[R] reshaping the data

[Bogdan Tanasa]

Thanks a lot gentlemen, and particularly Petr -- the R code you did share
helped tremendously ;)

On Mon, Jul 3, 2017 at 2:53 AM, PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz> wrote:

> Hi
>
> Do you want something like
>
> dcast(test, Sample~Gene, fun=function(x) paste(x, collapse=","))
>
> or
>
> dcast(test, Sample~Gene, fun=function(x) sum(as.numeric(x)))
>
> 1 means INDEL, 2 means SNV and three means both
>
> Cheers
> Petr
>
>
> > -----Original Message-----
> > From: R-help [mailto:r-help-bounces at r-project.org] On Behalf Of Bogdan
> > Tanasa
> > Sent: Monday, July 3, 2017 9:22 AM
> > To: r-help <r-help at r-project.org>
> > Subject: [R] reshaping the data
> >
> > Dear all,
> >
> > I would appreciate please a piece of help regarding the use of
> acast/dcast
> > functions in reshape2 package.
> >
> > Specifically, I'm working with a data frame, that has information about
> > SAMPLE, GENE, and TYPE of MUTATION (as shown below):
> >
> > Sample    Gene  Type
> > 22M       AEBP1   SNV
> > 17M       AEBP1   SNV
> > 22M         ATR   INDEL
> > 22M         ATR   SNV
> > 11M         BTK   SNV
> > 11M         BTK INDEL
> >
> >
> > I would like to transform this DATAFRAME into a MATRIX that has GENE on
> > ROWS, SAMPLE on COLUMNS, and the elements of the matrix are SNV or INDEL
> > (ie the types of mutations).
> >
> > The R code starts with :
> >
> > y <- data.frame(Sample = x$Sample, Gene = x$Gene, Type=x$Type)
> >
> > z <- acast(y, Cancer_Gene ~ Sample)
> >
> > although in z, I do not have the information on Type (i.e.SNV or INDEL).
> >
> > thanks a lot,
> >
> > -- bogdan
> >
> >       [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > ______________________________________________
> > R-help at r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/
> posting-guide.html
> > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
> ________________________________
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
> určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
> neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie
> vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email
> jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi
> či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
> smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout;
> Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany
> příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
> výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
> společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn
> nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto
> emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich
> existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are
> intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
> sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
> copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
> authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
> caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
> email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a
> contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to
> immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes
> any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any
> amendment or variation.
> - the sender insists on that the respective contract is concluded only
> upon an express mutual agreement on all its aspects.
> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter
> into any contracts on behalf of the company except for cases in which
> he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization
> or power of attorney is submitted to the recipient or the person
> represented by the recipient, or the existence of such authorization is
> known to the recipient of the person represented by the recipient.
>

	[[alternative HTML version deleted]]