Muchas gracias por el ejemplo, Jose Miguel.  Muy claro lo que intentas
hacer.  Por ahora lo reenvio a la lista para que alguno de los otros
miembros pueda ayudarte.  Yo podre hacerlo, pero seria en un par de horas.
Ya es tarde aqui.  Saludos.  --JIV


2013/4/4 José Miguel Torregrosa Díaz <>

> Hola Jorge.
>
> No hay problema. Tomemos como ejemplo el sample data "pbc", del paquete
> survival (es el mismo en el que yo me he fijado y que esta en el ejemplo
> del paquete). Seleccionando solo los 100 primeros casos de las variables
> que nos interesen para nuestro score pronóstico, que aquí separa en el
> subset D. La idea es evaluar cómo es el IDI tras añadir la bilirrubina
> (aquí codificada como "bili"). Las dos primeras variables son el tiempo
> hasta evento y la variable endpoint respectivamente.
>
> D=subset(pbc,
> select=c("time","status","age","albumin","edema","protime","bili"))
> D$status=as.numeric(D$status==2)
> D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)
> mydata=D[1:100,]
>
> #tras seleccionar los casos, crea los argumentos uno a uno:
> t0=365*5
> indata1=mydata;
> indata0=mydata[,-7] ; n=nrow(D) ;
> covs1<-as.matrix(indata1[,c(-1,-2)])
> covs0<-as.matrix(indata0[,c(-1,-2)])
>
> #ahora aplica el comando IDI.INF asociado a un objeto (x) para calcular el
> IDI (además de otros como el NRI, pero no es el caso de mi trabajo)
> x<-IDI.INF(mydata[,1:2], covs0, covs1, t0, npert=200) ;
>
> #y le pido que muestre el output:
> IDI.INF.OUT(x) ;
>
> que es:
>
>     Est. Lower Upper
> M1 0.073 0.016 0.137
> M2 0.444 0.192 0.673
> M3 0.042 0.005 0.110
>
> M1 corresponde al valor del IDI, con su intervalo de confianza. Misma
> situación con M2, que es el NRI y con M3 que es la mediana de incremento
> del riesgo en la escala.
>
> Mi interés en este parámetro es saber que mejora la capacidad
> discrimatoria del score, por tanto aumenta el IDI, al añadir un parámetro,
> lo que intuyo que es como querer comparar los valores de IDI con y sin la
> nueva variable. Ese contraste me daría un p-valor, que no obtengo en el
> output de la función de este paquete.
>
> No se si me estoy consiguiendo explicar con toda la claridad que me
> gustaría. No llevo mucho con R y puede que no me haga entender. Sin duda
> responderé a todas las dudas que tengais.
>
> Muchas Gracias
>
> Jose Miguel
>
>
>
>
> El 4 de abril de 2013 14:32, Jorge I Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>escribió:
>
> Hola Jose Miguel,
>>
>> Podrias enviarnos un ejemplo de lo que intentas hacer, quizas con datos
>> ficticios?  Lo primero que se me ocurre es que podrias usar bootstrap.
>>
>> Un saludo,
>> Jorge.-
>>
>>
>> 2013/4/4 José Miguel Torregrosa Díaz <>
>>
>>>  Hola, me gustaría hacer una consulta, pues estoy intentando calcular el
>>> Indice de Discriminación Integrado a una escala para ver si éste mejora
>>> al
>>> añadir un parámetro. Lo estoy haciendo con el paquete survIDINRI (no se
>>> si
>>> hay otro paquete que lo pueda hacer). Lo que consigo con esto es el valor
>>> del IDI y su intervalo de confianza, pero me haría falta calcular el
>>> p-valor. Creo que se podría hacer con un contraste de medias simple pero
>>> R
>>> no me da los valores intermedios del cálculo del IDI así que... Si
>>> alguien
>>> puede ayudar estare muy agradecido.
>>>
>>> Gracias de antemano
>>>
>>> --
>>> Jose Miguel Torregrosa
>>>
>>>         [[alternative HTML version deleted]]
>>>
>>>
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>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es@r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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	[[alternative HTML version deleted]]

