[R] Mutate issue help needed
Rui Barradas
ru|pb@rr@d@@ @end|ng |rom @@po@pt
Wed Dec 18 08:54:46 CET 2024
Às 21:52 de 17/12/2024, Neotropical bat risk assessments escreveu:
> Hi all,
> Tnx for the varied suggestions. I tried the "cleaned up code" John
> suggested with the same Mutate error message
> No clue why an asterisk * was added to the message lines that were only
> # comments.
> Eons ago Hadley helped with the code with early versions of the original
> GGPLOT and it has been modified a bit to reflect current packages and
> worked when pasted into the R 4.4.0 console.
>
> What has distressed me is the saved code lines worked some 8-10 months
> back.
> Below is a sample of the data. The one named Buzz.txt. Both dates and
> time were defined as text characters, so not Excel coded date/times.
>
> If anyone is able/willing to trouble shoot the code happy to go off list
> and use direct email.
>
> Species Location Date Time
> Molspp Malvita 12/8/2024 17:30
> Molspp Malvita 12/8/2024 17:30
> Perkap Malvita 12/8/2024 18:29
> Perkap Malvita 12/8/2024 18:47
> Perkap Malvita 12/8/2024 18:47
> Perkap Malvita 12/8/2024 18:47
> Perkap Malvita 12/8/2024 18:49
> Perkap Malvita 12/8/2024 18:49
> Ptemac Malvita 12/8/2024 19:07
> Ptemac Malvita 12/8/2024 19:09
> Ptemac Malvita 12/8/2024 19:09
> Permac Malvita 12/8/2024 19:11
> Perkap Malvita 12/8/2024 19:13
> Perkap Malvita 12/8/2024 19:21
> Permac Malvita 12/8/2024 19:24
> Permac Malvita 12/8/2024 19:44
> Permac Malvita 12/8/2024 19:58
> Ptemac Malvita 12/8/2024 19:58
> Permac Malvita 12/8/2024 20:10
> Ptemac Malvita 12/8/2024 20:13
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:14
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:14
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:17
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:19
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:19
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:20
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:20
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:21
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:22
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:23
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:25
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:26
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:26
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:27
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:28
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:28
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:29
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:29
> Permac Malvita 12/8/2024 20:30
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:31
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:32
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:32
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:33
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:36
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:36
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:36
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:36
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:38
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:38
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:38
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:39
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:40
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:41
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:42
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:42
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:42
> Perkap Malvita 12/8/2024 20:43
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:03
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:14
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:14
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:15
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:15
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:15
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:16
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:16
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:18
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:20
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:20
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:21
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:22
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:22
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:23
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:24
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:25
> Permac Malvita 12/8/2024 21:25
> Ptemac Malvita 12/8/2024 21:25
> Permac Malvita 12/8/2024 21:27
> Permac Malvita 12/8/2024 21:27
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:28
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:28
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:29
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:30
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:30
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:30
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:31
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:32
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:33
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:34
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:35
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:36
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:36
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:37
> Permac Malvita 12/8/2024 21:37
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:39
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:39
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:39
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:41
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:41
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:42
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:43
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:43
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:44
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:46
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:47
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:49
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:49
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:50
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:50
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:51
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:51
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:53
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:53
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:53
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:54
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:54
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:55
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:57
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:57
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:57
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:57
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:58
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:59
> Perkap Malvita 12/8/2024 21:59
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:00
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:00
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:01
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:01
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:01
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:01
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:02
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:02
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:02
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:03
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:03
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:57
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:59
> Perkap Malvita 12/8/2024 22:59
> Permac Malvita 12/8/2024 23:03
> Permac Malvita 12/8/2024 23:03
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:04
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:04
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:04
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:04
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:07
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:07
> Permac Malvita 12/8/2024 23:08
> Permac Malvita 12/8/2024 23:08
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:09
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:09
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:10
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:10
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:12
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:13
> Permac Malvita 12/8/2024 23:15
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:17
> Permac Malvita 12/8/2024 23:17
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:18
> Permac Malvita 12/8/2024 23:18
> Permac Malvita 12/8/2024 23:18
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:19
> Permac Malvita 12/8/2024 23:19
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:20
> Permac Malvita 12/8/2024 23:20
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:21
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:22
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:22
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:22
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:23
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:23
> Permac Malvita 12/8/2024 23:24
> Permac Malvita 12/8/2024 23:24
> Permac Malvita 12/8/2024 23:25
> Permac Malvita 12/8/2024 23:25
> Permac Malvita 12/8/2024 23:26
> Permac Malvita 12/8/2024 23:26
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:28
> Permac Malvita 12/8/2024 23:28
> Permac Malvita 12/8/2024 23:29
> Permac Malvita 12/8/2024 23:29
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:30
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:30
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:31
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:31
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:32
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:33
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:33
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:37
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:42
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:43
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:45
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:47
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:58
