Hola,
 
Si, lo eh pensado pero no eh tenido tiempo de ondar y tengo que profundisar en la biologia y en el procediminto del monitoreo. Dado que todos los años se muestera la misma estacion talvez habria que utilizar un glmm en vez de glm...
En realidad lo que estoy aplicando es el modelo de Hurdle, pero haciendolo en dos partes separadas ya que primero analizo la possiblidad que hay de encontrar hembras con malformaciones ( o sea que tienen uno o mas embryones malformados) y luego analizo la frecuencia en esas hembras por separado. Primero aplico un modelo binomial y luego un truncado con familia poisson negativa ya que hay gran dispersion.
 
Gracias por el enlace, lo voy a vichar ahora.
 
Saludos,
Matias
 
Date: Wed, 12 Jun 2013 12:19:00 +0200
From: canadasreche@gmail.com
To: matutetote@hotmail.com
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm


  
    
  
  
    Hola.

    

    ¿Has pensado en la alternativa de utilizar modelos mixtos?

    Hace poco hice un curso de modelos mixtos con R y quizá se pueda
    aplicar esa perspectiva a tu caso. 

    

    Te pongo enlace 

http://luiscayuela.blogspot.com.es/2012/07/material-cursos-de-r-para-modelos.html

    

    En el menú de la derecha viene un documento 5.Modelos lineales
    mixtos, dónde el profesor explica los modelos mixtos.

    

    Al final de los apuntes, vienen enlaces a wikis dónde se resuelven
    algunos casos de estudio. 

    Espero que te ayude.

    

    Saludos

    El 12/06/13 11:41, Matias Ledesma
      escribió:

    
    
       
From: matutetote@hotmail.com
To: javier.ruben.marcuzzi@gmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: RE: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
Date: Wed, 12 Jun 2013 07:24:13 +0000




Estimado Javier,
 
Gracias por tus comentarios.
 
Si, puede ser que me haya expresado en forma incorrecta. Mi idea fue tratar de ser lo mas conciso posible y limitarme al problema estadistico que tengo, por lo cual obvie mucha informacion.
La data proviene de un monitoreo que se hace en el Mar Baltico anulamente hace mas de 20 a�os, debido a que la poblacion a decendido drasticamente en los ultimos a�os no se puede seguir utilizando el mismo procedimiento el cual se basaba en x numero de replicas por estacion del cual se extraia un valor medio. 
A lo que me referia con valor medio y intervalo de confianza es por que lo que se busca es tener un valor el cual pueda ser comparable. Si tengo un valor unico es muy dificil compararlo con otras estaciones y sacar conclusions. 
Llevamos ya un tiempo con este dilema de individuo o poblacion.
Adjunto un articulo donde explica un poco mas lo de las malformaciones por si te interesa. http://www.ices.dk/sites/pub/Publication Reports/Techniques in Marine Environmental Sciences (TIMES)/times41/TIMES41.pdf
 
Lo de epidemiologia es un paquete de R?
 
Saludos,
Matias
 
 
 
 
 
 

 

      
        From: javier.ruben.marcuzzi@gmail.com
To: jorgeivanvelez@gmail.com; matutetote@hotmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
Date: Tue, 11 Jun 2013 12:37:33 -0300

Estimado Mat�as Ledesma

Le� en la lista lo que usted desea realizar, en la misma expresa:

La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo de confianza 
por estaci�n de la frecuencia de malformaciones por individuo.

Creo que se expreso en forma incorrecta, yo no se cu�l es su estudio, yo no 
soy estad�stico, soy veterinario, pero lo que usted expresa en su idea, 
aunque en t�rminos computacionales (la computadora calcula cualquier cosa) 
pueda calcularse en t�rminos biol�gicos es sin importancia. Me refiero 
espec�ficamente a malformaciones por individuo, hay animales que pueden 
tener m�s de una malformaci�n (creo que se refiere a cong�nito), pero son 
muchos m�s los que solo tienen una patolog�a del desarrollo, y m�s a�n los 
que carecen de estas.

Puede ser que la referencias de R sobre epidemiolog�a aporten algo a lo que 
usted necesita, trabajar por poblaciones y no por individuo. Tenga en cuenta 
que en el caso de haber m�s de una patolog�a, puede ser que est�n 
relacionadas desde la patolog�a o no, si bien usted habla de malformaciones 
en embriones, �en que estado embrionario y clasificaci�n?, porque puede ser 
que utilicen el t�rmino malformaci�n como clasificaci�n y no como cong�nito 
(patol�gico), aunque este desarrollo embrionario es cong�nito porque se 
desarrolla luego de la fecundaci�n, y en esos casos ser�a oportuno definir 
correctamente en t�rminos m�dicos referidos a la etapa embrionaria antes de 
procesar en R y tener que regresar para corregir algo.

