[R] Removing columns from big.matrix which have only one value

[PIKAL Petr]

Hi

With
> which(colSums(m4)==0)

you get column numbers with only zeroes.

You could also remove zero column by.

m4[,colSums(m4)!=0]

And with that you could find colums with ones.
which(colSums(m4)==nrow(m4))
[1] 10001
Cheers
Petr

> -----Original Message-----
> From: R-help [mailto:r-help-bounces using r-project.org] On Behalf Of Jack Arnestad
> Sent: Saturday, April 21, 2018 9:17 PM
> To: r-help using r-project.org
> Subject: [R] Removing columns from big.matrix which have only one value
>
> I have a very large binary matrix, stored as a big.matrix to conserve memory (it
> is over 2 gb otherwise - 5 million columns and 100 rows).
>
> r <- 100
> c <- 10000
> m4 <- matrix(sample(0:1,r*c, replace=TRUE),r,c)
> m4 <- cbind(m4, 1)
> m4 <- as.big.matrix(m4)
>
> I need to remove every column which has only one unique value (in this case,
> only 0s or only 1s). Because of the number of columns, I want to be able to do
> this in parallel.
>
> How can I accomplish this while keeping the data compressed as a big.matrix? I
> can convert it into a df and loop over the columns looking for the number of
> unique values, but this takes too much RAM.
>
> Thanks!
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help using r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.