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:59
> Perkap Malvita 12/8/2024 23:59
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:01
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:02
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:02
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:03
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:04
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:07
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:07
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:08
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:08
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:11
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:13
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:13
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:14
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:14
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:17
> Perkap Malvita 12/9/2024 0:17
> Perkap Malvita 12/9/2024 1:24
> Perkap Malvita 12/9/2024 1:25
> Perkap Malvita 12/9/2024 1:33
> Perkap Malvita 12/9/2024 1:38
> Permac Malvita 12/9/2024 1:40
> Ptemac Malvita 12/9/2024 1:40
> Permac Malvita 12/9/2024 2:36
> Permac Malvita 12/9/2024 2:59
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:00
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:02
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:04
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:05
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:05
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:06
> Permac Malvita 12/9/2024 3:09
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:10
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:11
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:11
> Perkap Malvita 12/9/2024 3:12
> Mormeg Malvita 12/9/2024 3:25
> Sacil Malvita 12/9/2024 5:40
> Perkap Malvita 12/9/2024 18:44
> Perkap Malvita 12/9/2024 18:44
> Ptemac Malvita 12/9/2024 18:52
> Perkap Malvita 12/9/2024 18:54
> Permac Malvita 12/9/2024 19:06
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:10
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:16
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:17
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:17
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:18
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:18
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:18
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:19
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:20
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:21
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:21
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:22
> Permac Malvita 12/9/2024 19:22
> Ptemac Malvita 12/9/2024 19:22
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:23
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:23
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:26
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:30
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:30
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:32
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:33
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:34
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:34
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:34
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:34
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:34
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:34
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:35
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:35
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:36
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:36
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:36
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:36
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:37
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:38
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:38
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:42
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:42
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:42
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:43
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:47
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:51
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:51
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:51
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:52
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:53
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:54
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:54
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:54
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:54
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:56
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:56
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:56
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:57
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:58
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:58
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:58
> Perkap Malvita 12/9/2024 19:59
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:01
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:01
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:03
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:04
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:04
> Permac Malvita 12/9/2024 20:07
> Permac Malvita 12/9/2024 20:08
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:09
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:09
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:09
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:10
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:11
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:12
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:12
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:12
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:12
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:13
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:13
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:14
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:14
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:15
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:16
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:16
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:16
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:18
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:19
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:19
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:20
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:21
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:21
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:22
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:23
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:23
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:25
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:26
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:26
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:27
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:27
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:27
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:28
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:28
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:29
> Perkap Malvita 12/9/2024 20:29
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> Perkap Malvita 12/10/2024 1:22
> Perkap Malvita 12/10/2024 1:24
> Perkap Malvita 12/10/2024 1:57
> Perkap Malvita 12/10/2024 1:57
> Permac Malvita 12/10/2024 1:59
> Permac Malvita 12/10/2024 2:05
>
> ______________________________________________
> R-help using r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide https://www.R-project.org/posting-
> guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Hello,
Here is working code, tested with the data in a file "Buzz.txt". Adapted
from John's code, simplifed and corrected.
Note that the mutate is simpler and that there's only one facet_*.
library(tidyverse)
theme_set(theme_bw())
fname <- "Buzz.txt"
All <- read.table(fname, header = TRUE)
# Function for time labels: This uses Night and Time for X-Y labels
evening <- function(datetime) {
update(datetime
, yday = yday(datetime) - if_else(am(datetime), 1, 0)
, hour = 17
, minute = 0
, second = 0)
}
# Create labels and corresponding breaks for the time in seconds
label_hours <- c("17:00", "18:00", "19:00", "20:00", "21:00", "22:00",
"23:00",
"00:00", "01:00", "02:00", "03:00", "04:00", "05:00",
"06:00")
break_hours <- c(0, 1:13*3600)
# No need to fix Date column, combine date/hour
# and use the file's date format directly
# Calculate elapsed time from 17:00 in seconds
polished <- All %>%
mutate(
datetime = as.POSIXct(paste(Date, Time, sep = " "),
"%m/%d/%Y %H:%M", tz = "UTC")
, evening = evening(datetime)
, Night = format(as.Date(evening), "%b %d, %Y")
, Time = as.double(datetime - evening, "secs")
) %>%
select(-datetime, -evening) # auxiliary variables no longer needed
ggplot(polished, aes(x = Night, y = Time, colour = Species)) +
geom_point() +
scale_colour_hue(l = 40) +
scale_y_continuous(labels = label_hours, breaks = break_hours) +
ggtitle(label = 'Feeding buzz temporal activity') +
facet_wrap(facets = ~ Species) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 270))
It's also possible to pipe the data cleansing directly to ggplot without
saving 'polished'.
All %>%
mutate(
datetime = as.POSIXct(paste(Date, Time, sep = " "),
"%m/%d/%Y %H:%M", tz = "UTC")
, evening = evening(datetime)
, Night = format(as.Date(evening), "%b %d, %Y")
, Time = as.double(datetime - evening, "secs")
) %>%
# temp columns are no longer needed
select(-datetime, -evening) %>%
#
# now plot the cleaned data
#
ggplot(aes(x = Night, y = Time, colour = Species)) +
geom_point() +
scale_colour_hue(l = 40) +
scale_y_continuous(labels = label_hours, breaks = break_hours) +
ggtitle(label = 'Feeding buzz temporal activity') +
facet_wrap(facets = ~ Species) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 270))
Also, why color the points if the plots are already separated by
Species? Personally, I find it redundant, it adds no information to the
plot.
Unless you want other stuff added to the plot, I would remove
colour = Species
and the
scale_color_hue
aesthetic.
Hope this helps,
Rui Barradas
--
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