Hi,

I have a genotype data for both case and controls and would like to calculate the HW p-value.  However, since the number of one genotype is 0, I got wired result.  Would someone help me to figure it out?  Or confirm it's right?  Thanks a lot.

============
> library( "genetics" )
NOTE: THIS PACKAGE IS NOW OBSOLETE.
  The R-Genetics project has developed an set of enhanced genetics
  packages to replace 'genetics'. Please visit the project homepage
  at http://rgenetics.org for informtion.
> case.data  <- c("G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G
/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","A/G","G/G","G/G
","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G",
"G/G","G/G","G/G")
> g1 <- genotype(case.data)
> g1
 [1] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/A"
[13] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[25] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[37] "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[49] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G"
[61] "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[73] "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
Alleles: G A 
> HWE.exact(g1)
        Exact Test for Hardy-Weinberg Equilibrium
data:  g1 
N11 = 71, N12 = 9, N22 = 0, N1 = 151, N2 = 9, p-value = 1
> control.data  <- 
c("G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G"
,"G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","
G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/
G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G"
,"G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","
G/G","G/G","G/G","G/G","G+ /G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G")
> g2 <- genotype(control.data)
> g2
  [1] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
 [13] "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
 [25] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
 [37] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
 [49] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
 [61] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
 [73] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
 [85] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G"
 [97] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[109] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[121] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[133] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[145] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[157] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
[169] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G"
Alleles: G A 
> HWE.exact(g2)
        Exact Test for Hardy-Weinberg Equilibrium
data:  g2 
N11 = 168, N12 = 5, N22 = 0, N1 = 341, N2 = 5, p-value = 1
============

Becky




This email is intended only for the use of the individua...{{dropped:12}}

