[R] problem reading Matlab file into R
Henrik Bengtsson
hb at stat.berkeley.edu
Sun Sep 19 06:35:00 CEST 2010
Hi.
On Thu, Sep 16, 2010 at 1:04 AM, Claude Flener <claude.flener at utu.fi> wrote:
> Hi,
>
> I'm trying to read a .mat file into R (2.11.1) with medium success so far. The file I have is a MATLAB 5.0 MAT-file exported from RiverSurveyor LIVE software (http://www.sontek.com/software.php).
> I have R.matlab and Rcompression installed and readMat() starts reading the file, as can be seen in verbose mode (hence medium success), but then gives the following error:
>
> Error in dim(matrix) <- dimensionsArray$dim :
> dims [product 1] do not match the length of object [0]
>
> I put the whole verbose output at the end of this email and an example file here: http://users.utu.fi/cjflen/files/riversurveyor.mat
>
> Can anyone give me some advice on what the problem might be, and how to solve it? This is the first time I'm using the R.matlab package and I have no access to or any experience with Matlab, so changing the mat file or saving it in a different format is not an option for me.
I've downloaded 'riversurveyor.mat' and can verify that with R.matlab v1.3.2
library("R.matlab");
data <- readMat("riversurveyor.mat");
gives that error. I can also confirm that Matlab v7 can indeed read
it. Saving its content by
save -V6 riversurveyor_fix.mat *
and then
library("R.matlab");
data <- readMat("riversurveyor_fix.mat");
is an immediate workaround.
The error occurs only when there is an empty string (=="") and not
when Matlab saves the file.
I've submitted R.matlab v1.3.3 to CRAN, which contains a workaround
for this particular case. Keep an eye on
http://cran.r-project.org/web/packages/R.matlab/ to see when it is
available.
Thxs for the report,
/Henrik
>
> Kind regards,
> Claude
>
>
>> foo <- readMat("riversurveyor.mat", verbose=TRUE)
> Trying to read MAT v5 file stream...
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 2848
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 1
> List of 1
> $ : int [1, 1] 1
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> num 0
> List of 1
> $ : num [1, 1] 0
> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> num 0
> List of 1
> $ : num [1, 1] 0
> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 2
> List of 1
> $ : int [1, 1] 2
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
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> $ compressed: logi FALSE
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> List of 1
> $ : int [1, 1] 3
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 3
> List of 1
> $ : int [1, 1] 3
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 0
> List of 1
> $ : int [1, 1] 0
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> $ compressed: logi FALSE
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> List of 1
> $ : num [1, 1] 0
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> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> List of 1
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> List of 7
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> $ signed : logi NA
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> num 0
> List of 1
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> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> num 2
> List of 1
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> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> List of 1
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> $ signed : logi NA
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> List of 1
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> $ signed : logi NA
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> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 7
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> $ signed : logi NA
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> $ compressed: logi FALSE
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> List of 7
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> $ signed : logi NA
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> List of 7
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> $ signed : logi NA
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> $ compressed: logi FALSE
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> List of 1
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> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> $ type : chr "miMATRIX"
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> List of 1
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> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> int 1
> List of 1
> $ : int [1, 1] 1
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> $ compressed: logi FALSE
> int 1
> List of 1
> $ : int [1, 1] 1
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 1
> List of 1
> $ : int [1, 1] 1
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> num 10
> List of 1
> $ : num [1, 1] 10
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> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
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> $ compressed: logi FALSE
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> List of 1
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> List of 1
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> ..$ : num [1, 1] 0
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> ..$ : int [1, 1] 3
> ..$ : int [1, 1] 0
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> ..$ : num [1, 1] 0
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> ..$ : int [1, 1] 2
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> ..$ : int [1, 1] 1
> ..$ : int [1, 1] 1
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> ..$ : int [1, 1] 1
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> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 1
> $ Setup:List of 29
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> ..$ : int [1, 1] 3
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> ..$ : int [1, 1] 1
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> ..$ : int [1, 1] 1
> ..$ : int [1, 1] 1
> ..$ : num [1, 1] 10
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> ..$ : int [1, 1] 0
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 29 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr [1:29] "startEdge" "magneticDeclination" "transectAzimuth" "coordinateSystem" ...
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 392
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> num 1
> List of 1
> $ : num [1, 1] 1
> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 1
> $ :List of 1
> ..$ : num [1, 1] 1
> .. ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 1 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr "MinCellSnr"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 1
> $ :List of 1
> ..$ : num [1, 1] 1
> .. ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 1 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr "MinCellSnr"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 144
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> num 0
> List of 1
> $ : num [1, 1] 0
> ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> List of 1
> $ :List of 1
> ..$ : num [1, 1] 0
> .. ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 1 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr "HeadingCorrection"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 1
> $ :List of 1
> ..$ : num [1, 1] 0
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> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr "HeadingCorrection"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 1
> $ Processing:List of 2
> ..$ :List of 1
> .. ..$ : num [1, 1] 1
> .. .. ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
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> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. .. ..$ : chr "MinCellSnr"
> .. .. ..$ : NULL
> .. .. ..$ : NULL
> ..$ :List of 1
> .. ..$ : num [1, 1] 0
> .. .. ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> .. ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 1 1 1
> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. .. ..$ : chr "HeadingCorrection"
> .. .. ..$ : NULL
> .. .. ..$ : NULL
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 2 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr [1:2] "Screening" "Corrections"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 1
> $ Processing:List of 2
> ..$ :List of 1
> .. ..$ : num [1, 1] 1
> .. .. ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> .. ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 1 1 1
> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. .. ..$ : chr "MinCellSnr"
> .. .. ..$ : NULL
> .. .. ..$ : NULL
> ..$ :List of 1
> .. ..$ : num [1, 1] 0
> .. .. ..- attr(*, "Csingle")= logi TRUE
> .. ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 1 1 1
> .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. .. ..$ : chr "HeadingCorrection"
> .. .. ..$ : NULL
> .. .. ..$ : NULL
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 2 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr [1:2] "Screening" "Corrections"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 4120
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int [1:3] 49 56 52
> List of 1
> $ : chr [1, 1] "184"
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 0
> List of 1
> $ : int [1, 1] 0
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 80
> List of 1
> $ : int [1, 1] 80
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 264
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 3000
> List of 1
> $ : int [1, 1] 3000
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 500
> List of 1
> $ : int [1, 1] 500
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
> $ sizeOf : int 0
> $ what : num 0
> $ nbrOfBytes: int 56
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int 1000
> List of 1
> $ : int [1, 1] 1000
> List of 1
> $ :List of 3
> ..$ : int [1, 1] 3000
> ..$ : int [1, 1] 500
> ..$ : int [1, 1] 1000
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 3 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr [1:3] "F0" "F1" "F2"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 1
> $ :List of 3
> ..$ : int [1, 1] 3000
> ..$ : int [1, 1] 500
> ..$ : int [1, 1] 1000
> ..- attr(*, "dim")= int [1:3] 3 1 1
> ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
> .. ..$ : chr [1:3] "F0" "F1" "F2"
> .. ..$ : NULL
> .. ..$ : NULL
> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> $ : chr [1, 1] "deg"
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> List of 7
> $ type : chr "miMATRIX"
> $ signed : logi NA
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> $ nbrOfBytes: int 48
> $ padding : num 0
> $ compressed: logi FALSE
> int(0)
> Error in dim(matrix) <- dimensionsArray$dim :
> dims [product 1] do not match the length of object [0]
>
>
>
>
>
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