    Agradezco tu respuesta estimado Javier Marcuzzi e intentaré explicarte
mejor.

   Tengo un set de datos como el que sigue a continuación con 3882
potenciales individuos (TREE_ID)

> str(datos)
'data.frame':   3900 obs. of  27 variables:
 $ TREE_ID  : Factor w/ 3882 levels "IF982010C07101",..: 2137 2102 2117
2090 2095 2023 1958 2044 2136 2026 ...
 $ NUMBLO   : Factor w/ 20 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
...
 $ FAMILIA  : Factor w/ 181 levels "C07","C13","C16",..: 181 149 163 137
142 74 16 92 180 76 ...
 $ MADRE    : Factor w/ 53 levels "C07","C13","C16",..: 52 45 49 44 44 31 6
36 53 32 ...
 $ PADRE    : Factor w/ 57 levels "CR0015","CR0017",..: 39 18 56 2 22 36 9
17 46 35 ...
 $ ALTUR    : num  7 10.4 10.1 8.7 9.9 9.8 10.6 9.8 9.7 8.2 ...
 $ DAP      : num  10 16.8 17.1 11.7 14 14.4 17.3 14.8 16.7 10.6 ...

   Posteriormente genero el archivo de pedigree, con un mínimo número de
individuos replicados que fueron eliminados del pedigree (verifique todo
esto) y aumenta el número de individuos en el ítem label porque agrega la
información de los padres de los 3882 individuos iniciales de TREE_ID en el
archivo de pedigree.

> str(PED2)
Formal class 'pedigree' [package "pedigreemm"] with 3 slots
  ..@ sire : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
  ..@ dam  : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
  ..@ label: chr [1:3954] "C07" "C13" "C16" "C20" ...

   Finalmente corro mi modelo mixto para estimar valores genéticos
individuales

outputf<-pedigreemm(formula=ALTUR~ NUMBLO + (1|TREE_ID)+(1|FAMILIA),
data=datos, pedigree=list(TREE_ID=PED2))

   Los parámetros son estimados perfectamente porque lo he corroborado con
otro programa, pero sólo logro extraer los valores genéticos de la
progenie, sin la inclusión de los valores genéticos de los parentales, que
debiesen ser predichos poque no existe información alguna de su rendimiento
en este caso en altura y sólo a partir de la información provista en campo
por su progenie, aspecto que es relativamente común, el realizar la
predicción de los parentales a partir de su progenie, en los denominados
"modelos animales" o individuales. Te agregó información hasta el punto que
extraigo los valores genéticos de la progenie y las predicciones de las
familias.

> ran_e<-ranef(outputf)

> str(ran_e)
List of 2
 $ TREE_ID:'data.frame':        3725 obs. of  1 variable:
  ..$ (Intercept): num [1:3725] -1.134 -0.619 -0.771 -0.217 0.295 ...
 $ FAMILIA:'data.frame':        181 obs. of  1 variable:
  ..$ (Intercept): num [1:181] -0.1194 -0.0523 -0.2907 -0.0796 0.2452 ...
 - attr(*, "class")= chr "ranef.mer"

   Entonces sólo obtengo los valores genéticos de los TREE_ID de la
progenie y no vienen las predicciones de los parentales, los 3725, son los
individuos sin repeticiones en mi data primaria de 3882 TREE_ID. De todos
modos busque a los parentales uno a uno por su TREE_ID y no aparecen en
esos resultados y probablemente se extraen de una manera que aún no logro
encontrar, pero es información que sería de gran utilidad para mi
evaluación. Saludos

Felipe


El 11 de marzo de 2013 15:17, Marcuzzi, Javier Ruben <
javier.ruben.marcuzzi@gmail.com> escribió:

> Estimado Felipe Vargas Reeve
>
> No alcanzo a comprender su problema, usted tiene el pedigree el cuál
> utiliza dentro de pedigreemm, que en realidad a partir del pedigree
> realiza la relación entre parientes y utiliza lme4.
>
> Si todo es correcto, al realizar ranef() tendría que tener los valores
> para todos los individuos, posiblemente usted tenga una confusión por la
> ordenación de individuos según el algoritmo para calcular la los
> parentezcos, por ejemplo, que su animal 1 no es el 1 en el análisis,
> pero tampoco estoy seguro sobre esta posible confusión.
>
> Si envía el código posiblemente pueda leerlo y ayudarlo algo más.
>
> Javier Marcuzzi
>
> On lun, 2013-03-11 at 14:11 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
> > Hola a todos, me gustara realizar una consulta asociada a la generacin
> > de valores genticos del pedigreemm en R. Primero gener el archivo de
> > pedigree incluyendo los parentales para posteriormente estimar la
> varianza
> > aditiva y los valores genticos para cada individuo, relacionando los
> > individuos por medio de la matriz de parentesco.
> >
> >    Me da todo perfecto, el complemento pedigreemm trabaja muy bien, pero
> no
> > pude obtener los valores genticos de los parentales, slo pude extraer los
> > valores genticos individuos o de la progenie, si alguien sabe como
> > extraerlos se lo agradecera. Saludos
> >
> > Felipe
> >
> >       [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > _______________________________________________
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	[[alternative HTML version deleted]]

