[R] How to do automatical-plotting

stephen sefick ssefick at gmail.com
Tue Jun 16 00:02:57 CEST 2009


?dput
to make the example code reproducible, and then maybe i can help.

Stephen Sefick

On Mon, Jun 15, 2009 at 4:42 AM, Mao Jianfeng<jianfeng.mao at gmail.com> wrote:
> Hi R-listers,
>
> I am new to R and programming.
>
> I have a large dataframe composed of two grouping variables (species,
> population, with populations nested in species) and tens of continuously
> numeric variables. For each numeric variable, I want to make a boxplot with
> population as the X axis and the boxes filled according to which species it
> is belonging to. But, that is a definitely tedious work. I followed the
> tutorials in the ggplot2 website. But, I have not found any way to ease this
> work.
>
> I am really thirsting for an automatic approach to plot the numeric
> variables one by one in a PDF file, assigning the variable name as the y
> label. Can anyone share any brilliant scripts with me. I think it must be
> helpful to others who have little programming experience like me.
>
> the code I used to make boxplot on (dataframe: All, group variable: species
> and popluation, and numeric variable: conlen) is as followed:
>
> pcon<-ggplot(All, aes(population,conlen))
> pcon+geom_boxplot(aes(fill=species))
>
> Thank you in advance.
>
> Regards
> Mao J-F
>
> a part of my dataframe: All
>
> species    population    conlen    tscale    fscale    tseen    w100s
> nfsee
> Py    YXPy01    8.6    153    69    111    1.680851064    94
> Py    YXPy01    8.1    173    74    139    1.848484849    133
> Py    YLPy01    6.5    138    58    99    1.520833333    48
> Py    YLPy01    5.9    153    67    118    1.355140187    107
> Py    KMPy01    6.1    113    48    75    1.470588235    51
> Py    KMPy01    5.1    129    54    100    1.176470588    68
> Py    KMPy01    3.9    109    37    30    1.5    22
> Py    KMPy01    5    128    55    71    1.46875    64
> Py    KMPy01    4.7    132    54    32    1.5    28
> Py    KMPy01    5.8    113    52    65    1.136363636    45
> Py    KMPy01    4.7    114    42    71    1.131147541    61
> Py    KMPy01    5    120    77    131    1.403361345    119
> Py    GSPy02    6.2    152    59    102    1.348837209    43
> Py    GSPy02    6.2    111    41    64    2.805555556    36
> Py    GSPy02    6.7    130    56    67    1.757575758    33
> Py    GSPy02    6.6    115    47    78    1.603174603    63
> Py    GSPy02    8.9    137    61    102    1.767676768    99
> Py    GSPy02    6.2    157    68    115    1.459016393    61
> Py    BCPy01    5.3    91    39    24    1.263157895    19
> Py    BCPy01    6.1    100    46    53    1.117647059    17
> Py    BCPy01    4.5    81    32    46    1.32    25
> Py    LJPy01    6.6    170    65    72    2.035714286    56
> Py    LJPy01    6.9    104    46    58    1.8    55
> Py    LJPy01    8.6    161    66    38    1.794117647    34
> Py    LJPy01    5.4    123    40    22    2.428571429    21
> Py    LJPy01    6.8    123    54    57    2.044444444    46
> Py    LJPy01    8.6    166    77    77    1.847457627    59
> Py    LJPy01    6    132    51    91    1.119047619    84
> Py    LJPy01    6.8    108    45    27    1.814814815    27
> Py    LJPy01    6.2    115    48    70    1.765957447    47
> Py    LJPy01    8    168    80    132    2.036363636    111
> Pd    CYPd01    6.7    138    57    23    1.555555556    9
> Pd    CYPd01    6.8    121    46    53    1.973684211    38
> Pd    CYPd01    5.9    114    52    60    1.25    12
> Pd    CYPd01    5.2    119    53    53    1.432432432    37
> Pd    CYPd01    7.6    118    46    63    2    23
> Pd    CYPd01    6.1    144    61    24    1.428571429    14
> Pd    CYPd01    5.5    130    46    62    1.32    54
> Pd    CYPd01    6.6    153    57    83    1.558441558    77
> Pd    CYPd02    5.9    111    32    51    1.3    10
> Pd    CYPd02    7.1    121    51    80    1.451612903    31
> Pd    CYPd02    7.3    150    68    127    1.681415929    113
> Pd    CYPd02    5.6    121    38    64    1.228571429    36
> Pd    CYPd02    7.2    140    62    88    1.585365854    41
> Pd    CYPd02    6.1    113    54    91    1.256756757    74
> Pd    CYPd03    4.6    109    45    57    1.09375    32
> Pd    CYPd03    4.9    115    44    45    1.235294118    17
> Pd    CYPd03    6.4    134    44    64    1.209302326    45
> Pd    CYPd03    4.6    96    42    41    1.15    21
> Pd    CYPd03    5.6    131    43    45    1.771428571    35
> Pd    CYPd03    6.1    124    48    59    1.578947368    38
> Pd    CYPd03    5.2    110    57    71    1.340425532    47
> Pd    CYPd03    5.5    118    57    83    1.625    48
> Pd    CYPd03    6.1    106    61    95    1.559322034    60
> Pd    CYPd03    6.2    121    64    100    1.707692308    65
> Pd    CYPd03    5.1    99    38    28    1.43    20
> Pd    CYPd03    5.1    132    45    47    1.791666667    24
> Pd    YLPd01    6.15    120    43    46    1.446    21
> Pt    BXPd01    4.6    64    18    23    2.166666667    18
> Pt    BXPd01    5.1    87    26    38    2.25    32
> Pt    BXPd01    4.8    89    27    50    2.130434783    46
> Pt    BXPd01    6    97    29    31    2.684210526    19
> Pt    BXPd01    5.2    98    32    54    2.292682927    41
> Pt    GYPt01    4.3    98    27    8    4    5
> Pt    GYPt01    4    82    27    51    2.78125    32
> Pt    GYPt01    5    106    35    8    4.333333333    6
> Pt    GYPt01    5.1    86    24    25    3.375    16
> Pt    GYPt01    4.6    79    25    21    2.631578947    19
> Pt    GYPt01    5    80    30    23    2.823529412    17
> Pt    NSPt01    5.3    107    27    37    2.85    33
> Pt    NSPt01    5.4    85    26    38    2.27    32
> Pt    NSPt01    5.4    102    31    50    5.32    40
> Pt    NSPt01    5.1    84    23    29    5.32    23
> Pt    NSPt01    NA    NA    NA    NA    NA    NA
> Pt    NSPt01    4.1    57    17    24    2.7    18
>
>        [[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>



-- 
Stephen Sefick

Let's not spend our time and resources thinking about things that are
so little or so large that all they really do for us is puff us up and
make us feel like gods.  We are mammals, and have not exhausted the
annoying little problems of being mammals.

								-K. Mullis


More information about the R-help mailing list