[R] Does the function "c" have a character limit?
core_contingency
ccont|ngency @end|ng |rom gm@||@com
Wed Jul 13 01:36:06 CEST 2022
To Whom it May Concern,
I am creating a vector with the base R function "c", with many arguments
as shown below:
$ R
> MES = c("A2M", "ABRACL", "ACADVL", "ACAP2", "ACTA2", "ACTN1",
"ADAM19", "ADAM9", "ADAMTS5", "ADGRE5", "ADGRG6", "AEBP1", "AJUBA",
"ALDH1A3", "AMMECR1", "ANTXR1", "ANXA1", "ANXA2", "ANXA5", "ANXA6",
"APOE", "APP", "ARHGAP1", "ARHGEF40", "ARL1", "ARL4A", "ARMCX2",
"ARPC1B", "ASPH", "ATP10D", "ATP1B1", "ATP2B1", "ATP2B4", "ATP6V0E1",
"ATP8B2", "ATXN1", "B2M", "BAG3", "BGN", "BMP5", "BNC2", "BOC",
"BTN3A2", "C1orf198", "C1orf54", "C4orf32", "C6orf120", "CALD1", "CALU",
"CAPN2", "CAPN6", "CBFB", "CBLB", "CCDC80", "CD164", "CD44", "CD59",
"CD63", "CDH11", "CETN2", "CFH", "CFI", "CILP", "CKAP4", "CLIC4",
"CMTM3", "CMTM6", "CNN3", "COL11A1", "COL12A1", "COL1A1", "COL27A1",
"COL3A1", "COL4A1", "COL4A2", "COL5A1", "COL5A2", "COL6A1", "COL6A2",
"COL6A3", "COPA", "CPED1", "CPS1", "CRABP2", "CREB3L2", "CREG1",
"CRELD2", "CRISPLD1", "CRTAP", "CSRP1", "CTDSP2", "CTNNA1", "CTSB",
"CTSC", "CTSO", "CXCL12", "CYBRD1", "CYFIP1", "CYP26A1", "CYR61",
"DCAF6", "DDOST", "DDR2", "DESI2", "DKK3", "DLC1", "DLX1", "DLX2",
"DMD", "DNAJC1", "DNAJC10", "DNAJC3", "DNM3OS", "DPY19L1", "DSE",
"DUSP14", "DUSP5", "DUSP6", "EDEM1", "EDNRA", "EFEMP2", "EGFR", "EGR1",
"EGR3", "EHD2", "ELAVL1", "ELF1", "ELK3", "ELK4", "EMILIN1", "EMP1",
"ENAH", "EPHA3", "EPS8", "ERBIN", "ERLIN1", "ERRFI1", "ETS1", "EVA1A",
"EXT1", "EXTL2", "F2R", "F2RL2", "FAM102B", "FAM114A1", "FAM120A",
"FAM129A", "FAM3C", "FAM43A", "FAM46A", "FAT1", "FBN1", "FBN2", "FGFR1",
"FIBIN", "FILIP1L", "FKBP14", "FLNA", "FLRT2", "FMOD", "FN1", "FNDC3B",
"FSTL1", "FUCA2", "FZD1", "FZD2", "FZD7", "GABRR1", "GALNT10", "GAS1",
"GAS2", "GDF15", "GJA1", "GNAI1", "GNG12", "GNS", "GORAB", "GPC6",
"GPR137B", "GPX8", "GRN", "GSN", "HES1", "HEXB", "HIBADH", "HIPK3",
"HIST1H2AC", "HIST1H2BK", "HLA-A", "HLA-B", "HLA-C", "HLA-F", "HLX",
"HNMT", "HOMER1", "HS3ST3A1", "HSP90B1", "HSPA5", "HSPB1", "HTRA1",
"HYOU1", "ID1", "ID3", "IFI16", "IFITM2", "IFITM3", "IGF2R", "IGFBP5",
"IGFBP6", "IL13RA1", "IL6ST", "INSIG1", "IQGAP2", "ITGA10", "ITGA4",
"ITGAV", "ITGB1", "ITM2B", "ITM2C", "ITPR1", "ITPRIPL2", "JAK1", "JAM3",
