

Would anyone help me solve my problem with R, please? I am very new to R. I am doing logistic regression analysis on the presence/absence of salamanders using several predictor variables, as shown below. I have checked my data, but I didn't find any 'NA' or empty cells. When I used step() or stepAIC to select significant predictor variables, <none>s appear to places where predictor variables are listed (please see the bottom part of the codes I used and their output. Could anyone know what is going on? Just in cases, I copied the data I am using at the end of the output.
 
Thank you in advance for your time and help! 
  
Kiyoshi 
  
> # Step 2: Includes all of the variables identified from Step 1. 
> logit<-glm(Presence~AreaOfCover+CoverCharac+Ivy, data=rbs.no.NA.rows, family=binomial(link=logit), na.action=na.exclude, control=list(epsilon = 0.0001, maxit = 50, trace = F)) 
> summary(logit) 
Call: 
glm(formula = Presence ~ AreaOfCover + CoverCharac + Ivy, family = binomial(link = logit), 
    data = rbs.no.NA.rows, na.action = na.exclude, control = list(epsilon = 1e-04, 
        maxit = 50, trace = F)) 
Deviance Residuals: 
    Min       1Q   Median       3Q      Max  
-1.7596  -0.8397   0.6524   0.8468   2.1962  
Coefficients: 
                        Estimate          Std. Error         z value            Pr(>|z|)    
(Intercept)       1.0425418        0.5109583      2.040             0.041314 *  
AreaOfCover   -0.0002055       0.0001530      -1.343            0.179173    
CoverCharac   0.1141122        0.1748377      0.653              0.513966    
Ivy                   -0.0351472       0.0104595      -3.360            0.000779 *** 
--- 
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
(Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) 
    Null deviance: 125.97  on 91  degrees of freedom 
Residual deviance: 100.56  on 88  degrees of freedom 
AIC: 108.56 
Number of Fisher Scoring iterations: 4 
  
> res<-step(logit, direction="backward", scope=list(upper=logit$formula))
 
Start:  AIC=108.56 
Presence ~ AreaOfCover + CoverCharac + Ivy 
  
                                    Df        Deviance         AIC 
- CoverCharac             1          101.00             107.00 
- AreaOfCover             1          102.50             108.50 
<none>                                    100.56             108.56 
- Ivy                             1          118.05             124.05 
  
Step:  AIC=107 
 
Presence ~ AreaOfCover + Ivy 
                                    Df        Deviance         AIC 
<none>                                    101.00             107.00 
- AreaOfCover             1          103.01             107.01 
- Ivy                             1          118.86             122.86 
  
