El problema lo tienes en esta linea por lo que veo.


checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ
from the corresponding native type. You may need to use non-standard
compiler flags or a different compiler in order to fix this.


Mis conocimientos informáticos a tan alto nivel son bajos, pero... ¿Has
probado a instalar los drivers de Oracle? Aquí tienes la guia.

Para el que le pueda servir. En resumen, instalar rJava en linux es:
Paso 1
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java

Paso 2
sudo apt-get update && sudo apt-get install oracle-java7-installer

Paso 3
 sudo R CMD javareconf

Paso 4
install.packages("rJava")

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