Usted nombra que hay varios factores, por ejemplo si hay contaminaci�n tenga 
en cuenta la idiosincrasia, es decir, no todos tienen porqu� responder de la 
misma manera, usted dice por individuo, yo preferir�a que piense en 
poblaciones y en ese caso R podr�a aportar a la ciencia, aunque ser�a bueno 
estudiar por individuo pero es "complicado".


Javier Marcuzzi


-----Original Message----- 
From: Jorge I Velez
Sent: Tuesday, June 11, 2013 11:08 AM
To: Matias Ledesma
Cc: R-help-es
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm

Estimado Matias,

Reenvio a la lista.  Es tarde aqui y hay que descansar.  Quizas alguien en
otra parte del mundo pueda darte una mano.  En unas horas te envio mi
opinion.

Saludos,
Jorge.-


2013/6/11 Matias Ledesma <>


        
           Hola Jorge,

Muchas gracias por las referencias, ya consegui el libro asi que me voy
aponer a leerlo aver si encuentro una solucion.

La data que estoy analizando es parte de un programa de monitoreo anual
donde se ve los efectos de la contaminacion marina mediante la utilizacion
de un crustaceo como bioindicador.

La variable a analizar es la malformacion de embryones en este individuo y
las variables independientes son a�o, estacion, cantidad total de 
embryones
por individuo y estadio en que se encuentra el embryon.

Hay gran variabilidad en la data debido a que las malformaciones dependen
de muchos factores, ademas el numero de individuos por estacion varia 
mucho
al igual que el numero de embryones. Por esta razon se utiliza la
frequencia. La idea del estudio es mostrar un valor medio con un intervalo
de confinza por estacion de la frequencia de malformaciones por individo.

El tama�o de efecto que busco es de 80 % con una siginficancia de 5%

En cuanto a lo del model, estoy entre dos opciones. La razon por la cual
pensee en un modelo negativo binomial es por que la data tiene gran
varianza (overdispers), la otra solucion que me han recomendado es
transformrar  (boxcox) la variable dependiente y luego aplicar glm con una
funcion normal y link= log.

Mi pregunta hacerca de la funcion offset era si para este caso en el cual
la variable independiente es una fraccion es valido. En mixed
effects models and extension in R (pag. 240) hay un caso similar en el que
se utilizan el numero de ind por volumen (
L0<-glm(ind~offset(LVol)+fStation,family=poisson,data=Lice). Pero no estoy
seguro de que sea lo mismo dado que lo mio es una freq?

Saludos,
Matias



------------------------------
From: jorgeivanvelez@gmail.com
Date: Tue, 11 Jun 2013 18:40:03 +1000
Subject: Re: [R-es] calculo de poder estadistico en glm
To: matutetote@hotmail.com
CC: r-help-es@r-project.org


Hola Matias,

Que tipo de GLM estas usando?  Cuantas variables explicativas?  Que tama�o
de efecto te interesa detectar?

Una forma de realizar el analisis de potencia es via simulacion.  Dale una
mirada a
http://r.789695.n4.nabble.com/a-priori-power-analysis-for-glm-family-poisson-td4659163.htmly 
en especial a la referencia que alli aparece.  El paquete asypow tambien
puede servirte.

En cuanto a tu 2a pregunta, en mi opinion, lo que necesitas es un modelo
logistico, no un modelo binomial negativo. En
http://ww2.coastal.edu/kingw/statistics/R-tutorials/logistic.html hay un
ejemplo parecido a lo que planteas.

Saludos,
Jorge.-


2013/6/11 Matias Ledesma <matutetote@hotmail.com>

Hola,

Estoy tratando de calcular el poder estadistico de un GLM en R, programas
estadisticos como SPSS lo puede calcular pero no eh encotrado nada sobre 
R.
Alguien tiene alguna idea o sabe de literatura donde pueda encontrar 
ayuda?

Luego tengo otra pregunta mas bien teorica sobre la funcion offset
utilizada en negative poisson, por lo que eh entendido esta funcion
posibilita trabajar con fracciones a pesar de que la distribucion poisson
solo sea para enteros positivos. Mi duda es si esto es realmente asi, lo
que eh leido a sido en internet. Eh buscado en libros como Zuur 2007 y
Hilbe 2007 sin encontrar nada.

modelA1F<-glm.nb(Tot.dameggs~STATN+YEAR+offset(log(FECUND)))

freq=(Tot.dameggs/FECUND)

Tot.dameggs= cantidad de huevos da�ados por individuo
FECUND=cantidad total de huevos por individuo
STATN= estacion

YEAR= a�o

Muchas gracias,
Matias




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