Hola David,

Como no tenemos tus "datos.fna", he probado con otros (dnafile) que venían
en la función read.fna() del paquete seqinr.

> head(readseq)
[1] "a" "t" "g" "a" "a" "a"

Y he aplicado tu código sobre este conjunto.
Obtengo el mismo error que te sale a ti.

Error en if (aux_a > 0) { : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario

Y aparece en la primera iteración de i, j, k.
En vez de utilizar el bucle, haz esto:

i<-1
j<-1
k<-1

Con esos datos, obtengo esto:

> auxiliar <- count(readseq[j],i+2)
> auxiliar

aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac
  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat
  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc
  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0

Y esto:

> aux_a <- auxiliar["listaa"]
> aux_a
<NA>
  NA

Claro, el error está en la expresión: auxiliar["listaa"].

¿Que buscas con auxiliar["listaa"]? ¿Buscar la cadena "listaa" dentro de
auxiliar?.
"auxiliar" es una tabla. Para buscar dentro, la forma de hacerlo sería algo
así *auxiliar[auxiliar=="listaa"]*

Mira este ejemplo reproducible:

> d <- factor(rep(c("A","B","C"), 10), levels = c("A","B","C","D","E"))
> d
 [1] A B C A B C A B C A B C A B C A B C A B C A B C A B C A B C
Levels: A B C D E
> d["A"]
[1] <NA>
Levels: A B C D E
> d[d=="A"]
 [1] A A A A A A A A A A
Levels: A B C D E

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es




El 6 de marzo de 2013 12:08, <javier.ruben.marcuzzi@gmail.com> escribió:

> On Wednesday 06 March 2013 11:23:58 David Sanchez Rodriguez wrote:
> > readseq <- "aaaaaaaaaaa", "aaa", "aa")
> > auxiliar <- count(readseq[j],i+2)
> > aux_a <- auxiliar["listaa"]
> > if(aux_a > 0){
> > matrizgraf3[i][k] = matrizgraf3[i][k] + 1
> > listaa <- paste(listaa, "a", sep ="")
> > }
>
> Estimado David
>
> Primera línea, tiene un error, tendría que ser c('aaaa','aaa',aa')
> Segunda línea ¿count?, no me suena usarlo en R de esa forma.
>
> Javier Marcuzzi
>
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Saludos,
Carlos Ortega
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