hoyer wrote:
| Hallo Zusammen,

Welcome but please note that this an English-language list.

| hatte gestern die Schnauze voll von Vista und habe mir daraufhin Ubuntu
| installiert. Bin also mit Ubuntu überhaupt nicht vertraut. 
| 
| Nun habe ich ohne Erfolg versucht, R zu installieren.  
| 
| Soweit ich der Anleitung folgen konnte habe ich es so wie auf
| http://wiki.ubuntuusers.de/R gemacht.

I do not know that page, but we do have decent READMEs at

	http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu

| Im Terminal kann ich R problemlos starten. 
| 
| Allerdings bei der Installation von "JGR" kommt es zu erheblichen
| Problemen.  

JGR is unfortunately one of the more complicated packages as you need one
particular set of Java packages (the Sun JDK ones) and not any of the
competing ones.

| Bin wie folgt vorgegangen:
| 
| {{{sudo -s        # root werden
| R CMD javareconf}}} 
| 
| '''
| Dann kam folgende Meldung:'''
| {{{
| root at gunnar-laptop:~# R CMD javareconf 
| Java interpreter : /usr/bin/java
| Java version     : 1.6.0_13
| Java home path   : /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.13/jre
| Java compiler    : /usr/bin/javac
| Java headers gen.: /usr/bin/javah
| Java archive tool: /usr/bin/jar
| Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/i386/client:$(JAVA_HOME)/lib/i386:
| $(JAVA_HOME)/../lib/i386::/usr/java/packages/lib/i386:/lib:/usr/lib
| JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/i386/client -L
| $(JAVA_HOME)/lib/i386 -L$(JAVA_HOME)/../lib/i386 -L
| -L/usr/java/packages/lib/i386 -L/lib -L/usr/lib -ljvm
| JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I
| $(JAVA_HOME)/../include/linux
| 
| Updating Java configuration in /etc/R
| Done.
| 
| }}}
| 
| 
| Im nächsten Schritt habe ich R im Terminal gestartet. War auch kein
| Prob.
| 
| Dann habe ich versucht "JGR"  versucht zu installieren 
| 
| install.packages("JGR", dep=TRUE) 

So far so good.  But you do need to either start R from within 'sudo' or 
as root.

| Dann kam folgende Fehlermeldung:
| 
| Warnmeldungen:
| {{{
| Fehler: konnte das Verzeichnis nicht blockieren
| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9’ um zu modifizieren
| Versuche zu entfernen
| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9/00LOCK’

That is even weirder. Firstly, on Debian/Ubuntu you normally do not end up
with per-user library directories, but rather a 'global for all users' in
/usr/local/lib/R/site-library. 

| Fehler: konnte das Verzeichnis nicht blockieren
| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9’ um zu modifizieren
| Versuche zu entfernen
| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9/00LOCK’
| Fehler: konnte das Verzeichnis nicht blockieren

Simple locking issue. You may another access in another session, or you have
root access issues.

| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9’ um zu modifizieren
| Versuche zu entfernen
| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9/00LOCK’
| Fehler: konnte das Verzeichnis nicht blockieren
| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9’ um zu modifizieren
| Versuche zu entfernen
| ‘/home/gunnar/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.9/00LOCK’
| 
| 1: In install.packages("JGR", dep = TRUE) :
|   Installation des Pakets 'rJava' hatte Exit-Status ungleich 0
| 2: In install.packages("JGR", dep = TRUE) :
|   Installation des Pakets 'JavaGD' hatte Exit-Status ungleich 0
| 3: In install.packages("JGR", dep = TRUE) :
|   Installation des Pakets 'iplots' hatte Exit-Status ungleich 0
| 4: In install.packages("JGR", dep = TRUE) :
|   Installation des Pakets 'JGR' hatte Exit-Status ungleich 0
| }}}
|  
| 
| Es hat irgendwie nichts so funktioniert wie es in der Anleitung auf
| http://wiki.ubuntuusers.de/R stad bzw. ich habe alles falsche gemacht,
| was man falsch machen konnte. Die Einträge zu diesem Thema weiter oben
| und auf ander Seiten habe ich gefunden und gelesen. Leider haben Sie mir
| nicht weitergeholfen, da ich "noch" keine Ahnung von Linux habe. Leider!

As not all CRAN packages are available pre-built for Ubuntu, you do
unfortunately need to know a bit of Linux / Unix to move along, esp with
packages like JGR.

But we will try our best to help you from here.  Did the right thing by
posting your detailed steps, just do it in English the next time.

Dirk

| Kann mir vielleicht jemand die gesamte Installation Schritt für Schritt
| erklären. Mit richtigen Einträgen für die Paketverwaltung. Wie man
| "multiverse" aktivert etc. Ich habe nun wirklich schon alles versucht. 
| 
| Danke im Voraus!!!!


| 
| Viele Grüße
| 
| _______________________________________________
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| https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-debian

-- 
Three out of two people have difficulties with fractions.