[R] LME: incompatible formulas for groups

[Jan Thiele]

Dear R-Users,

I am currently working with LME to analyse repeated measures data. I encounter a problem when including both a random effect and a correlation structure with different grouping levels into the LME model. The error message is:

Error in lme.formula(diameter ~ flowers*timef + competition*timef + population*timef,  : 
        Incompatible formulas for groups in "random" and "correlation".

The syntax for the model I want to calculate is as follows:

model<- lme(diameter ~ flowers*timef + competition*timef + population*timef, data= Timeseries, 
  random= ~flowers|genotype, 
  weights= varIdent(form= ~1|timef), 
  correlation= corAR1(form= ~time|plantind)  )

The model works when I specify random effects and correlation at the same level of grouping (either genotype or plantind). But this does not make too much sense in this analysis.

The data structure (a subset of the whole data set is listed below):

“timef” is a factor with three levels (time points 1, 2, 3; repeated measures of the same individuals);
"time" is the same variable but in numerical format;
“genotype” is a factor with ca. 300 levels in the whole data set;
“plantind” is a factor with ca. 1200 levels in the whole data set;
“plantind” is nested in “genotype”;
"flowers" and "competition" are numerical variables and "population" is another factor (6 levels).

I have read Pinheiro and Bates (2000) and searched the web and R-help archive. The above mentioned error message appears to occur occasionally, but I could not find an answer how to avoid it.

Has anyone got an idea what the source of error might be in this case? I would be very thankful for any hints.

Regards,
Jan Thiele

University of Copenhagen
Faculty of Life Science
Rolighedsvej 21
1958 Frederiksberg C
Danmark

Subset of the whole data set (csv format):

