Hola,

Hay una librería que trata de esto:

overlap <http://cran.at.r-project.org/web/packages/overlap/index.html>Estimates
of coefficient of overlapping for animal activity patterns

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es




El 16 de septiembre de 2013 10:42, Ángel <setecaelacara@yahoo.es> escribió:

> Muchísimas gracias Carlos.
>
> La he probado simulando datos con solapamiento conocido y va como un tiro!
>
> Saludos
>
> Angel
>
>
>
>
> Sent from Samsung tabletCarlos Pérez Carmona <carlos.perez@uam.es>
> wrote:Hola Ángel,
>
> Nosotros creamos recientemente una función para calcular el overlap entre
> distintos caracteres de especies de plantas o animales. La función (trova)
> puedes encontrarla aquí:
>
> http://www.butbn.cas.cz/francesco/Webpage/R_Functions.html
>
> Y la parte de la misma que sirve para calcular el solapamiento de dos
> funciones de densidad (que creo que es lo que quieres hacer), es esta:
>
> kernel.dist<-function(sp1,sp2)  {
>   n.obs<-c(length(sp1),length(sp2))
>   sdevs<-c(sd(sp1,na.rm=TRUE),sd(sp2,na.rm=TRUE))
>   means<-c(mean(sp1,na.rm=TRUE),mean(sp2,na.rm=TRUE))
>   h<-1.06*sdevs*(n.obs^-0.2)
>
>
> range_sp<-range(c(means[1]+5*sdevs[1],means[1]-5*sdevs[1],means[2]+5*sdevs[2
> ],means[2]-5*sdevs[2]))
>   length.grad<-seq(range_sp[1],range_sp[2],length.out=128)
>   pdf_x<-density(sp1,
>
> bw=h[1],kernel="gaussian",from=range_sp[1],to=range_sp[2],n=128,na.rm=TRUE)$
> x
>   pdf_sp1<-density(sp1,
>
> bw=h[1],kernel="gaussian",from=range_sp[1],to=range_sp[2],n=128,na.rm=TRUE)$
> y
>   pdf_sp2<-density(sp2,
>
> bw=h[2],kernel="gaussian",from=range_sp[1],to=range_sp[2],n=128,na.rm=TRUE)$
> y
>   overlapped<-apply(cbind(pdf_sp1,pdf_sp2), 1, min)
>   overlapped.curve<-splinefun(x=length.grad, y=overlapped)
>
>
> overlap<-integrate(overlapped.curve,range_sp[1],range_sp[2],subdivisions=128
> )$value
>   return(overlap)
> }
>
> Suerte!
>
> Carlos
>
>
>
>
> -----Mensaje original-----
> De: Ángel [mailto:setecaelacara@yahoo.es]
> Enviado el: lunes, 16 de septiembre de 2013 0:04
> Para: r-help-es@r-project.org
> Asunto: [R-es] Solapamiento de funciones de densidad
>
>
> Hola a todos.
> Estoy interesado en obtener el grado de solapamiento de dos parametros
> obtenidos a partir de una MCMC.
> La gente que he consultado realiza inspecciones visuales (graficando ambas
> funciones de densidad Â de los valores obtenidos y viendo si hay mucho o
> poco solapamiento), pero me gustarÃ­a incluirlo en una serie de
> simulaciones
> con lo que no podrÃ­a realizarlas.
>
> Conoceia alguna manera de, con los valores numÃ©ricos obtenidos a partir de
> la MCMC, llegar a un resultado tal que muestre el porcentaje de
> solapamiento
> entre las diatribuciones de densidad de ambos parÃ¡metros? Â (Algo asÃ­
> como
> 68%, 75% etc).
>
> Saludos y gracias por adelantado!
>
>
>
>
> Sent from Samsung tablet
>
>
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>


-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

	[[alternative HTML version deleted]]

