[R] Problem installing packages

[Prof Brian Ripley]

On 20/02/2014 15:54, Matías Guzmán Naranjo wrote:
> I'm trying to install various packages like lme4, ndl and RcppEigen but
> they all fail with similar error messages:
>
> install.packages("RcppEigen")
> Installing package into '/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0'
> (as 'lib' is unspecified)
> probando la URL '
> http://cran.at.r-project.org/src/contrib/RcppEigen_0.3.2.0.2.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 1251504 bytes (1.2 Mb)
> URL abierta
> ==================================================
> downloaded 1.2 Mb
>
> * installing *source* package 'RcppEigen' ...
> ** package 'RcppEigen' successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG
> -I"/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include"
> -I../inst/include -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o
> g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG
> -I"/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/include"
> -I../inst/include -fpic  -O3 -pipe  -g  -c fastLm.cpp -o fastLm.o
> g++ -shared -o RcppEigen.so RcppEigen.o fastLm.o Note: no visible binding
> for global variable '.Data' Note: no visible binding for global variable
> '.Data' -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
> g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio
> g++: error: Note:: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: no: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: visible: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: binding: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: for: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: global: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: variable: No existe el archivo o el directorio
> g++: error: '.Data': No existe el archivo o el directorio
> make: *** [RcppEigen.so] Error 1
> ERROR: compilation failed for package 'RcppEigen'
> * removing '/home/matias/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen'
>
> The downloaded source packages are in
>      '/tmp/RtmpzLOC7E/downloaded_packages'
> Mensajes de aviso perdidos
> In install.packages("RcppEigen") :
>    installation of package 'RcppEigen' had non-zero exit status
>
>
> I tried to reinstall R but it didn't help. What else can I do? Thanks.

1) Not send HTML mail when asked not to.

2) Set LANGUAGE=en before copying messages to your posting.

3) This relates to a way Rcpp recommends to find libraries.  It clearly 
is not working for you, so you need to discuss it on their forums.  It 
definitely is not an R-help issue (see the posting guide) and is not a 
problem in R itself.

>
> 	[[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
That does mean you.

-- 
Brian D. Ripley,                  ripley at stats.ox.ac.uk
Professor of Applied Statistics,  http://www.stats.ox.ac.uk/~ripley/
University of Oxford,             Tel:  +44 1865 272861 (self)
1 South Parks Road,                     +44 1865 272866 (PA)
Oxford OX1 3TG, UK                Fax:  +44 1865 272595