[R] How to plot Contour with NA in dataframe

[Duncan Murdoch]

WeiQiang.Li at seagate.com wrote:
> Dear friends,
> 
>         I am trying to produce Contour Plot with R, but there are some NA 
> in my data matrix. After I ran the following R script, I got the error 
> message:"no proper `z' matrix specified". Does anybody know how to plot 
> contour chart with R for the non-strict matrix?
> 
>         Thank you in advance!!!
> 
> 
> 
> myData<-read.table('C:/MyDoc/TestData.txt',sep=',')
> x <- 10*1:nrow(myData)
> y <- 10*1:ncol(myData)
> filled.contour(x, y, myData, color = terrain.colors,
>     plot.title = title(main = "The Topography of Maunga Whau",
>     xlab = "Meters North", ylab = "Meters West"),
>     plot.axes = { axis(1, seq(100, 800, by = 100))
>                   axis(2, seq(100, 600, by = 100)) },
>     key.title = title(main="Height\n(meters)"),
>     key.axes = axis(4, seq(4, 8, by = 1)))
> 
> 
> 
> C:/myDoc/TestData.txt  is shown as below:
> 
> 4.95,,5.6250,5.66666666666666666667,5.90,5.80,5.50,5.70,5.0250,5.90,5.7250,5.75,5.70,5.30,,6,5.50,5.65,,5.7750,5.70,4.90,6.05,,5.4750,5.85,5.55,,,5.8250,5.65,5.75,,5.5750,5.4750,5.3750,5.8750,5.9250,5.55,6.3750,5.70,5.78333333333333333333,,5.55,,,,,
> ,5.5250,4.85,,,,6.15,5.86666666666666666667,,5.20,5.5750,5.74,5.76666666666666666667,6.73333333333333333333,6.05,5.88333333333333333333,5.80,5.8750,,6.15,,5.6250,5.5375,5.65,6,5.8250,5.55,5.85,5.65,5.89,6.15,5.60,,5.65,5.7250,,5.25,6.25,,5.56666666666666666667,5.9750,6.0250,,,6.35,,,,
> 5.45,,6.30,5.71666666666666666667,,5.50,6.05,5.83333333333333333333,5.58333333333333333333,5.6250,5.70,5.9250,5.7750,6.20,5.53333333333333333333,5.6625,5.40,5.75,,6,5.53333333333333333333,,5.6250,5.55,5.65,5.55,5.70,,6.15,5.90,5.71666666666666666667,6.11666666666666666667,5.15,6.10,5.4750,,5.75,5.45,5.95,,5.95,5.36666666666666666667,,,,6.15,,,
> ,5.7250,5.75,6,,,5.65,,6.30,5.65,,5.4750,5.60,5.41666666666666666667,5.8250,,,6.25,6.30,,5.60,6.15,6.10,5.85,,5.8750,5.65,5.9750,5.80,5.65,5.90,6.15,5.56666666666666666667,5.75,,,6,5.85,5.75,5.7250,5.75,,,,,,,,
> 5.75,,6.11666666666666666667,,5.3250,,5.91666666666666666667,5.55,,6.05,5.70,5.7250,5.50,6.15,5.40,5.40,5.40,5.70,5.4250,5.7250,5.45,,,5.85,5.85,5.7750,5.8750,5.25,5.45,5.75,5.70,5.65,5.4750,5.7250,5.70,6.10,6.05,5.6875,5.60,,5.80,,,5.65,,,,,
> 5.6250,6.25,5.60,5.90,6.0750,5.80,5.45,,,,,5.60,5.50,,,,,5.7375,5.60,6,5.96666666666666666667,5.68333333333333333333,5.90,5.83333333333333333333,5.6750,,5.6750,5.7250,5.68333333333333333333,5.63333333333333333333,5.65,6.05,,5.57,5.75,5.2750,5.50,,5.6750,5.85,5.6750,6.35,,,,,,5.35,