  
The blow is my data: 
> rbs.no.NA.rows 
    Presence AreaOfCover CoverCharac Ivy  DOS  DUS DSHRB HSHRUB  HVEG LEAF WSTEM VEG 
1          1      2200.0           2   0  2.0  0.2   5.0    1.0  1.00    5     5   1 
2          0      4000.0           2   0  2.0  0.5   4.0    1.0  1.00    0    10   0 
3          0      2880.0           2   0  3.0  1.0   2.0    1.0  0.50    0     5   0 
4          0      2200.0           5   0  2.0  2.0   4.0    1.0  0.20   10     5   1 
5          0       625.0           5   5  2.0  1.0   3.0    1.0  0.10    5     5  10 
6          1      1740.0           5   0  1.0  0.8   3.0    1.0  0.10   10    10  10 
7          1      5000.0           5   0  2.0  1.0   5.0    1.0  0.10   10     0   1 
8          0      2400.0           2   0  1.5  1.5   5.0    1.0  0.50   10    20   1 
9          1        45.0           2   1  0.0  2.0   0.1    1.5  0.00   20    20  20 
10         1       280.0           1  30  0.8  1.0   2.5    1.6  0.10   40    20  30 
11         1       250.0           1   0  2.0  2.5   3.0    0.5  0.10   70    10  50 
12         0        32.0           2  90  2.0  1.5   2.5    1.0  0.10   40    10  40 
13         1        28.0           1  20  1.5  0.5   0.5    1.6  0.10   30    25  70 
14         1      1032.0           5  20  3.0  1.0   1.5    1.8  0.10   30    80  40 
15         1      1032.0           5  20  3.0  1.0   1.5    1.8  0.10   30    80  40 
16         0      2880.0           1   5  0.1  1.2   1.4    1.0  0.10   60    20  40 
19         0       800.0           5 100  1.0  2.0   2.0    1.0  0.20   40     0  30 
20         1       400.0           5   0  1.0  1.0   0.1    1.7  0.10   40    10  40 
21         1       315.0           2  10  1.0  1.5   1.3    1.7  0.10   30     1  30 
22         0       600.0           2   0  0.5  0.6   1.0    1.0  0.50    1    20  10 
23         1      1400.0           6   0  1.5  1.0   3.0    1.0  0.10   10     5  10 
24         0       190.0           1  60  1.0  1.0   3.0    1.5  0.10   70    10  70 
25         1      1100.0           3  19  1.0  1.5   3.0    1.0  0.10   50    25  10 
26         1       484.5           1   0  3.0  1.0  10.0    0.5  0.10   70    15  10 
27         1       300.0           4   0  3.0  0.5   3.0    0.3  0.10   50    10  10 
28         0       598.0           1  30  2.0  1.5   2.0    2.0  0.50   10     5  80 
29         0      1750.0           1 100  1.0  1.0   0.8    2.0  0.60  100    20 100 
30         1       476.0           1   0  3.0  2.0   4.0    1.0  0.20    0     0  30 
31         1       272.0           2   0  2.0  1.0  30.0    0.0  0.10   90     5  10 
32         1      2000.0           1   1  2.0  0.5  30.0    0.0  0.10   10     5   5 
33         1      1908.0           1   0  0.5  1.0  30.0    1.0  0.10    0     2  10 
34         1      1802.0           1  10  1.0  1.0  30.0    0.8  0.10   40     5  60 
35         1       570.0           1   0  2.0  1.5  30.0    0.0  0.10   80     5   5 
36         0       656.0           1   0  4.0  1.5  30.0    0.3  0.10  100     5   1 
37         1       850.0           5   0  1.0  1.0  30.0    0.3  0.10    0     5   0 
38         1      1536.0           1   0  1.5  2.0  30.0    0.0  0.10   90     5   0 
39         1      1536.0           1   0  1.5  3.0  30.0    0.0  1.10   90     5   0 
40         1       600.0           1   0  0.5  1.5  30.0    0.2  0.20   95    20   5 
42         1      6500.0           2   0  3.0  2.5   1.0    2.5  0.15   10     5  10 
43         1       600.0           2   2  3.0  2.0   1.5    2.5  0.20   10     5  30 
44         0      3150.0           1  70  2.0  3.0  20.0    2.0  0.20   60     3  10 
45         1      3000.0           1  30  2.0  3.0  20.0    2.0 20.00   60     5  13 
46         0      1620.0           1  70  1.0  1.5   2.0    2.0  0.20    0     5  45 
47         0      1008.0           1   2  3.0  2.0   2.0    1.0  0.20    0     2  92 
48         0       980.0           1   2  1.0  1.0   3.0    2.0  0.20   25     5  70 
49         1       686.0           1   2  1.0 30.0   5.0    0.8  0.50   60     0  70 
