[R] glm analysis repeated for 900 variables

[Christian Schulz]

Hi,


nvars <- 902
data <-  as.data.frame(matrix(runif(100*nvars),ncol=nvars))
colnames(data)[901] <- c('phenotype')
colnames(data)[902] <- c('outcome')

### catch all aic values ###
res  <-  matrix(nrow=900,ncol=2)
for (i in 1:(length(data)-2)) {
res[i,1] <-  names(data)[i]
res[i,2] <-  glm(outcome~data[,i]*phenotype, data=data)$aic
}
res



> Dear R users,
>
> Could you help my with the following problem?
> I want to repeat a glm analysis with 2 independent variables for all 900
> variables (snps) in my data set. So, I want to check whether snp1 has a
> different effect on my outcome variable in patients and
> controls(phenotype). And repeat that for snp2 to snp900.
> Is there an easy way to get a summary of the data, e.g. a list of P
> values of all 900 variables?
>
> I tried something with a loop:
> for (i in 1:length(data)) { print (summary (glm
> (outcome~data[[i]]*phenotype, data=data))) }   # This works, but gives
> 900 written summaries
>
>
> for (i in 1:length(data)) { coef (summary (glm
> (outcome~data[[i]]*phenotype, data=data))) }   # changing print to coef
> gives no output
>
> for (i in 1:length(data)) { glm.data <- glm
> (outcome~data[[i]]*phenotype, data=data)) }
> summary (glm.data)
> # gives only output of the last variable
>
> for (i in 1:length(data)) { glm.data[[i]] <- glm
> (outcome~data[[i]]*phenotype, data=data)) }
> summary (glm.data[[i]])
> # gives only output of the last variable
>
> Or should I use tapply or something like that? In what way?
>
> Thanks!
>
> Afke Terwisscha
> email: aterwiss at umcutrecht.nl <mailto:aterwiss at umcutrecht.nl>
>
>
>
>
>
> ------------------------------------------------------------------------------
>
> De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
> uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
> ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
> te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
> Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
> (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
> de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
>
> Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
>
> ------------------------------------------------------------------------------
>
> This message may contain confidential information and is...{{dropped:14}}
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
>