
Hello,
I have a pedigree file such this:
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58    839    696    836    2    2
59    840    841    674    2    0
59    842    841    674    2    2
59    843    841    674    1    0
59    844    841    674    1    0
59    845    841    674    1    0
59    846    0    0    1    0
59    847    846    848    2    0
59    841    0    0    1    0
59    627    619    620    2    0
59    849    841    674    2    2
59    850    841    674    1    2
59    674    645    646    2    0
59    851    850    852    1    2
59    760    0    0    2    0
59    853    850    852    1    2
59    852    854    627    2    0
59    854    0    0    1    0
59    848    650    760    2    0
59    645    0    0    1    0
59    650    0    0    1    0
59    855    856    847    1    2
59    857    856    847    1    2
59    858    856    847    2    2
59    651    0    0    2    0
59    856    0    0    1    0
59    859    856    847    2    0
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59    646    650    651    2    0
59    620    0    0    2    0
60    860    861    862    2    0
60    863    864    865    1    0
60    866    864    865    2    0
60    867    864    865    2    0
60    864    0    0    1    0
60    868    0    0    1    0
60    869    864    865    2    2
60    870    864    865    1    0
60    239    864    865    1    2
60    871    864    865    2    0
60    872    861    862    1    0
60    873    861    862    2    0
60    874    861    862    2    2
60    875    868    876    2    0
60    877    868    876    1    0
60    878    0    0    1    0
60    876    0    0    2    0
60    879    0    0    2    0
60    865    877    879    2    0
60    862    0    0    2    0
60    861    878    875    1    0
61    880    881    882    2    0
61    883    881    882    1    0
61    884    881    882    2    0
61    410    0    0    2    0
61    881    0    0    1    0
61    885    886    887    1    2
61    888    886    887    2    0
61    889    886    887    2    2
61    886    0    0    1    0
61    890    886    887    1    2
61    882    0    0    2    0
61    891    881    882    2    2
61    892    881    882    2    2
61    893    881    882    1    0
61    894    881    882    1    0
61    895    896    891    2    0
61    897    896    891    2    2
61    422    0    0    2    0
61    896    898    899    1    0
61    900    896    891    2    0
61    426    0    0    1    0
61    427    426    422    1    0
61    898    0    0    1    0
61    887    427    410    2    0
61    901    886    887    2    0
61    902    886    887    2    0
61    899    426    422    2    0
62    903    904    663    2    2
62    904    0    0    1    0
62    479    0    0    2    2
62    905    906    483    2    0
62    483    484    479    2    2
62    484    0    0    1    2
62    907    906    483    1    0
62    663    0    0    2    2
62    908    906    483    1    2
62    909    910    903    1    2
62    911    910    903    1    0
62    910    912    913    1    2
62    906    910    903    1    2
62    913    0    0    2    2
62    912    0    0    1    0
63    914    915    916    2    2
63    917    918    919    1    0
63    919    31    29    2    0
63    916    920    921    2    2
63    922    920    921    1    0
63    29    0    0    2    0
63    923    924    925    2    0
63    449    0    0    2    0
63    545    924    925    2    2
63    926    924    925    2    0
63    918    0    0    1    0
63    927    0    0    1    0
63    31    450    449    1    0
63    928    450    449    2    0
63    450    0    0    1    0
63    929    918    919    1    0
63    920    0    0    1    0
63    915    918    919    1    2
63    930    918    919    1    0
63    931    918    919    2    0
63    932    915    916    1    0
63    924    0    0    1    0
63    925    927    928    2    0
63    921    927    928    2    0
63    933    924    925    2    0
63    934    924    925    2    0
63    935    924    925    1    0
64    936    937    279    1    0
64    938    937    279    1    0
64    939    937    279    2    0
64    937    0    0    1    0
64    279    0    0    2    0
64    177    0    0    2    0
64    940    937    279    2    2
64    342    937    279    2    2
64    941    345    342    2    0
64    942    345    342    1    0
64    943    944    945    2    2
64    946    947    948    2    2
64    947    949    943    1    2
64    950    947    948    2    2
64    192    0    0    1    0
64    949    192    177    1    0
64    338    345    342    2    2
64    951    345    342    1    0
64    345    0    0    1    0
64    952    345    342    2    0
64    948    345    342    2    2
64    953    345    342    1    0
64    945    192    177    2    0
64    944    0    0    1    0
64    954    345    342    1    2
65    955    944    945    2    0
65    177    0    0    2    0
65    956    949    943    2    0
65    957    944    945    2    0
65    543    944    945    1    2
65    943    944    945    2    2
65    958    944    945    1    0
65    959    949    943    1    2
65    947    949    943    1    2
65    192    0    0    1    0
65    949    192    177    1    0
65    945    192    177    2    0
65    960    949    943    1    0
65    944    0    0    1    0
66    410    0    0    2    0
66    961    427    410    2    0
66    333    427    410    2    2
66    962    427    410    2    0
66    427    0    0    1    0
66    963    427    410    2    0
 This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list there are about 400 repeated id;  I want to replace repeated individual identifiers with new id and to replace them not only in id column but also in father and mother id columns. I don't want to remove subjects with the same id because they are useful for my heritability analysis. I use kinship package of R and it doesn't create a kinship matrix with repeated id. 
Thank you for help
Best regards
Roberta

 		 	   		  
	[[alternative HTML version deleted]]

