

Hallo! <?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

I want to compare different samples with the formula … <o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

Here some example data: <o:p></o:p>

<o:p> </o:p>


<o:p> </o:p>	

sample1<o:p></o:p>	

sample2<o:p></o:p>	

sample3<o:p></o:p>	

sample4<o:p></o:p>	


a<o:p></o:p>	

2.05<o:p></o:p>	

2.65<o:p></o:p>	

1.28<o:p></o:p>	

1.85<o:p></o:p>	


b<o:p></o:p>	

0<o:p></o:p>	

6.69<o:p></o:p>	

6.48<o:p></o:p>	

4.86<o:p></o:p>	


c<o:p></o:p>	

0<o:p></o:p>	

44.13<o:p></o:p>	

31.66<o:p></o:p>	

30.21<o:p></o:p>	


d<o:p></o:p>	

5.73<o:p></o:p>	

18.96<o:p></o:p>	

20.29<o:p></o:p>	

13.65<o:p></o:p>	


e<o:p></o:p>	

41.47<o:p></o:p>	

52.73<o:p></o:p>	

43.1<o:p></o:p>	

52.88<o:p></o:p>	


f<o:p></o:p>	

0<o:p></o:p>	

2.78<o:p></o:p>	

4.82<o:p></o:p>	

1.56<o:p></o:p>	


g<o:p></o:p>	

1.66<o:p></o:p>	

2.72<o:p></o:p>	

0<o:p></o:p>	

2.47<o:p></o:p>	


h<o:p></o:p>	

3.58<o:p></o:p>	

10.98<o:p></o:p>	

8.78<o:p></o:p>	

9.11<o:p></o:p>	


i<o:p></o:p>	

3.09<o:p></o:p>	

3.6<o:p></o:p>	

1.49<o:p></o:p>	

3.72<o:p></o:p>	


j<o:p></o:p>	

3.51<o:p></o:p>	

5.38<o:p></o:p>	

2.69<o:p></o:p>	

4.1<o:p></o:p>	


k<o:p></o:p>	

2.87<o:p></o:p>	

4.14<o:p></o:p>	

3<o:p></o:p>	

2.87<o:p></o:p>	


l<o:p></o:p>	

5.96<o:p></o:p>	

7.26<o:p></o:p>	

3.45<o:p></o:p>	

4.8<o:p></o:p>	


m<o:p></o:p>	

3.87<o:p></o:p>	

11.56<o:p></o:p>	

7.28<o:p></o:p>	

3.15<o:p></o:p>	

<o:p> </o:p>

The rows are amounts of substances found in plant samples. Some substances are not present in some samples (=0). <o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

The formula: Xi = (sum (from i=1 to n) (pi/Pi))/ n <o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

*Xi* is a measure for the similarity of chromatograms with an ideal value of 1 (100 % similarity)*,n *is the number of peaks in both chromatograms to compare. xi is a measure for the similarity of the peaks in chromatograms.* **pi* is the integration (area) of the peak i (i=1 to n) of one chromatogram and *Pi,* the integration of the peak i (i=1 to n) of the other chromatogram. <o:p></o:p>

The amount of each substance in two samples, sum it up and divide it through the total number of substance. (In the table above maximum 14). <o:p></o:p>


At the moment I have this: <o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

ksi <- function(a,b) { <o:p></o:p>

p <- apply(cbind(a,b),1,min) <o:p></o:p>

P <- apply(cbind(a,b),1,max) <o:p></o:p>

piPi <- p[P>0]/P[P>0] 

print(piPi) <o:p></o:p>

ksi <- sum(piPi)/sum(as.numeric(P>0)) <o:p></o:p>

} <o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

d <- read.csv('data.csv') <o:p></o:p>

n.prob <- 5 <o:p></o:p>

x <- matrix(1,n.prob,n.prob) <o:p></o:p>

for (i in 2:n.prob) for (j in 1:(i-1)) { <o:p></o:p>

print(paste(i,j)) <o:p></o:p>

x[i,j] <- ksi(d[,i+1], d[,j+1]) <o:p></o:p>

x[j,i] <- x[i,j] <o:p></o:p>

} <o:p></o:p>

rownames(x)<-names(d)[-1] <o:p></o:p>

colnames(x)<-names(d)[-1] <o:p></o:p>

x<o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

How can I change it that pi isn’t the smaller number and P1 is the bigger one. <o:p></o:p>

P1 should always the number of e. g. sample 1 and P1 of sample 2. 

 

Yours, Serena <o:p></o:p>


	
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