
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 5.5.2653.12">

<TITLE>Principle Component Analysis</TITLE>

</HEAD>

<BODY>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I have the manual for S+ 6 and I'm trying to use R for the Principle Component Analysis example and I'm getting a few interesting answers...</FONT></P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">The log is as follows:</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">R : Copyright 2001, The R Development Core Team</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Version 1.3.0&nbsp; (2001-06-22)</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">You are welcome to redistribute it under certain conditions.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Type `license()' or `licence()' for distribution details.</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">R is a collaborative project with many contributors.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Type `contributors()' for more information.</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Type `demo()' for some demos, `help()' for on-line help, or</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">`help.start()' for a HTML browser interface to help.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Type `q()' to quit R.</FONT>

</P>

<BR>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&gt; library(mva)</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&gt; data &lt;- read.table(&quot;h:/test.txt&quot;,header=T,sep=&quot;&quot;)</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&gt; data</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; diffgeom complex algebra reals statistics</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 76&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 81</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&gt; summary(testscores.prc)</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Importance of components:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.5</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Standard deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.4896795 9.03547104 6.60095491 6.13358179 3.72335754</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Proportion of Variance&nbsp; 0.8212222 0.08260135 0.04408584 0.03806395 0.01402668</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Cumulative Proportion&nbsp;&nbsp; 0.8212222 0.90382353 0.94790936 0.98597332 1.00000000</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&gt; summary(testscores.prc,loadings=T)</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Importance of components:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.5</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Standard deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.4896795 9.03547104 6.60095491 6.13358179 3.72335754</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Proportion of Variance&nbsp; 0.8212222 0.08260135 0.04408584 0.03806395 0.01402668</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Cumulative Proportion&nbsp;&nbsp; 0.8212222 0.90382353 0.94790936 0.98597332 1.00000000</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Loadings:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.1 Comp.2 Comp.3 Comp.4 Comp.5</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">diffgeom&nbsp;&nbsp; -0.598 -0.675&nbsp; 0.185&nbsp; 0.386&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">complex&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.361 -0.245 -0.249 -0.829 -0.247</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">algebra&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.302&nbsp; 0.214 -0.211 -0.135&nbsp; 0.894</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">reals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.389&nbsp; 0.338 -0.700&nbsp; 0.375 -0.321</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">statistics -0.519&nbsp; 0.570&nbsp; 0.607&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.179</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&gt; print(testscores.prc,loadings=T)</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Call:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">princomp(x = data)</FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Standard deviations:</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;&nbsp; Comp.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; Comp.5 </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">28.489680&nbsp; 9.035471&nbsp; 6.600955&nbsp; 6.133582&nbsp; 3.723358 </FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">&nbsp;5&nbsp; variables and&nbsp; 25 observations.</FONT>

</P>

<BR>

<BR>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Any thoughts as to what I'm doing wrong??</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>