"KANK2", "KCNK2", "KCTD12", "KDELC2", "KDELR2", "KDELR3", "KDM5B",
"KIAA1462", "KIF13A", "KIRREL", "KLF10", "KLF4", "KLF6", "L3HYPDH",
"LAMB1", "LAMC1", "LAMP1", "LAPTM4A", "LASP1", "LATS2", "LEPROT",
"LGALS1", "LHFP", "LHX8", "LIFR", "LIPA", "LITAF", "LIX1L", "LMAN1",
"LMNA", "LOXL2", "LPP", "LRP10", "LRRC17", "LRRC8C", "LTBP1", "LUZP1",
"MAGT1", "MAML2", "MAN2A1", "MANF", "MBD2", "MBNL1", "MBTPS1", "MEOX1",
"MEOX2", "MEST", "MGAT2", "MGP", "MGST1", "MICAL2", "MMP2", "MOB1A",
"MRC2", "MXRA5", "MYADM", "MYDGF", "MYL12A", "MYL12B", "MYLIP", "NANS",
"NBR1", "NEK7", "NES", "NFIA", "NFIC", "NID1", "NID2", "NOTCH2",
"NOTCH2NL", "NPC2", "NPTN", "NQO1", "NR3C1", "NRP1", "OGFRL1",
"OLFML2A", "OLFML2B", "OLFML3", "OSTC", "P4HA1", "PALLD", "PAPSS2",
"PCDH18", "PCOLCE2", "PCSK5", "PDE3A", "PDE7B", "PDGFC", "PDIA3",
"PDIA4", "PDIA6", "PDLIM1", "PEA15", "PEAK1", "PHLDA3", "PHLDB2",
"PHTF2", "PIAS3", "PLAGL1", "PLEKHA2", "PLEKHH2", "PLK2", "PLOD2",
"PLOD3", "PLPP1", "PLS3", "PLSCR1", "PLSCR4", "PLXDC2", "POLR2L",
"PON2", "POSTN", "PPIB", "PPIC", "PPT1", "PRCP", "PRDM6", "PRDX4",
"PRDX6", "PROM1", "PRRX1", "PTBP1", "PTGER4", "PTGFRN", "PTN", "PTPN14",
"PTPRG", "PTPRK", "PTRF", "PXDC1", "PXDN", "PYGL", "QKI", "QSOX1",
"RAB13", "RAB29", "RAB31", "RAP1A", "RAP1B", "RBMS1", "RCN1", "RECK",
"REST", "RGL1", "RGS10", "RGS3", "RHOC", "RHOJ", "RIN2", "RIT1",
"RNFT1", "RNH1", "ROBO1", "ROR1", "RRBP1", "S1PR3", "SASH1", "SCPEP1",
"SCRG1", "SDC2", "SDC4", "SDCBP", "SDF4", "SEC14L1", "SEL1L3", "SEMA3C",
"SEMA3F", "SEPT10", "SERPINE2", "SERPINH1", "SFT2D1", "SFT2D2", "SGK1",
"SH3BGRL", "SHC1", "SHROOM3", "SIX1", "SIX4", "SKIL", "SLC16A4",
"SLC30A1", "SLC30A7", "SLC35F5", "SLC38A2", "SLC38A6", "SLC39A14",
"SMAD3", "SNAI2", "SNAP23", "SOSTDC1", "SOX9", "SPARC", "SPARCL1",
"SPATA20", "SPCS3", "SPRED1", "SPRY1", "SPRY4", "SPRY4-IT1", "SQSTM1",
"SRPX", "SSBP4", "SSR1", "SSR3", "STAT1", "STAT3", "STEAP1", "STK38L",
"SUCLG2", "SURF4", "SVIL", "SYDE1", "SYNJ2", "SYPL1", "TCF7L2", "TFE3",
"TFPI", "TGFB1I1", "TGFBR2", "THBS1", "TIMP1", "TJP1")
+
For some reason, the R console does not display a ">" symbol, indicating
that it has completed the function, but displays a "+" symbol instead,
which indicates that the function is still waiting for more input.
