   Sí claro, gracias por los datos, intentaré con ellos y otros que he
estado trabajando. Seguramente pensaste que había abandonado un poco el
tema, pero es sólo momentaneamente hasta mañana, porque debo enfocarme en
otro aspecto por ahora. Sin embargo, me he fiajdo que en su momento pasé el
archivo de pedigree por otro paquete el "synbreed", que me lo ordenaba
(aparentemente) y luego lo ingresaba al pedigree del paquete pedigreemm,
debido a que no lograba cargarlo sin error y puede que en ese punto este
cometiendo alguna falta al generar el pedigree, aunque por los resultados
que te comenté, son acordes a otros que había obtenido previamente con
otros programas, por lo tanto estaría bien generado.

   He revisado en todo este tiempo varios paquetes del R en este tema y
hasta ahora el que más conforme me ha dejado es el pedigreemm. Otro punto
que puede estar generando problema es que utilizo individuos que actúan
como padre y madre a la vez, porque yo trabajo con árboles y puede que ese
factor induzca al error, por lo que hay varios aspectos que debo chequear y
que después podré compartir al evaluarlos mejor. Además en ocasiones me
generaba este error:

 Error en function (fr, FL, start, REML, verbose)  :
 Number of levels of a grouping factor for the random effects
 must be less than the number of observations

   Error que se supone debe ser solucionado al ingresar la matriz de
parentesco y por todas estas razones en cuanto logré algo más concreto te
comento. Saludos y nuevamente muy agradecido de tú interés de colaborarme
estimado Javier.

Felipe

El 12 de marzo de 2013 13:41, Marcuzzi, Javier Ruben <
javier.ruben.marcuzzi@gmail.com> escribió:

> Estimado Felipe Vargas
>
> Si quieres probar distintas formas de pedigree, con pedigreemm, estos
> datos son pocos pero válidos como para intentar "jugar" y ver que pasa
> al extraer los valores genéticos.
>
> require(stats); require(graphics)
> boxplot(weight ~ feed, data = chickwts, col = "lightgray",
>     varwidth = TRUE, notch = TRUE, main = "chickwt data",
>     ylab = "Weight at six weeks (gm)")
> anova(fm1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts))
>
> Javier Marcuzzi
>
> On lun, 2013-03-11 at 22:31 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
> >    Claro estimado Javier, no hay problema. Me basaré en un ejemplo del
> > libro de Mrode y enviaré un detalle del mismo. Saludos
> >
> > Felipe
> >
> > El 11 de marzo de 2013 22:15, Marcuzzi, Javier Ruben
> > <javier.ruben.marcuzzi@gmail.com> escribió:
> >         Estimado Felipe
> >
> >         Si me lo permite puede realizar una prueba, invente un
> >         pedigree con
> >         cuantro o cinco individuos, algunos datos para el modelo, y
> >         corra
> >         pedigreemm, el resultado no tiene valor alguno como para
> >         prestarle
> >         atención, pero al ser muy pocos puede visualizar si aparecen
> >         los
> >         resultados en las pruebas, es algo que yo realizaba para
> >         aprender.
> >
> >         En este momento busque mis pruebas de pedigreemm, pero las
> >         tengo en otro
> >         sistema y tendría que acomodarlas como para enviarlas.
> >
> >         Javier
> >
> >
> >         On lun, 2013-03-11 at 22:06 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
> >         >    Me parece que esta bien el label, de todos modos lo
> >         volveré a
> >         > revisar. Gracias igual por tu aporte y comentarios Javier.
> >         >
> >         >    He intentado comunicarme con la autora, pero no he tenido
> >         suerte
> >         > aún. Saludos
> >         >
> >         > Felipe
> >         >
> >         > El 11 de marzo de 2013 17:40, Marcuzzi, Javier Ruben
> >         > <javier.ruben.marcuzzi@gmail.com> escribió:
> >         >         Estimado Felipe
> >         >
> >         >         En:
> >         >          (1|TREE_ID)+(1|FAMILIA), data=datos,
> >         >         pedigree=list(TREE_ID=PED2)
> >         >
> >         >         Revisa si en PED2 tienes correctamente con TREE_ID,
> >         porque al
> >         >         ver:
> >         >         str(PED2)
> >         >         Formal class 'pedigree' [package "pedigreemm"] with
> >         3 slots
> >         >           ..@ sire : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> >         NA ...
> >         >           ..@ dam  : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
> >         NA ...
> >         >           ..@ label: chr [1:3954] "C07" "C13" "C16"
> >         "C20" ...
> >         >
> >         >
> >         >         Tengo dudas respecto a la correcta ejectución entre
> >         TREE_ID y
> >         >         label.
> >         >
> >         >         Aunque lo que usted menciona parece correcto.
> >         >
> >         >         Tenemos una ventaja, la autora habla español, ella
> >         podría
> >         >         ayudarlo mucho
> >         >         más que yo.
> >         >
> >         >         Javier Marcuzzi
> >         >
> >         >         On lun, 2013-03-11 at 15:53 -0300, Felipe Vargas
> >         Reeve wrote:
> >         >         > tonces sólo obtengo los valores genéticos de los
> >         TREE_ID de
> >         >         la
> >         >         > progenie y no vienen las predicciones de los
> >         parentales, los
> >         >         3725, son
> >         >         > los individuos sin repeticiones en mi data
> >         primaria de 3882
> >         >         TREE_I
> >         >
> >         >
> >         >
> >
> >
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>
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