Hi
see in line.

From: Endy BlackEndy [mailto:pertsou@gmail.com]
Sent: Tuesday, April 15, 2014 5:38 PM
To: PIKAL Petr
Subject: Re: [R] I can't programe routine comp()

Dear Pert,
thank you for your advise. Unfortunately it does not work as you can see from the commands below.

>d=read.table("C:\\Program Files\\R\\Data\\Survival\\Sasdata.txt",fill=TRUE,header=TRUE)

Ah I see, you got an error when reading data as I did.

> d=read.table("C:\\Program Files\\R\\Data\\Survival\\Sasdata.txt",fill=TRUE,header=TRUE)
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file 'C:\Program Files\R\Data\Survival\Sasdata.txt': No such file or directory
>

You need to have Sasdata.txt in your Survival directory.
Do you get the same error?
How does your nn looks like.

Mind reading function is not developped yet. Sorry.

> nn<-names(d)
> s=survfit(Surv(get(nn[2]), get(nn[3]))~get(nn[1]), data=d)
> comp(s)
Error in get(t1, loc1) : object 'get(nn[2])' not found
> a=dput(d, "foo")
>

Also, I do not know how to use the command 'dput'. I used the command   'a=dput(d,"foo")'. I hope it shall work.
I would greatly appreciate any other suggestion.

What dit you find from ?dput help page?
Please try to do some homework and read docs.

I do not know anything about survival and just reading help pages and about 10 minutes trial and error I  could do following:

library(survival)
?survfit
head(heart)
  start stop event        age      year surgery transplant id
1     0   50     1 -17.155373 0.1232033       0          0  1
2     0    6     1   3.835729 0.2546201       0          0  2
3     0    1     0   6.297057 0.2655715       0          0  3
4     1   16     1   6.297057 0.2655715       0          1  3
5     0   36     0  -7.737166 0.4900753       0          0  4
6    36   39     1  -7.737166 0.4900753       0          1  4
nn<-names(heart)
survfit(with(heart, (Surv(get(nn[1]), get(nn[2]), get(nn[3]))))~1)
Call: survfit(formula = with(heart, (Surv(get(nn[1]), get(nn[2]), get(nn[3])))) ~
    1)

records   n.max n.start  events  median 0.95LCL 0.95UCL
    172     103       0      75     100      72     263
plot(survfit(with(heart, (Surv(get(nn[1]), get(nn[2]), get(nn[3]))))~1))

So my suggestion actually works with right data and a bit of effort to get the right code.

Regards
Petr

Many thanks
Endy

2014-04-15 12:26 GMT+03:00 PIKAL Petr <petr.pikal@precheza.cz<mailto:petr.pikal@precheza.cz>>:
Hi

better to use dput for presenting data as it is directly usable by anybody. So I did not test it.

Try to get names for appropriate columns

nn<-names(d)

and use get

s=survfit(Surv(get(nn[2]), get(nn[3]))~get(nn[1]), data=d)

It works with lm and shall work with survit too.

Regards
Petr

> -----Original Message-----
> From: r-help-bounces@r-project.org<mailto:r-help-bounces@r-project.org> [mailto:r-help-bounces@r-<mailto:r-help-bounces@r->
> project.org<http://project.org>] On Behalf Of Endy
> Sent: Monday, April 14, 2014 12:56 PM
> To: r-help@r-project.org<mailto:r-help@r-project.org>
> Subject: [R] I can't programe routine comp()
>
>     Dear R users.
> I am trying to program the comp() routine in package survMisc. I am
> reading the data below with d=read.table( "C:\\. .
> .",fill=TRUE,header=TRUE) Then I load the packages 'survival' and
> 'survMisc', library(survival), library(survMisc)
>  and I run the commands
>                                       s=survfit(Surv(d[,2],
> d[,3])~d[,1], data=d)
>                                       comp(s)
>  and I am getting the error
>                                        Error in get(t1, loc1) : object
> 'd[, 2]' not found If instead I use the commands
>                                         s=survfit(Surv(T,
> Status)~Group, data=d)
>                                        comp(s) routine comp()  runs
> perfectly. However when I am programing I can't see a way to know in
> advance the variable names in order to use them.
> Can anybody  give me a suggestion?
>
>                      Thanks in advance
>                        Endy
>
> NB. The data must be stacked in three (3) columns before red.
> They are repeated in nine (9) columns for space saving.
>
> GroupTStatusGroupTStatusGroupTStatus
>
> 120810155124141
> 116020111222041
> 11496011071210631
> 1146201110124811
> 1143301332121051
> 11377022569026411
> 11330022506023901
> 1996022409022881
> 1226022218024211
> 1119902185702791
> 11111021829027481
> 1530021562024861
> 1118202147002481
> 11167021363022721
> 14181210300210741
> 138312860023811
> 127612125802101
> 110412224602531
> 160912187002801
> 117212179902351
> 1487121709022481
> 1662121674027041
> 1194121568022111
> 1230121527022191
> 1526121324026061
> 1122129570
> 1129129320
> 174128470
> 1122128480
> 1861218500
> 14661218430
> 11921215350
> 11091214470
> 1551213840
>       [[alternative HTML version deleted]]

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.

______________________________________________
R-help@r-project.org<mailto:R-help@r-project.org> mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.


________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.

	[[alternative HTML version deleted]]