However, I believe that my syntax is correct. If I shorten my command by
a few characters by removing the last entry, "TJP1":
$ R
> MES = c("A2M", "ABRACL", "ACADVL", "ACAP2", "ACTA2", "ACTN1",
"ADAM19", "ADAM9", "ADAMTS5", "ADGRE5", "ADGRG6", "AEBP1", "AJUBA",
"ALDH1A3", "AMMECR1", "ANTXR1", "ANXA1", "ANXA2", "ANXA5", "ANXA6",
"APOE", "APP", "ARHGAP1", "ARHGEF40", "ARL1", "ARL4A", "ARMCX2",
"ARPC1B", "ASPH", "ATP10D", "ATP1B1", "ATP2B1", "ATP2B4", "ATP6V0E1",
"ATP8B2", "ATXN1", "B2M", "BAG3", "BGN", "BMP5", "BNC2", "BOC",
"BTN3A2", "C1orf198", "C1orf54", "C4orf32", "C6orf120", "CALD1", "CALU",
"CAPN2", "CAPN6", "CBFB", "CBLB", "CCDC80", "CD164", "CD44", "CD59",
"CD63", "CDH11", "CETN2", "CFH", "CFI", "CILP", "CKAP4", "CLIC4",
"CMTM3", "CMTM6", "CNN3", "COL11A1", "COL12A1", "COL1A1", "COL27A1",
"COL3A1", "COL4A1", "COL4A2", "COL5A1", "COL5A2", "COL6A1", "COL6A2",
"COL6A3", "COPA", "CPED1", "CPS1", "CRABP2", "CREB3L2", "CREG1",
"CRELD2", "CRISPLD1", "CRTAP", "CSRP1", "CTDSP2", "CTNNA1", "CTSB",
"CTSC", "CTSO", "CXCL12", "CYBRD1", "CYFIP1", "CYP26A1", "CYR61",
"DCAF6", "DDOST", "DDR2", "DESI2", "DKK3", "DLC1", "DLX1", "DLX2",
"DMD", "DNAJC1", "DNAJC10", "DNAJC3", "DNM3OS", "DPY19L1", "DSE",
"DUSP14", "DUSP5", "DUSP6", "EDEM1", "EDNRA", "EFEMP2", "EGFR", "EGR1",
"EGR3", "EHD2", "ELAVL1", "ELF1", "ELK3", "ELK4", "EMILIN1", "EMP1",
"ENAH", "EPHA3", "EPS8", "ERBIN", "ERLIN1", "ERRFI1", "ETS1", "EVA1A",
"EXT1", "EXTL2", "F2R", "F2RL2", "FAM102B", "FAM114A1", "FAM120A",
"FAM129A", "FAM3C", "FAM43A", "FAM46A", "FAT1", "FBN1", "FBN2", "FGFR1",
"FIBIN", "FILIP1L", "FKBP14", "FLNA", "FLRT2", "FMOD", "FN1", "FNDC3B",
"FSTL1", "FUCA2", "FZD1", "FZD2", "FZD7", "GABRR1", "GALNT10", "GAS1",
"GAS2", "GDF15", "GJA1", "GNAI1", "GNG12", "GNS", "GORAB", "GPC6",
"GPR137B", "GPX8", "GRN", "GSN", "HES1", "HEXB", "HIBADH", "HIPK3",
"HIST1H2AC", "HIST1H2BK", "HLA-A", "HLA-B", "HLA-C", "HLA-F", "HLX",
"HNMT", "HOMER1", "HS3ST3A1", "HSP90B1", "HSPA5", "HSPB1", "HTRA1",
"HYOU1", "ID1", "ID3", "IFI16", "IFITM2", "IFITM3", "IGF2R", "IGFBP5",
"IGFBP6", "IL13RA1", "IL6ST", "INSIG1", "IQGAP2", "ITGA10", "ITGA4",
"ITGAV", "ITGB1", "ITM2B", "ITM2C", "ITPR1", "ITPRIPL2", "JAK1", "JAM3",
"KANK2", "KCNK2", "KCTD12", "KDELC2", "KDELR2", "KDELR3", "KDM5B",
"KIAA1462", "KIF13A", "KIRREL", "KLF10", "KLF4", "KLF6", "L3HYPDH",
"LAMB1", "LAMC1", "LAMP1", "LAPTM4A", "LASP1", "LATS2", "LEPROT",
