[R] help - hoslem.test

Thu Apr 30 16:42:36 CEST 2015

I must correct myself,

attach does not prevent from modifying the object but can be confusing see ?attach example

> x<-1:5
> y<-NA
> xx<-data.frame(x,y)
> attach(xx)
The following objects are masked _by_ .GlobalEnv:

    x, y

> rm(x,y)
> x
[1] 1 2 3 4 5
> yy<-x>3
> xx<-cbind(xx,yy)
> xx
  x  y    yy
1 1 NA FALSE
2 2 NA FALSE
3 3 NA FALSE
4 4 NA  TRUE
5 5 NA  TRUE
> x
[1] 1 2 3 4 5
> x<-x*rnorm(5)
> x
[1] -0.1621579 -0.0142278 -0.6453297 -4.4597072 -1.9681243
> xx
  x  y    yy
1 1 NA FALSE
2 2 NA FALSE
3 3 NA FALSE
4 4 NA  TRUE
5 5 NA  TRUE
>
so new x variable is created and the x variable in xx data frame stays the same.

Cheers
Petr

> -----Original Message-----
> From: R-help [mailto:r-help-bounces at r-project.org] On Behalf Of PIKAL
> Petr
> Sent: Thursday, April 30, 2015 4:25 PM
> To: Luciane Maria Pilotto; r-help at r-project.org
> Subject: Re: [R] help - hoslem.test
>
> Hi
>
> I agree with John
>
> Just small refinements in lines
>
> > -----Original Message-----
> > > -----Original Message-----
> > > From: lutipilotto at yahoo.com.br
> > > Sent: Thu, 30 Apr 2015 04:24:32 -0700
> > > To: r-help at r-project.org, jrkrideau at inbox.com
> > > Subject: RE: [R] help - hoslem.test
> > >
> > > load("id3.rda")
> > And what is this?
> >
> > We do not have access to your office or computer hard disc.
> >
> > Please read http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-
> > great-r-reproducible-example, see ?dput for sending data?
> >
> > It is very unlikely anyone here can help if we have no data.
> >
> >
> > > attach(id3)
>
> Do not use attach. It prevents from modifiyng id3.
>
> > >
> > > #transformando q13 em binária
> > > q131<-ifelse(q13==1,1,ifelse(q13==2,2,ifelse(q13==3,2,
> > > ifelse(q13==4,2,ifelse(q13==5,2,NA)))))
>
> q131 <- as.numeric(cut(q13, c(0,1.5,5)))
>
> > x<-1:7
> > x
> [1] 1 2 3 4 5 6 7
> > as.numeric(cut(x, c(0,1.5,5)))
> [1]  1  2  2  2  2 NA NA
>
> > > id3<-cbind(id3,q131)
>
> rather dangerous in case id3 is not data.frame but matrix
>
> > > id3$q131 <- as.factor(id3$q131)
> > >
> > > tp1 <- glm(q131 ~ q11 + q10+q12+edcat + q08+q06+ q14, family =
> > > binomial(link = "logit"), data=id3)
> > > tp1
> > >
> > > library(ResourceSelection)
> > > hoslem.test(tp1$q131, fitted(tp1), g=10)
>
> hoslem.test expects x to be a numeric vector of observations, binary
> (0/1).
> If I understand correctly tp1$q131 have values 1, 2 or NA.
>
> Cheers
> Petr
>
> > >
> > > dataframe: https://www.dropbox.com/s/9qrdf4mhd6tzypi/id3.rda?dl=0
> > >
> > >
> > > __________________________________________________
> > > Luciane Maria Pilotto
> > > Mestre e Doutoranda em Saúde Bucal Coletiva - FO/UFRGS NDE
> > > Odontologia - UNIVATES
> > > Telefone: (51) 84512344
> > >
> > > --------------------------------------------
> > > Em qui, 30/4/15, John Kane <jrkrideau at inbox.com> escreveu:
> > >
> > >  Assunto: RE: [R] help - hoslem.test
> > >  Para: "Luciane Maria Pilotto" <lutipilotto at yahoo.com.br>,
> > > r-help at r-project.org
> > >  Data: Quinta-feira, 30 de Abril de 2015, 7:52
> > >
> > >  http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-
> > reproducible-example
> > >
> > >  John Kane
> > >  Kingston ON Canada
> > >
> > >
> > >  > -----Original Message-----
> > >  > From: lutipilotto at yahoo.com.br
> > >  > Sent: Wed, 29 Apr 2015 18:45:26 -0700  > To: r-help at r-
> project.org
> > > > Subject: [R] help - hoslem.test  >  > Hello,  >  > I'm working
> > > with  ordinal logistic regression model (polr) and would like  > to
> > > test the proportional odds assumption.
> > >  For this, I ran the binary
> > >  > logistic
> > >  regressions with varying cutpoints on the dependent  variable, as
> > > > described in the following  commands. When running the test of
> > > Hosmer and  > Lemeshow (hoslem.test) for residuals gives  error.
> > >  >
> > >  > Thanks,
> > >  > Luciane
> > >  >
> > >  >
> > >  ______________________________________________
> > >  > R-help at r-project.org
> > >  mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see  >
> > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> > >  > PLEASE do read the posting guide
> > >  > http://www.R-project.org/posting-guide.html
> > >  > and provide commented, minimal,
> > >  self-contained, reproducible code.
> > >
> > >  ____________________________________________________________
> > >  FREE ONLINE PHOTOSHARING - Share your photos  online with your
> > > friends and family!
> > >  Visit
> > >  http://www.inbox.com/photosharing to  find out more!
> >
> > ____________________________________________________________
> > FREE ONLINE PHOTOSHARING - Share your photos online with your friends
> > and family!
> > Visit http://www.inbox.com/photosharing to find out more!
> >
> > ______________________________________________
> > R-help at r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
> > guide.html and provide commented, minimal, self-contained,
> > reproducible code.
>
> ________________________________
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
> určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
> neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho
> kopie vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento
> email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou
> modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
> smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně
> přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky
> ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
> výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
> společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně
> zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly
> adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje,
> předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené
> známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and
> are intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
> sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
> copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
> authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any
> manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
> caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
> email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into
> a contract in any time, for any reason, and without stating any
> reasoning.
> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to
> immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer)
> excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient
> containing any amendment or variation.
> - the sender insists on that the respective contract is concluded only
> upon an express mutual agreement on all its aspects.
> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to
> enter into any contracts on behalf of the company except for cases in
> which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such
> authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the
> person represented by the recipient, or the existence of such
> authorization is known to the recipient of the person represented by
> the recipient.
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
> guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.