[R] Help on Installing Matrix Package in Linux (Fedora)
Krzysztof Sakrejda-Leavitt
krzysztof.sakrejda at gmail.com
Thu Jul 10 03:11:04 CEST 2008
Maybe I am wrong about this, but I think your problem is actually:
Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory
Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory
Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory
I think these are important files for compiling additional packages,
especially since the rest of your errors look like they are from missing
definitions.
I would do one of the locate/find flavor of commands and see where the
R.h/etc... files are, then make sure your include path is set
correctly... maybe check in Mutils.h for the lines which are supposed to
include the R.h/etc files... to see if they will work for your system.
hth,
Krzysztof
Hyunseung Kang wrote:
> Hi,
>
> I have been trying to install the Matrix package on R running in Linux (Fedora). But, I get the following error message (at the bottom). I am logged in as the root user. Any help would be appreciated! Thanks!
> -Hyunseung Kang
>
> * Installing *source* package 'Matrix' ...
> Using GNU make for building the package
> ** libs
> ** arch -
> gcc -m32 -std=gnu99 -I/usr/include/R -I/usr/local/include -I./UFconfig -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -c CHMfactor.c -o CHMfactor.o
> In file included from CHMfactor.h:4,
> from CHMfactor.c:2:
> Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory
> Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory
> Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory
> In file included from CHMfactor.h:4,
> from CHMfactor.c:2:
> Mutils.h:32: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡triangularMatrix_validate¢
> Mutils.h:33: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡symmetricMatrix_validate¢
> Mutils.h:34: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡dense_nonpacked_validate¢
> Mutils.h:54:49: error: missing binary operator before token "("
> Mutils.h:59: error: expected ¡)¢ before ¡obj¢
> Mutils.h:60: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡set_double_by_name¢
> Mutils.h:61: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡as_det_obj¢
> Mutils.h:62: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡get_factors¢
> Mutils.h:63: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡set_factors¢
> Mutils.h:72: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_make_named¢
> Mutils.h:73: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡check_scalar_string¢
> Mutils.h:74: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡equal_string_vectors¢
> Mutils.h:76: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:77: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:78: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:79: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:81: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_getElement¢
> In file included from Mutils.h:99,
> from CHMfactor.h:4,
> from CHMfactor.c:2:
> Syms.h:2: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_DimNamesSym¢
> In file included from CHMfactor.h:4,
> from CHMfactor.c:2:
> Mutils.h:149: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢
> Mutils.h:178: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:197: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢
> Mutils.h:215: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Rboolean¢
> Mutils.h:226: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:227: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:229: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:230: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:232: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_expand_pointers¢
> Mutils.h:234: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡dup_mMatrix_as_dgeMatrix¢
> Mutils.h:235: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡dup_mMatrix_as_geMatrix¢
> Mutils.h:237: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡new_dgeMatrix¢
> Mutils.h:238: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡m_encodeInd¢
> Mutils.h:239: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡m_encodeInd2¢
> Mutils.h:242: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:248: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:263: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢
> In file included from CHMfactor.h:5,
> from CHMfactor.c:2:
> chm_common.h:19: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:20: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:21: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:22: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:24: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:35: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_factor_to_SEXP¢
> chm_common.h:36: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_sparse_to_SEXP¢
> chm_common.h:38: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_triplet_to_SEXP¢
> chm_common.h:40: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_dense_to_SEXP¢
> chm_common.h:42: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_dense_to_matrix¢
> chm_common.h:44: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡Rboolean¢
> chm_common.h:46: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_validate¢
> chm_common.h:47: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMsimpl_validate¢
> chm_common.h:48: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMsuper_validate¢
> In file included from CHMfactor.c:2:
> CHMfactor.h:7: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2¢
> CHMfactor.h:8: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_to_sparse¢
> CHMfactor.h:9: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_solve¢
> CHMfactor.h:10: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_spsolve¢
> CHMfactor.h:11: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_update¢
> CHMfactor.h:12: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2up¢
> CHMfactor.c:4: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_to_sparse¢
> CHMfactor.c:20: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_solve¢
> CHMfactor.c:37: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_spsolve¢
> CHMfactor.c: In function ¡chm_factor_ldetL2¢:
> CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡log¢
> CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ¡log¢
> CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡fabs¢
> CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ¡fabs¢
> CHMfactor.c:82: warning: implicit declaration of function ¡error¢
> CHMfactor.c:85: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ¡log¢
> CHMfactor.c: At top level:
> CHMfactor.c:91: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2¢
> CHMfactor.c:122: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_update¢
> CHMfactor.c:132: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2up¢
> make: *** [CHMfactor.o] Error 1
> ERROR: compilation failed for package 'Matrix'
> ** Removing '/usr/lib/R/library/Matrix'
>
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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