> ,5.20,,5.58333333333333333333,5.83333333333333333333,5.9250,5.7750,5.66666666666666666667,5.85,5.95,,6.35,5.55,5.3750,,6.30,5.15,5.40,5.55,,5.75,5.45,6.60,,5.45,5.25,,5.25,5.80,5.45,4.80,,5.4250,5.7750,5.15,5.55,5.35,,5.85,5.76666666666666666667,,,,,,,5.60,,
> ,,,5.15,,6.05,5.43333333333333333333,5.70,,5.75,6.05,5.15,5.75,5.60,,6.1750,,6.05,,,,5.5625,5.41666666666666666667,,5.6250,5.50,5.90,5.95,5.90,6.0250,5.96666666666666666667,6,5.70,6,5.90,6,5.55,5.81666666666666666667,5.7750,5.30,,5.7750,,,,5.40,,,
> ,6.06666666666666666667,5.45,5.60,5.55,5.95,5.8750,5.8750,5.80,5.91666666666666666667,,,,5.85,5.75,5.51666666666666666667,,5.8750,,5.45,6.0250,,5.80,5.9375,5.7750,5.51666666666666666667,,5.8750,5.60,5.8625,5.63333333333333333333,,5.50,5.2625,5.65,,5.30,5.35,,5.7250,,5.83333333333333333333,5.85,5.70,,5.30,,,
> 5.7750,6,5.55,,5.45,5.4125,5.99166666666666666667,5.50,5.65,5.9750,,,5.76666666666666666667,5.83333333333333333333,5.79,5.85,,5.90,5.98333333333333333333,6.05,,6.3250,6.0750,,5.25,5.85,6.20,,5.45,,,5.65,5.7250,5.9250,6.50,5.35,5.95,,5.88333333333333333333,5.80,5.95,5.60,5.75,,5.90,6.45,,,
> 5.68333333333333333333,5.60,,5.55,5.1250,,6.05,5.75,5.75,5.68333333333333333333,6,5.55,6.15,5.45,5.70,6.1250,5.67,5.75,5.55,5.35,5.55,5.9750,5.80,5.60,5.9125,5.9375,5.25,5.85,5.4375,6.10,5.55,,,5.61666666666666666667,5.61666666666666666667,5.25,6.25,6.1750,5.85,5.5375,5.8250,6.03,,,,6.10,,,
> 5.95,5.46666666666666666667,6.45,5.7375,,5.55,5.66666666666666666667,5.70,,5.7750,5.50,5.65,5.90,5.8750,5.9750,6,5.6750,,5.81666666666666666667,,5.50,5.4250,5.65,6,6.1250,5.25,5.90,5.6875,5.6250,,6.2750,6.15,5.7750,5.9250,5.20,5.57,5.92,,5.35,,5.45,5.40,,,,,,,
> 5.65,4.95,5.70,,5.91666666666666666667,5.3750,5.3750,5.45,5.61666666666666666667,6.0250,5.8750,5.55,5.85,6.28333333333333333333,5.9125,5.55,7.85,5.50,6,,5.53,5.35,5.8250,5.75,5.90,5.71666666666666666667,5.70,5.90,5.4250,5.4750,5.93333333333333333333,5.95,5.9750,5.45,5.53333333333333333333,6.21666666666666666667,5.20,5.10,,5.37,5.7250,5.51666666666666666667,,,,,,,
> 5.76666666666666666667,5.65,5.95,,5.95,5.10,5.60,5.70,5.80,5.5625,6.10,5.45,5.5250,,5.6375,6.20,,5.60,5.3750,,5.95,5.5250,5.35,5.70,5.4250,5.75,5.0750,5.60,5.78333333333333333333,5.50,5.4250,5.85,6.05,5.05,5.7750,,6.20,6.40,5.35,5.6250,5.65,5.75,,,,5.50,,4.80,
> 5.9250,5.15,6.0250,5.15,5.40,,6,,,5.8750,,6.10,,5.6750,5.8750,,6.15,6.30,5.80,5.96666666666666666667,5.95,5.90,5.50,5.81666666666666666667,5.60,6.0750,5.10,4.95,5.95,5.35,,5.70,6.05,5.7750,5.7250,5.35,5.8250,5.55,5.76666666666666666667,7.65,5.75,5.8250,,,5.40,,,,
> 6.25,5.90,5.7250,5.85,5.85,5.50,6.65,5.0750,6.0250,5.98333333333333333333,,5.38333333333333333333,5.7750,5.5250,5.55,6,5.6250,5.75833333333333333333,5.2750,5.8750,5.71666666666666666667,5.48333333333333333333,,,,,5.45,6,5.65,5.15,5.66666666666666666667,5,5.9750,5.5750,,5.10,5.51666666666666666667,5.8250,6.03333333333333333333,,,5.55,,6.20,5.40,,,5.55,