Nr;diameter;flowers;competition;population;genotype;plantind;time;timef
14;1.05;0;-0.95;Baca;Baca13;14;1;1
1289;1.71;5;-1.29;Baca;Baca13;14;2;2
2546;1.16;0;-2.14;Baca;Baca13;14;3;3
21;0.55;0;-0.45;Baca;Baca12;21;1;1
1296;1.71;0;-1.79;Baca;Baca12;21;2;2
2553;-0.44;0;-2.04;Baca;Baca12;21;3;3
35;0.05;0;0.55;Baca;Baca22;35;1;1
1310;0.21;2;-0.29;Baca;Baca22;35;2;2
2567;0.86;0;0.86;Baca;Baca22;35;3;3
90;-0.95;10;1.05;Deru;Deru13;90;1;1
1364;-1.79;6;1.71;Deru;Deru13;90;2;2
106;0.05;1;0.55;Deru;Deru43;106;1;1
1379;-3.29;11;0.71;Deru;Deru43;106;2;2
120;-1.45;1;0.55;Deru;Deru80;120;1;1
1392;-3.79;0;1.71;Deru;Deru80;120;2;2
133;1.55;0;-0.45;Vejo;Vejo9;133;1;1
1405;2.21;0;-0.29;Vejo;Vejo9;133;2;2
2658;2.66;19;-0.34;Vejo;Vejo9;133;3;3
189;0.58;0;-3.42;Baca;Baca50;189;1;1
1461;1.44;0;-4.06;Baca;Baca50;189;2;2
2714;2.38;0;-5.23;Baca;Baca50;189;3;3
203;1.58;0;-0.42;Bile;Bile10;203;1;1
1475;0.94;0;-0.56;Bile;Bile10;203;2;2
2727;0.28;37;-4.43;Bile;Bile10;203;3;3
211;-0.92;0;-0.92;Bile;Bile2;211;1;1
1483;-1.06;0;-0.56;Bile;Bile2;211;2;2
2735;-0.02;23;3.08;Bile;Bile2;211;3;3
218;-0.42;0;0.58;Bile;Bile19;218;1;1
1489;-0.06;0;0.94;Bile;Bile19;218;2;2
2742;-1.53;1;-0.63;Bile;Bile19;218;3;3
221;-0.42;0;-0.42;Bile;Bile38;221;1;1
1492;0.44;0;0.44;Bile;Bile38;221;2;2
2745;-2.43;0;0.68;Bile;Bile38;221;3;3
240;-0.42;0;0.58;Bile;Bile43;240;1;1
1510;-0.56;0;-0.06;Bile;Bile43;240;2;2
2763;-3.43;2;-0.02;Bile;Bile43;240;3;3
261;0.08;0;2.08;Deru;Deru35;261;1;1
1531;-1.06;0;2.94;Deru;Deru35;261;2;2
2784;-5.03;0;-0.82;Deru;Deru35;261;3;3
264;-0.42;24;0.08;Deru;Deru25;264;1;1
1534;-3.06;3;0.44;Deru;Deru25;264;2;2
2787;-5.23;0;-0.02;Deru;Deru25;264;3;3
272;-2.42;1;0.58;Deru;Deru22;272;1;1
1542;-4.06;0;1.44;Deru;Deru22;272;2;2
2795;-5.23;0;2.78;Deru;Deru22;272;3;3
293;0.08;0;0.58;Vejo;Vejo9;293;1;1
1563;-0.56;0;1.94;Vejo;Vejo9;293;2;2
2815;-1.33;2;4.38;Vejo;Vejo9;293;3;3
308;-3.42;0;0.58;Vejo;Vejo54;308;1;1
1578;-4.06;0;2.44;Vejo;Vejo54;308;2;2
2829;-5.23;0;3.68;Vejo;Vejo54;308;3;3
313;-0.92;10;0.58;Vejo;Vejo27;313;1;1
1583;-1.06;8;1.44;Vejo;Vejo27;313;2;2
2834;-0.82;3;5.28;Vejo;Vejo27;313;3;3
338;-2.04;0;0.46;Baca;Baca27;338;1;1
1608;-3.73;0;1.27;Baca;Baca27;338;2;2
2858;-3.48;0;6.52;Baca;Baca27;338;3;3
340;-0.54;19;0.46;Baca;Baca33;340;1;1
1610;-0.23;8;-0.23;Baca;Baca33;340;2;2
2860;1.52;41;-0.48;Baca;Baca33;340;3;3
359;-0.04;0;2.96;Baca;Baca39;359;1;1
1628;-0.23;11;2.77;Baca;Baca39;359;2;2
2878;-1.48;4;2.52;Baca;Baca39;359;3;3
445;1.46;0;-0.04;Vejo;Vejo8;445;1;1
1711;1.27;2;-0.23;Vejo;Vejo8;445;2;2
2963;0.72;0;-0.98;Vejo;Vejo8;445;3;3
449;-1.04;5;0.96;Vejo;Vejo17;449;1;1
1715;-1.23;17;0.77;Vejo;Vejo17;449;2;2
2967;-2.38;10;-0.28;Vejo;Vejo17;449;3;3
476;-0.54;0;-0.04;Vejo;Vejo25;476;1;1
1742;-0.73;3;-0.23;Vejo;Vejo25;476;2;2
2994;-2.28;9;0.02;Vejo;Vejo25;476;3;3
480;-0.54;0;1.46;Vejo;Vejo21;480;1;1
1746;-0.23;1;1.77;Vejo;Vejo21;480;2;2
2998;-2.28;0;-0.48;Vejo;Vejo21;480;3;3
490;0.3;34;0.3;Baca;Baca10;490;1;1
1756;1.25;5;1.25;Baca;Baca10;490;2;2
3008;3.64;10;0.14;Baca;Baca10;490;3;3
505;-0.2;23;0.3;Baca;Baca32;505;1;1
1771;-0.25;23;0.25;Baca;Baca32;505;2;2
3022;-1.26;16;0.04;Baca;Baca32;505;3;3
518;0.8;29;0.3;Baca;Baca28;518;1;1
1784;1.75;87;1.25;Baca;Baca28;518;2;2
523;0.8;39;0.3;Bile;Bile10;523;1;1
1789;2.25;68;1.75;Bile;Bile10;523;2;2
3039;0.74;33;1.44;Bile;Bile10;523;3;3
525;0.3;24;0.3;Bile;Bile15;525;1;1
