Hello, Try sapply(seq_len(ncol(mt2)), function(j) mt1[mt2[, j], j]) Hope this helps, Rui Barradas Em 12-06-2012 17:19, Zhenjiang Lan escreveu: > mt1: > [,1] [,2] [,3] > [1,] "G" "A" "A" > [2,] "C" "T" "C" > > mt2: > [,1] [,2] [,3] > [1,] 1 2 2 > [2,] 2 1 2 > [3,] 2 2 2 > [4,] 1 1 1