[R] how can I count data points outside the main plot line?

Wed Mar 30 09:42:51 CEST 2016

Hi Raz

Keep your responses to the rhelp list.
Did you try residuals function?

DNase1 <- subset(DNase, Run == 1)
DNase1[12,3]<-0.1
fm1DNase1 <- nls(density ~ SSlogis(log(conc), Asym, xmid, scal), DNase1)
resid(fm1DNase1)
[1] -3.273213e-02 -3.173213e-02 -7.798226e-03 -4.798226e-03 -7.665433e-05
[6]  8.923346e-03  4.956802e-02  4.656802e-02  9.936101e-02  9.436101e-02
[11]  2.233609e-01 -6.956391e-01  1.334304e-01  1.634304e-01 -2.106923e-02
[16] -4.106923e-02
attr(,"label")
1] "Residuals"
plot(resid(fm1DNase1))

You can use the threshold for selecting values departing from your model.

> sum(abs(resid(fm1DNase1))>0.4)
[1] 1
> sum(abs(resid(fm1DNase1))>0.2)
[1] 2
> sum(abs(resid(fm1DNase1))>0.1)
[1] 4
>

Cheers
Petr

From: raz [mailto:barvazduck at gmail.com]
Sent: Wednesday, March 30, 2016 8:31 AM
To: PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz>
Subject: Re: [R] how can I count data points outside the main plot line?

Hi Petr,
Thanks for your reply, if you have time can you elaborate more about your suggestions, I dont understand what you meant..
Thanks
Raz

On Tue, Mar 29, 2016 at 12:14 PM, PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz<mailto:petr.pikal at precheza.cz>> wrote:
Hi

Did you try residuals and/or influence.measures?

Cheers
Petr

-----Original Message-----
From: R-help [mailto:r-help-bounces at r-project.org<mailto:r-help-bounces at r-project.org>] On Behalf Of raz
Sent: Tuesday, March 29, 2016 10:51 AM
To: r-help at r-project.org<mailto:r-help at r-project.org>
Subject: [R] how can I count data points outside the main plot line?

How can I count data points that lay outside of the main plot line?
I have a plot in which most data points create a sigmoid line, but some are spread throughout the plot area, these points dont fit the curve. I would like to count them to know the ratio between the main curve and the data points that dont fit, any ideas?

Thanks,

Raz

--
\m/
        [[alternative HTML version deleted]]

______________________________________________
R-help at r-project.org<mailto:R-help at r-project.org> mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.

--
\m/

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.

	[[alternative HTML version deleted]]