50         1       686.0           1   3  1.0 30.0   6.0    0.8  0.50   40     0  80 
53         1      1680.0           1   0  3.5  0.1   1.5    0.8  0.50   60     0  20 
54         0      4620.0           1  20  2.5 20.0  30.0    0.1  0.10   20     0  95 
55         0      1827.0           2  30  0.3  1.0   0.5    0.3  0.10   80    10  10 
56         1       495.0           2   0  0.2  0.5   0.8    3.0  0.00   95    30  10 
57         1       495.0           2   0  0.2  0.5   0.8    3.0  0.00   95    30  10 
58         0      5565.0           2  50  0.8  1.5   0.8    0.3  0.00   60    10  20 
59         0      1440.0           1 100  3.0  1.0  30.0    0.2  0.10   60     0  70 
60         1       800.0           2   0  2.0  1.5  30.0    0.0  0.10   90     5  10 
61         0      2150.0           2   0  0.2  1.0  30.0    0.3  0.10   90     0  50 
64         0       799.0           2   0  1.0  5.0  30.0    0.0  0.05   20     0  80 
66         0       740.0           2   0  5.0  7.0  30.0    0.0  0.05   90    10  40 
67         1       720.0           6   0  4.0  1.0  30.0    0.0  0.05   40     0  80 
68         0       938.0           1   0 25.0 10.0   0.0    0.0  0.05   30    30  80 
72         0       750.0           2   0  1.0  5.0  30.0    1.0  0.06    5    30 100 
73         1       840.0           1  30  2.0  1.0  30.0    0.0  0.10   30    10 100 
75         0      2250.0           2  75  5.0  2.0  30.0    1.2  0.60   30    30 100 
76         0      7150.0           2 100  2.0  1.0   2.5    2.0  0.30   25     5 100 
77         1      3420.0           2  20  2.0  1.0  30.0    0.0  0.05   90    10  70 
78         0      2028.0           2  10  1.0  2.0  30.0    0.0  0.05   80     5  70 
79         0       770.0           2  20  1.0  1.0  30.0    0.0  0.05   60     0  70 
80         1       448.0           5   0  0.0  1.0  30.0    0.0  1.00   60     0  90 
81         1       448.0           5   0  0.0  1.0  30.0    0.0  1.00   60     0  90 
82         1       448.0           5   0  0.0  1.0  30.0    0.0  1.00   60     0  90 
83         1       564.0           1   0 15.0  1.0  30.0    0.0  0.05  100     0  30 
85         0      1150.0           3 100  2.0  2.5   2.0    0.5  0.20   70    10 100 
86         1       450.0           1   0  4.0  2.0   8.0    0.3  0.10   40    10  70 
87         0      1600.0           1  15  1.5  2.0   1.0    3.0  0.15   10     0  80 
88         1      1274.0           1   0  3.0  3.0   2.0    0.8  0.20  100     0   5 
89         0      1800.0           3 100  1.0  1.0  30.0    0.0  0.20   20    10 100 
90         1      2088.0           1   0  0.1  0.1   1.0    2.0  0.30   20     0 100 
91         0      6750.0           2 100  1.5  2.0   3.0    1.2  2.00   70    10 100 
92         0     17500.0           2 100  0.1  4.0   1.0    1.5  0.30   80    10 100 
93         0      1500.0           2   0  2.0  1.0   0.2    1.2  0.20   25    10 100 
94         0      4000.0           1 100  2.0  1.0   1.0    1.2  0.20   70    10 100 
95         1       450.0           1  30  4.0  2.0   2.5    1.2  0.08   90     0  25 
96         1       450.0           1  30  4.0  2.0   2.5    1.2  0.08   90     0  25 
97         1       390.0           1  10  2.0  2.0  30.0    2.0  0.70   70    10  50 
98         1       560.0           1   0  2.0  2.0   2.0    2.5  0.20   90     5  80 
99         1      2070.0           2  90  2.0  2.0   2.0    1.2  0.20   50    20 100 
100        1      1820.0           1  20  3.0  0.5   5.0    0.0  0.20   60     0 100 
101        0      4200.0           1  40  3.0  1.5   5.0    0.6  0.20   80     5  80 
102        0      2000.0           1  20  2.5  1.0   4.0    0.2  0.20  100     5  50 
103        0      2200.0           2  60  0.8  0.5   3.0    2.0  0.20  100     5  90 
104        1      8800.0           1   0  1.5  2.0   2.0    1.5  0.20   60    35   1 
105        1       124.0           1   0  3.0  1.0  30.0    0.0  0.10   90     5  15


      
	[[alternative HTML version deleted]]