"LGALS1", "LHFP", "LHX8", "LIFR", "LIPA", "LITAF", "LIX1L", "LMAN1",
"LMNA", "LOXL2", "LPP", "LRP10", "LRRC17", "LRRC8C", "LTBP1", "LUZP1",
"MAGT1", "MAML2", "MAN2A1", "MANF", "MBD2", "MBNL1", "MBTPS1", "MEOX1",
"MEOX2", "MEST", "MGAT2", "MGP", "MGST1", "MICAL2", "MMP2", "MOB1A",
"MRC2", "MXRA5", "MYADM", "MYDGF", "MYL12A", "MYL12B", "MYLIP", "NANS",
"NBR1", "NEK7", "NES", "NFIA", "NFIC", "NID1", "NID2", "NOTCH2",
"NOTCH2NL", "NPC2", "NPTN", "NQO1", "NR3C1", "NRP1", "OGFRL1",
"OLFML2A", "OLFML2B", "OLFML3", "OSTC", "P4HA1", "PALLD", "PAPSS2",
"PCDH18", "PCOLCE2", "PCSK5", "PDE3A", "PDE7B", "PDGFC", "PDIA3",
"PDIA4", "PDIA6", "PDLIM1", "PEA15", "PEAK1", "PHLDA3", "PHLDB2",
"PHTF2", "PIAS3", "PLAGL1", "PLEKHA2", "PLEKHH2", "PLK2", "PLOD2",
"PLOD3", "PLPP1", "PLS3", "PLSCR1", "PLSCR4", "PLXDC2", "POLR2L",
"PON2", "POSTN", "PPIB", "PPIC", "PPT1", "PRCP", "PRDM6", "PRDX4",
"PRDX6", "PROM1", "PRRX1", "PTBP1", "PTGER4", "PTGFRN", "PTN", "PTPN14",
"PTPRG", "PTPRK", "PTRF", "PXDC1", "PXDN", "PYGL", "QKI", "QSOX1",
"RAB13", "RAB29", "RAB31", "RAP1A", "RAP1B", "RBMS1", "RCN1", "RECK",
"REST", "RGL1", "RGS10", "RGS3", "RHOC", "RHOJ", "RIN2", "RIT1",
"RNFT1", "RNH1", "ROBO1", "ROR1", "RRBP1", "S1PR3", "SASH1", "SCPEP1",
"SCRG1", "SDC2", "SDC4", "SDCBP", "SDF4", "SEC14L1", "SEL1L3", "SEMA3C",
"SEMA3F", "SEPT10", "SERPINE2", "SERPINH1", "SFT2D1", "SFT2D2", "SGK1",
"SH3BGRL", "SHC1", "SHROOM3", "SIX1", "SIX4", "SKIL", "SLC16A4",
"SLC30A1", "SLC30A7", "SLC35F5", "SLC38A2", "SLC38A6", "SLC39A14",
"SMAD3", "SNAI2", "SNAP23", "SOSTDC1", "SOX9", "SPARC", "SPARCL1",
"SPATA20", "SPCS3", "SPRED1", "SPRY1", "SPRY4", "SPRY4-IT1", "SQSTM1",
"SRPX", "SSBP4", "SSR1", "SSR3", "STAT1", "STAT3", "STEAP1", "STK38L",
"SUCLG2", "SURF4", "SVIL", "SYDE1", "SYNJ2", "SYPL1", "TCF7L2", "TFE3",
"TFPI", "TGFB1I1", "TGFBR2", "THBS1", "TIMP1")
>
The function now works, and returns a ">" symbol, indicating that the
function completed successfully. The ls() function proves it:
$ R
> ls()
[1] "MES"
Is this a bug in the base R "c" function? It seems like the "c" function
can only accept so many characters before it fails.
Thank you for your time,
core_contingency
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: OpenPGP_signature
Type: application/pgp-signature
Size: 236 bytes
Desc: OpenPGP digital signature
URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/attachments/20220712/53cd0593/attachment.sig>
More information about the R-help
mailing list