1791;-0.25;37;0.25;Bile;Bile15;525;2;2
3041;-0.36;39;0.24;Bile;Bile15;525;3;3
528;0.3;37;-0.2;Bile;Bile27;528;1;1
1794;0.25;52;-0.75;Bile;Bile27;528;2;2
3044;-1.76;35;-0.96;Bile;Bile27;528;3;3
529;0.8;42;0.3;Bile;Bile28;529;1;1
1795;0.25;74;-0.25;Bile;Bile28;529;2;2
3045;0.24;30;-0.56;Bile;Bile28;529;3;3
534;-0.7;19;1.3;Bile;Bile7;534;1;1
1800;-3.25;14;2.75;Bile;Bile7;534;2;2
3050;-3.76;0;3.14;Bile;Bile7;534;3;3
568;0.3;24;0.3;Deru;Deru74;568;1;1
1834;-3.25;0;1.25;Deru;Deru74;568;2;2
3084;-3.76;0;1.24;Deru;Deru74;568;3;3
581;0.3;38;0.8;Deru;Deru35;581;1;1
1847;-0.75;6;0.75;Deru;Deru35;581;2;2
3097;-3.26;2;1.24;Deru;Deru35;581;3;3
595;0.3;17;0.8;Deru;Deru28;595;1;1
1861;0.25;5;0.25;Deru;Deru28;595;2;2
3111;-2.16;18;-1.26;Deru;Deru28;595;3;3
596;-1.2;3;1.3;Deru;Deru29;596;1;1
1862;-2.25;2;0.75;Deru;Deru29;596;2;2
3112;-3.76;0;-0.26;Deru;Deru29;596;3;3
612;-0.7;24;0.8;Vejo;Vejo7;612;1;1
1878;-0.75;8;1.25;Vejo;Vejo7;612;2;2
3128;-0.36;22;2.44;Vejo;Vejo7;612;3;3
626;-0.2;33;-0.2;Vejo;Vejo34;626;1;1
1891;0.25;27;-0.25;Vejo;Vejo34;626;2;2
3142;0.64;21;1.14;Vejo;Vejo34;626;3;3
677;0.55;0;-0.45;Sisu;Sisu50;677;1;1
1942;-0.29;0;-0.29;Sisu;Sisu50;677;2;2
3193;-1.94;0;-1.04;Sisu;Sisu50;677;3;3
729;-0.95;0;-0.45;Bolu;Bolu48;729;1;1
1993;-0.29;0;-1.29;Bolu;Bolu48;729;2;2
3245;8.16;0;-4.34;Bolu;Bolu48;729;3;3
764;-0.95;0;-1.45;Bolu;Bolu63;766;1;1
3275;0.66;17;-0.34;Bolu;Bolu63;766;3;3
832;-0.42;0;0.08;Sisu;Sisu32;834;1;1
2093;-0.06;0;0.44;Sisu;Sisu32;834;2;2
3343;0.68;0;1.58;Sisu;Sisu32;834;3;3
839;-0.42;0;2.58;Bolu;Bolu21;841;1;1
2100;-0.06;0;2.94;Bolu;Bolu21;841;2;2
869;1.08;0;0.58;Sisu;Sisu16;871;1;1
2128;0.44;0;0.44;Sisu;Sisu16;871;2;2
3379;-0.43;38;0.08;Sisu;Sisu16;871;3;3
878;0.58;0;-0.42;Sisu;Sisu30;880;1;1
2137;-0.06;0;-0.56;Sisu;Sisu30;880;2;2
3387;-0.02;4;-3.43;Sisu;Sisu30;880;3;3
899;2.08;0;0.08;Sisu;Sisu36;901;1;1
2158;2.94;0;-1.06;Sisu;Sisu36;901;2;2
3406;-0.82;24;-5.03;Sisu;Sisu36;901;3;3
960;-0.04;0;0.96;Bolu;Bolu4;962;1;1
2219;-1.23;0;0.77;Bolu;Bolu4;962;2;2
3463;-3.48;1;0.52;Bolu;Bolu4;962;3;3
966;0.46;0;0.46;Bolu;Bolu25;968;1;1
2225;0.77;0;0.27;Bolu;Bolu25;968;2;2
3469;-1.48;0;3.52;Bolu;Bolu25;968;3;3
967;0.46;0;0.96;Bolu;Bolu28;969;1;1
2226;0.27;0;2.27;Bolu;Bolu28;969;2;2
3470;-1.98;1;9.52;Bolu;Bolu28;969;3;3
1008;0.46;0;-0.04;Bolu;Bolu50;1010;1;1
2266;0.77;2;-1.23;Bolu;Bolu50;1010;2;2
3510;0.62;0;-1.38;Bolu;Bolu50;1010;3;3
1034;0.46;3;0.46;Sisu;Sisu25;1036;1;1
2292;1.27;5;0.77;Sisu;Sisu25;1036;2;2
3536;1.82;13;0.02;Sisu;Sisu25;1036;3;3
1041;-0.54;0;0.96;Bolu;Bolu17;1043;1;1
2299;1.27;7;0.27;Bolu;Bolu17;1043;2;2
3543;2.32;17;-3.38;Bolu;Bolu17;1043;3;3
1054;0.46;0;-0.54;Bolu;Bolu67;1056;1;1
2312;2.27;2;-1.23;Bolu;Bolu67;1056;2;2
3555;2.62;0;-3.48;Bolu;Bolu67;1056;3;3
1077;-1.04;0;0.96;Sisu;Sisu47;1079;1;1
2333;-0.73;1;-0.73;Sisu;Sisu47;1079;2;2
3578;1.32;3;-3.48;Sisu;Sisu47;1079;3;3
1078;1.46;0;-1.54;Sisu;Sisu71;1080;1;1
2334;2.27;6;-3.23;Sisu;Sisu71;1080;2;2
3579;2.92;0;-3.48;Sisu;Sisu71;1080;3;3
1231;1.3;43;-1.2;Sisu;Sisu44;1236;1;1
2489;0.75;6;-2.25;Sisu;Sisu44;1236;2;2
3733;-0.26;30;-3.76;Sisu;Sisu44;1236;3;3
1242;0.3;17;-0.2;Bolu;Bolu76;1247;1;1
2500;1.75;13;0.25;Bolu;Bolu76;1247;2;2
3744;2.04;3;1.04;Bolu;Bolu76;1247;3;3
1271;-0.2;26;-0.2;Sisu;Sisu72;1276;1;1
2528;0.25;41;0.25;Sisu;Sisu72;1276;2;2
3773;1.64;24;0.84;Sisu;Sisu72;1276;3;3