[R] How to compute hazard function using coxph.object

[Yashwanth M.R]

   My question is, how to compute hazard function(H(t)) after building the
coxph model. I even aware of the terminology that differs from hazard
function(H(t)) and the hazard rate(h(t)). Here onward  I wish to calculate
both. 

Here what I have done in two different methods;

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 Method - 1

 # Coxph Model  ##

     MODEL.COXPH <-   coxph(Surv(time,status) ~ X1+X2 , data = MyData)

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# Survfit for the coxph object  ##

  MODEL.COXPH.SURVFIT <- survfit(MODEL.COXPH)

# Obtaining the object "surv" from the survfit object

 MODEL.COXPH.SURVFIT.SURV  <-  MODEL.COXPH.SURVFIT$surv

#  Computing the hazard function  ##     ## I am pretty confuse in this;
whether result from this, is a hazard function(H(t)) or baseline cumulative
hazard function(H_0(t))   ##

  Hazard.Function <-    -log(MODEL.COXPH.SURVFIT.SURV)

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#  Baseline hazard function can also be calculated explicitly  ##

  MODEL.COXPH.BASELINEHAZ <- basehaz(MODEL.COXPH)

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 Method - 2

# Coxph Model  ##

     MODEL.COXPH <-   coxph(Surv(time,status) ~ X1+X2 , data = MyData)

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# Survfit for the coxph object  ##

  MODEL.COXPH.SURVFIT <- survfit(MODEL.COXPH)

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# Proportion that fail at each evaluated time period  ##

MODEL.COXPH.SURVFIT.PROP.FAIL <-
MODEL.COXPH.SURVFIT$n.event/MODEL.COXPH.SURVFIT$n.risk					

# Length of time over which these failure occurs  ##

MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME <- MODEL.COXPH.SURVFIT$time

MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME.0 <-
c(0,MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME[-length(MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME)])

# Instantaneous Hazard rate  ##

MODEL.COXPH.SURVFIT.INSTANTANEOUS.HAZARD <-
MODEL.COXPH.SURVFIT.PROP.FAIL/(MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME -
MODEL.COXPH.SURVFIT.TIME.0)

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            If i multiply the "baseline hazard
values(MODEL.COXPH.BASELINEHAZ)"  with the computed values of "exp(X*beta)",
then the resulted values is not matching with the instantaneous hazard
values which has been obtained. 

 So is, 
   InstantaneousHazard = h_0(t) exp(X*beta).   i.e; is instantaneous hazard
is equal to the values which has been computed as "h(t)= baseline hazard
values(MODEL.COXPH.BASELINEHAZ)* exp(X*beta)".

  If not, then please help me in obtaining the appropriate hazard
function(H(t)). Please oblige.


Regards,

Yashwanth M.R










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