> ,,5.5750,,5.5250,6.20,5.7750,5.80,5.56666666666666666667,6.35,6.05,,5.8250,6.05,6.45,5.65,,5.7250,5.65,,6.0750,5.30,5.88333333333333333333,6.0250,6.15,5.45,,5.20,6.25,,,5.61666666666666666667,5.93333333333333333333,6.06666666666666666667,5.6125,5.70833333333333333333,6.45,5.90,5.85,5.7250,5.40,,,,,,,,
> 5.70,5.55,5.55,5.75,5.60,5.75,5.75,6.2750,5.85,5.80,5.90,6.40,,5.20,6.10,5.5750,5.25,,5.4750,5.45,6.1250,,,5.90,6.0750,5.8250,5.85,5.28333333333333333333,5.7250,5.86666666666666666667,5.50,5.7750,5.85,5.5625,5.90,5.10,5.85,6.2250,5.75,5.75,5.6750,5.20,,,,,,,
> ,5.73333333333333333333,5.75,,5.8250,5.75,5.40,5.60,6.18333333333333333333,5.70,5.95,,5.55,,5.58333333333333333333,6,,5.15,5.75,,5.70,5.81666666666666666667,5.80,6.45,5.2750,5.65,5.50,5.45,6.20,5.85,5.60,5.88333333333333333333,5.95,5.70,,,6.01666666666666666667,,,,5.15,5.8250,,,,,,,
> 6.30,5.85,,,5.5250,5.65,5.50,6.55,5.4750,,5.25,5.95,5.3750,6.15,5.68333333333333333333,5,5.35,5.59,5.4750,5.5750,5.75,,6.45,,5.65,5.7750,5.76666666666666666667,,5.65,5.7750,,5.55,5.85,5.85,5.65,5.2750,5.70,5.71666666666666666667,5.7750,6.70,5.61666666666666666667,,,,,,,,
> 5.60,5.9750,5.95,5.8750,5.55,6.20,5.30,5.50,6.20,,6.15,5.40,5.65,5.96666666666666666667,5.50,,5.60,6.25,5.25,6.35,,5.65,5.90,5.60,5.8750,,6,5.95,5.70,5.70,5.8750,,5.85,5.30,5.90,5.3750,6.0750,6.05,5.50,,5.25,6.20,,,,,,,
> 5.65,5.50,5.55,5.75,5.9750,5.33,6,5.7750,6.2250,5.50,5.20,5.30,6.0250,5.93333333333333333333,6.30,5.86666666666666666667,,5.30,5.95,6.0125,5.80,5.45,5.25,,,5.5375,5.85,,5.51666666666666666667,,5.85,5.50,5.50,5.25,5.70,5.70,5.80,,,5.45,5.9875,,,6.25,,,,,
> 6,,5.55,5.40,6.10,6.05,,5.3750,5.65,5.70,5.7750,6.05,5.50,5.61666666666666666667,5.43333333333333333333,5.6875,,5.6750,5.95,,,5.5250,5.6750,5.85,5.9250,5.80,5.95,5.60,5.80,5.66666666666666666667,,6,5.7250,5.50,5.65,6.05,6.01666666666666666667,6.05,6.20,6.10,,6.15,,,,,,,
> ,5.6875,6,5.55,,5.7250,5.55,5.60,5.65,5.56666666666666666667,5.99,5.10,5.9750,,5.9750,5.30,5.9250,9.70,5.60,6.40,6.15,6.1250,6.10,5.80,5.80,,5.60,,5.50,,5.95,5.7750,5.65,,,5.70,,5.98333333333333333333,,,5.95,5.66666666666666666667,,,,,,, 

Your problem isn't the NA values, it's the fact that the contour 
functions want a matrix, and you're passing a data.frame.  If you use 
as.matrix on it, it converts to character mode, presumably because your 
last column is entirely missing (so is read as mode logical, not numeric).

Use this massaging on it and the plot will work:

  myData <- as.matrix(as.data.frame(lapply(myData,as.numeric)))

Duncan Murdoch